BMKCloud Log in
条形banner-03

Produiten

Hi-C baséiert Genom Assemblée

Hi-C ass eng Method entwéckelt fir Chromosomkonfiguratioun z'erfaassen andeems se proximity-baséiert Interaktiounen an High-Throughput Sequenzen kombinéiert.D'Intensitéit vun dësen Interaktiounen gëtt ugeholl datt se negativ mat der kierperlecher Distanz op Chromosomen korreléiert sinn.Dofir kéinten Hi-C Daten d'Clustering, Uerdnung an Orientéierung vu versammele Sequenzen an engem Entworfsgenom guidéieren an déi op eng gewëssen Zuel vu Chromosomen verankeren.Dës Technologie erméiglecht e Chromosom-Niveau Genomversammlung an der Verontreiung vu Populatiounsbaséierter genetescher Kaart.All eenzel Genom brauch en Hi-C.

Plattform: Illumina NovaSeq Plattform / DNBSEQ


Service Detailer

Demo Resultater

Fall Studie

Service Virdeeler

1Prinzip-of-Hi-C-Sequencing

Iwwersiicht vun Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.Wëssenschaft, 2009)

● Kee Besoin bei der Konstruktioun vun der genetescher Bevëlkerung fir Contig Verankerung;
● Méi héich Markéierer Dicht féiert zu méi héije Contigs Verankerungsverhältnis op iwwer 90%;
● Erlaabt Evaluatioun a Korrekturen op existente Genomversammlungen;
● Kuerzter Tour-around Zäit mat méi héijer Genauegkeet an der Genommontage;
● Abundant Erfahrung mat iwwer 1000 Hi-C Bibliothéiken gebaut fir iwwer 500 Arten;
● Iwwer 100 erfollegräich Fäll mat accumulative publizéiert Impakt Faktor vun iwwer 760;
● Hi-C baséiert Genom Assemblée fir polyploid Genom, 100% Verankerungsquote gouf am fréiere Projet erreecht;
● In-House Patenter a Software Copyright fir Hi-C Experimenter an Datenanalyse;
● Self-entwéckelt visualized Daten tuning Software, erméiglecht manuell Spär Plënneren, ëmgedréint, zréckzéien an nees.

Service Spezifikatioune

 

Bibliothéik Typ

 

 

Plattform


Liesen Längt
Recommandéieren Strategie
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Bioinformatik Analysen

● Raw Daten Qualitéitskontroll

● Hi-C Bibliothéik Qualitéitskontroll

● Hi-C baséiert Genom Assemblée

● Post-Versammlung Evaluatioun

HiC Workflow

Prouf Ufuerderunge a Liwwerung

Sample Ufuerderunge:

Déier
Pilz
Planzen

 

Gefruer Tissu: 1-2g pro Bibliothéik
Zellen: 1x 10^7 Zellen pro Bibliothéik
Gefruer Tissu: 1g pro Bibliothéik
Gefruer Tissu: 1-2g pro Bibliothéik

 

 
* Mir recommandéieren op d'mannst 2 Aliquots (1 g all) fir den Hi-C Experiment ze schécken.

Recommandéiert Sample Liwwerung

Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Fir déi meescht Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren.
Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert sinn an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform.
Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.

Service Work Flow

Beispill QC

Experimenter Design

Echantillon Liwwerung

Echantillon Liwwerung

Pilot Experiment

DNA Extraktioun

Bibliothéik Virbereedung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

Donnéeën Analyse

No Verkaf Servicer

No-Verkaf Servicer


  • virdrun:
  • Nächste:

  • *Demo Resultater hei gewisen sinn all aus Genome publizéiert mat Biomarker Technologies

    1.Hi-C Interaktioun Hëtzt Kaart vunCamptotheca acuminatagenom.Wéi op der Kaart gewisen, ass d'Intensitéit vun Interaktiounen negativ mat der linearer Distanz korreléiert, wat eng héich präzis Chromosom-Niveau Assemblée weist.(Verankerungsverhältnis: 96,03%)

