Spezifesch-Lokus-amplifizéiert Fragmentsequenzéierung (SLAF-Seq)
Aarbechtsfloss
De Service huet e puer Virdesignen in silico, fir déi optimal Enzymauswiel bei der Virbereedung vun der Bibliothéik ze garantéieren.
Technescht Schema
Service Funktiounen
● Sequenzéierung op NovaSeq mat PE150.
● Bibliothéiksvirbereedung mat duebelem Barcoding, wat d'Zesummefaassung vu méi wéi 1000 Proben erméiglecht.
● Onofhängeg vum Referenzgenom:
Mat Referenzgenom: Entdeckung vu SNP an InDel
Ouni Referenzgenom: Proufclustering an SNP-Entdeckung
● An derin-silicoAn der Pre-Design-Phase gi verschidde Kombinatioune vu Restriktiounsenzym gepréift, fir déi ze fannen, déi eng gläichméisseg Verdeelung vun SLAF-Tags am ganze Genom generéieren.
● Wärend dem Virexperiment ginn dräi Enzymkombinatiounen an 3 Proben getest fir 9 SLAF-Bibliothéiken ze generéieren, an dës Informatioun gëtt benotzt fir déi optimal Restriktiounsenzymkombinatioun fir de Projet ze wielen.
Virdeeler vum Service
●Entdeckung vu héije genetesche MarkerMir integréieren en Duebelbarcode-System mat héijem Duerchsatz, dat d'gläichzäiteg Sequenzéierung vu grousse Populatiounen an eng lokusspezifesch Amplifikatioun erméiglecht, déi d'Effizienz erhéicht, sou datt séchergestallt gëtt, datt d'Tag-Zuelen den ënnerschiddleche Ufuerderunge vu verschiddene Fuerschungsfroen erfëllen.
● Niddreg Ofhängegkeet vum GenomEt kann op Aarte mat oder ouni Referenzgenom ugewannt ginn.
●Flexibelt Schema-DesignEenzelenzym-, Duebelenzym-, Multienzym-Verdauung a verschidden Aarte vun Enzyme kënnen all ausgewielt ginn, fir verschidden Fuerschungsziler oder Aarten gerecht ze ginn.
● Héich Effizienz an der enzymatescher VerdauungD'Leedung vun engemin-silicoVirdesign an e Virexperiment garantéieren en optimalen Design mat enger gläichméisseger Verdeelung vun SLAF-Tags um Chromosom (1 SLAF-Tag/4Kb) a reduzéierter Widderhuelungssequenz (<5%).
●Grouss ExpertiseMir bréngen eng Räichtum un Erfahrung an all Projet, mat enger Erfolgsbilanz vum Ofschloss vu méi wéi 5000 SLAF-Seq Projeten iwwer Honnerte vun Aarten, dorënner Planzen, Mamendéieren, Vigel, Insekten an aquatesch Organismen.
● Selbstentwéckelte bioinformatesche WorkflowMir hunn en integréierte bioinformatesche Workflow fir SLAF-Seq entwéckelt, fir d'Zouverlässegkeet an d'Genauegkeet vum Endresultat ze garantéieren.
Service Spezifikatiounen
| Aart vun der Analyse | Recommandéiert Populatiounsskala | Sequenzéierungsstrategie | |
| Déift vun der Tagsequenzéierung | Tag Nummer | ||
| Genetesch Kaarten | 2 Elteren an >150 Nokommen | Elteren: 20x WGS Ofspigelung: 10x | Genomgréisst: <400 Mb: WGS gëtt recommandéiert <1Gb: 100K Tags 1-2Gb:: 200K Tags >2Gb: 300K Tags Maximal 500k Tags |
| Genomwäit Associatiounsstudien (GWAS) | ≥200 Proben | 10x | |
| Genetesch Evolutioun | ≥30 Proben, mat >10 Proben aus all Ënnergrupp | 10x | |
Serviceufuerderungen
Konzentratioun ≥ 5 ng/µL
Gesamtmenge ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarosegel: keng oder limitéiert Degradatioun oder Kontaminatioun
Recommandéiert Proufliwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifugeréier
(Fir déi meescht Proben empfeelen mir, se net an Ethanol ze konservéieren)
Etikettéierung vu Proben: D'Proben mussen kloer etikettéiert sinn a identesch mam agereechte Probeinformatiounsformular sinn.
Liwwerung: Dréchenäis: D'Prouwen mussen als éischt a Säck verpackt a mat Dréchenäis verstoppt ginn.
Service-Aarbechtsfloss
Prouf QC
Pilotexperiment
SLAF-Experiment
Virbereedung vun der Bibliothéik
Sequenzéierung
Datenanalyse
After-Sales-Servicer
Eis bioinformatesch Analyse ëmfaasst:
Daten-QC an Datentrimmung fir N-räich Liesungen, Adapter-Liesungen oder Liesungen vun niddreger Qualitéit ze entfernen.
Eng zweet Qualitéitskontroll vun de propperen Liesungen, fir d'Basenverdeelung, d'Sequenzqualitéit an eng Datenbeurteilung ze kontrolléieren, awer och fir d'Verdauungseffizienz an déi kritt Inserts ze kontrolléieren.
Wann d'Liesungen iwwerpréift sinn, ginn et zwou Méiglechkeeten:
- Mapping op Referenzgenom
- Ouni e Referenzgenom: Clustering
Duerno gëtt d'Analyse vun den SLAF-Tags benotzt fir e puer Variant-Uruff ze maachen, fir d'Markerentdeckung ze hëllefen: SNP, InDel, SNV, CV-Uruff an Annotatioun.
Verdeelung vun SLAF-Tags op Chromosomen:
Verdeelung vun SNPs op Chromosomen:
SNP-Annotatioun
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X a Shi C (2023) QTL-Mapping an Transkriptomanalyse vum Zockergehalt während der Fruuchtreifung vunPyrus pyrifolia.Front. Planzewëssenschaften.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). D'Identifikatioun vu st1 weist eng Selektioun op, déi d'Morphologie an den Ueleggehalt vun de Somen während der Domestizéiertung vu Sojabounen ëmfaasst.Zäitschrëft fir Planzebiotechnologie, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genomsequenz a genetesch Diversitéit vum Karpfen,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.De Genom vun kultivéierten Erdnuss gëtt Abléck an d'Karyotypen vun Hülsenfrüchte, d'polyploid Evolutioun an d'Domestizéierung vu Kulturen.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Joer | Zäitschrëft | IF | Titel | Uwendungen |
| 2022 | Naturkommunikatioun | 17.694 | Genomesch Basis vun de Giga-Chromosomen a Giga-Genom vun der Bampäonie Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Neie Phytolog | 7.433 | Domestizéierungsspueren verankeren genomesch Regioune vun agronomescher Bedeitung an Sojabounen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Zäitschrëft fir fortgeschratt Fuerschung | 12.822 | Genomwäit künstlech Introgressiounen vu Gossypium barbadense a G. hirsutum weisen iwwerleeën Loci fir gläichzäiteg Verbesserung vun der Qualitéit an dem Ausbezuele vun de Kottengfaseren op Eegeschafte | SLAF - Evolutiounsgenetik |
| 2019 | Molekular Planz | 10,81 | Populatiounsgenomesch Analyse an De Novo Assembly weisen den Urspronk vu Weedy op Räis als evolutivt Spill | SLAF - Evolutiounsgenetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31.616 | Genomsequenz a genetesch Diversitéit vum Karpfen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage Kaart |
| 2014 | Naturgenetik | 25.455 | De Genom vun kultivéierten Erdnuss gëtt Abléck an d'Karyotypen vun Hülsenfrüchte, Polyploiden Evolutioun an Domestizéierung vu Kulturen. | SLAF-Linkage Kaart |
| 2022 | Zäitschrëft fir Planzebiotechnologie | 9.803 | D'Identifikatioun vun ST1 weist eng Selektioun op, déi d'Morphologie vun de Somen mat Anhalterung involvéiert. an Ueleggehalt während der Domestizéierter Sojabounen | Entwécklung vum SLAF-Marker |
| 2022 | International Zäitschrëft fir Molekularwëssenschaften | 6.208 | Identifikatioun an DNA-Markerentwécklung fir e Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomesch Chromosomsubstitutioun | Entwécklung vum SLAF-Marker |
| Joer | Zäitschrëft | IF | Titel | Uwendungen |
| 2023 | Grenzen an der Planzewëssenschaft | 6.735 | QTL-Mapping an Transkriptomanalyse vum Zockergehalt während der Fruuchtreifung vu Pyrus pyrifolia | Genetesch Kaart |
| 2022 | Zäitschrëft fir Planzebiotechnologie | 8.154 | D'Identifikatioun vun ST1 weist eng Selektioun op, déi d'Morphologie an den Ueleggehalt vun de Somen während der Domestizéierter Sojabounen ëmfaasst.
| SNP-Uruff |
| 2022 | Grenzen an der Planzewëssenschaft | 6.623 | Genomwäit Associatiounskartéierung vun Hulless Barely Phenotypen an enger dréchener Ëmwelt.
| GWAS |
