Kleng RNA Sequencing-Illumina
Service Virdeeler
● déi éischt Basis um 5 'Enn huet eng staark Preferenz fir U spezifesch RNAs ze kréien
● miRNA Zil- Genprediktioun
● D'Date gi benotzt fir gemeinsam Analyse mat mRNA ze maachen
● miRNA differentiell Ausdrock
● miRNA Zil- Genprediktioun
● BMKCloud-baséiert Resultat Liwwerung: Personnaliséierten Datemining verfügbar op der Plattform
● After-sale-Servicer gëlteg fir 3 Méint nom Ofschloss vum Projet
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
| Bibliothéik | Plattform | Recommandéiert Donnéeën | Daten QC |
| sRNA | Illumina SE50 | 10M / 20M liesen | Q30≥85% |
Sample Ufuerderunge:
Nukleotiden:
| Konzentratioun (ng/μl) | Betrag (μg) | Rengheet | Integritéit |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | Fir Planzen: RIN≥7,5; Fir Déieren: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitéiert oder keng Basislinn Héicht |
* Fir Tissue méi kleng wéi 5 mg, empfeelen mir Flash gefruerene (a flëssege Stickstoff) Tissueprobe ze schécken.
Zellsuspension: Zellzuel = 3 × 107
* Mir recommandéieren gefruer Zell lysate ze Schëff.Am Fall datt Zelle méi kleng wéi 5 × 10 zielt5, Flash gefruer a flëssege Stickstoff ass recommandéiert.
Bluttprouwen:
PA × geneBloodRNATube;
6 ml LTRIzol an 2 ml Blutt (TRIzol: Blutt = 3:1)
Recommandéiert Sample Liwwerung
Container:
2 ml Zentrifugerröhr (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Sendung:
1.Dry-Äis: Echantillon mussen an Poschen gepackt ginn an an dréchen-Äis begruewe ginn.
2.RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierungsröhre gedréchent ginn (zB RNAstable®) a bei Raumtemperatur verschéckt ginn.
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
RNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Bioinformatik
1.miRNA Identifikatioun
All Kandidat Virleefer vun Roman miRNAs virausgesot vun miRDeep2 huet eng pdf Figur seng Struktur an sequencing Déift weist.
miRNA Virgänger Struktur a Sequenzéierungsdéift
2.KEGG Beräicherung vun DE-miRNA gezielt Genen
An dëser Sessioun huet Biomarker als éischt iwwerpréift ob d'Weeër iwwerpräsent sinn mat DE-miRNA gezielte Genen.Beräicherung Faktoren a Fisher Test goufen an der Bestëmmung vun Beräicherung Grad a Bedeitung vun der Passerelle applizéiert.Equatioun vun Beräicherung Berechnung gëtt ënnendrënner gewisen.
KEGG Wee Beräicherung op DE-miRNA gezielte Genen
3.GO Beräicherung Analyse op DE-miRNA gezielt Genen
ClusterProfiler gouf an der GO Beräicherungsanalyse op DE-miRNA gezielte Genen agestallt.Richteg azyklesch Grafik vun de beräichte Begrëffer goufe generéiert fir d'hierarchesch Struktur vun de Begrëffer ze weisen.An der Figur stellt d'Richtung vun de Pfeile Inklusiounsrelatiounen tëscht Begrëffer duer, dh d'Node si méi spezifesch wéi hir iewescht Noden.Direkter acylic Grafik vun DE-miRNA gezielt Genen war an der Figur ënnendrënner gewisen.
TopGO riicht acyclic Grafik vun DE-miRNA gezielt Genen
BMK Fall
Integréiert Analyse vu MiRNA a Genen verbonne mat Fleeschqualitéit weist datt Gga-MiR-140-5p Intramuskulär Fettdepositioun bei Pouleten beaflosst
Verëffentlecht:Cellular Physiology and Biochemistry,2018
Schlëssel Resultater
Spéit leeën-Period Hennen ausgestallt méi niddreg global Ausdrock Niveau vun miRNAs wéi jonk Hennen.
A reglementaresche Reseau vun mirNA-mrna datt Fleesch Qualitéit Afloss kann war gebaut
gga-miR-140-5p fördert Adipozytdifferenzéierung andeems RXRG erofreguléiert.
 gga-miR-140-5p fördert Poulet instramuskulär Preadipozyt-Differenzéierung andeems Dir den 3'UTR vu RXRG zielt |
Referenz
Zhang M, Li DH, Li F, et al.Integréiert Analyse vu MiRNA a Genen assoziéiert mat Fleeschqualitéit weist datt Gga-MiR-140-5p Intramuskulär Fettdepositioun bei Pouleten beaflosst [J].Zellular Physiologie a Biochemie, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