    3Hi-C-Interaktioun-Heatmap-weisen-Contigs-Verankerung-an-Genom-Versammlung

    Kang M et al.Natur Kommunikatiounen, 2021

     

    2.Hi-C erliichtert d'Validatioun vun inversions tëschtGossypium hirsutumL. TM-1 A06 anG. Arboreumchr06

    4Hi-C-Heatmap-Erliichtert-Entdeckung-vun-Inversiounen-tëscht-Genomen

    Yang Z et al.Naturkommunikatioun, 2019

     

     

    3.Assemblée a biallelesch Differenzéierung vum Kassava Genom SC205.Hi-C Hëtztkaart weist kloer Spaltung an homologe Chromosomen.

    5Hi-C-Heatmap-weist-homologe-Chromosomen

    Hu W et al.,Molekulare Planz, 2021

     

     

    4.Hi-C Hëtztkaart op zwou Ficus Arten Genom Assemblée:F.microcarpa(ankeren Verhältnis: 99,3%) anF.hispida (Verankerungsverhältnis: 99,7%)
    6Hi-C-Heatmap-weist-Contig-Verankerung-vun-Ficus-Genomen

    Zhang X et al.Zell, 2020

     

     

    BMK Fall

    Genome vum Banyan Tree a Pollinator Wasp bidden Abléck an Fig-Wesp Coevolution

    Verëffentlecht: Zell, 2020

    Sequenzéierungsstrategie:

    F. microcarpa Genom: ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidaGenom: ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillataGenom: ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Schlëssel Resultater

    1.Two Banyan Bam Genomen an ee Pollinator Wasp Genom goufe mat PacBio Sequencing, Hi-C a Linkage Kaart konstruéiert.
    (1)F. microcarpaGenom: Eng Versammlung vu 426 Mb (97,7% vun der geschätzter Genomgréisst) gouf mat contig N50 vun 908 Kb, BUSCO Score vun 95,6% etabléiert.Am Ganzen goufen 423 Mb Sequenzen op 13 Chromosomen duerch Hi-C verankert.Genom Annotatioun huet 29,416 Protein-kodéierend Genen erginn.
    (2)F. HispidaGenom: Eng Assemblée vun 360 Mb (97,3% vun geschätzte Genom Gréisst) war nozeginn mat contig N50 vun 492 Kb an BUSCO Score vun 97,4%.Insgesamt 359 Mb Sequenzen goufen op 14 Chromosomen duerch Hi-C verankert an héich identesch mat High-Density Linkage Map.
    (3)Eupristina verticillataGenom: Eng Versammlung vun 387 Mb (Geschätzte Genomgréisst: 382 Mb) gouf mat contig N50 vun 3,1 Mb a BUSCO Score vun 97,7% etabléiert.

    2.Comparative Genomics Analyse huet grouss Zuel vu Strukturvariatiounen tëscht zwee opgedecktFicusGenomen, déi eng wäertvoll genetesch Ressource fir adaptiv Evolutiounsstudien geliwwert hunn.Dës Studie, fir d'éischte Kéier, huet Abléck an Fig-Wesp Coevolutioun um genomesche Niveau geliwwert.

    PB-Voll-Längt-RNA-Sequencing-Fallstudie

    Circos Diagramm iwwer genomesch Feature vun zweeFicusGenomen, dorënner Chromosomen, segmental Duplikatioune (SDs), Transposonen (LTR, TEs, DNA TEs), Genausdrock a Synteny

    PB-Voll-Längt-RNA-Alternativ-Splicing

    Identifikatioun vum Y-Chromosom a Geschlechtbestëmmung Kandidat Gen

     
    Referenz

    Zhang, X., et al."Genomen vum Banyan Tree a Pollinator Wasp bidden Abléck an Fig-Wesp Coevolution."Zell 183.4 (2020).

    kréien en Devis

    Schreift Äre Message hei a schéckt en un eis

    Schéckt eis Äre Message: