mRNA-Seq (NGS) – De novo

mRNA-Sequenzéierung erméiglecht d'Profiléierung vun all mRNA-Transkripten an Zellen ënner spezifesche Konditiounen an ass eng wäit verbreet Technologie a verschiddene Fuerschungsberäicher. D'BMKCloud De novo mRNA-seq Pipeline ass entwéckelt fir Poly-A-beräichert Sequenzéierungsbibliothéiken z'analyséieren, wann kee Referenzgenom verfügbar ass. D'Pipeline fänkt mat enger Qualitéitskontroll un, gefollegt vunneiTranskriptassemblage a Selektioun vun Unigen-Sets. D'Unigen-Strukturanalyse predizéiert d'Codéierungssequenz (CDS) an d'Wiederholungen vun einfache Sequenz (SSR). Duerno fënnt d'Differenzialexpressionsanalyse differentiell expriméiert Genen (DEGs) ënner den getesteten Konditiounen, gefollegt vun der funktioneller Annotatioun an der Beräicherung vun DEGs fir biologesch Erkenntnesser ze extrahéieren.