Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Service Detailer
Technesch Schema
Aarbecht Flux
Service Virdeeler
Héich Marker Entdeckungseffizienz- High-Throughput Sequenzéierungstechnologie hëlleft SLAF-Seq fir Honnerte vun Dausende vun Tags am ganze Genom z'entdecken.
Niddereg Ofhängegkeet vum Genom- Et kann op Arten applizéiert ginn entweder mat oder ouni Referenzgenom.
Flexibel Schema Design- Single-Enzym, Dual-Enzyme, Multi-Enzym Verdauung a verschidden Aarte vun Enzymen, all kënnen ausgewielt ginn fir verschidde Fuerschungsziler oder Arten ze këmmeren.Pre-Evaluatioun am Silico gëtt benotzt fir en optimalen Enzymdesign ze garantéieren.
Effektiv enzymatesch Verdauung- Pre-Experiment gouf duerchgefouert fir d'Konditiounen ze optimiséieren, wat de formelle Experiment stabil an zouverlässeg mécht.Fragmentsammlungseffizienz kann iwwer 95% erreechen.
Gläichméisseg verdeelt SLAF Tags- SLAF Tags sinn gläichméisseg an all chromosomes zu de gréisste Mooss verdeelt, erreechen eng Moyenne vun 1 SLAF pro 4 kb.
Effektiv Vermeidung vu Wiederholungen- Widderhuelend Sequenz an SLAF-Seq Daten gëtt op manner wéi 5% reduzéiert, besonnesch an Arten mat héijen Widderhuelungsniveau, wéi Weess, Mais, etc.
Extensiv Erfahrung-Iwwer 2000 zougemaach SLAF-Seq Projeten op Honnerte vun Arten déi Planzen, Mamendéieren, Villercher, Insekten, Aqua-Organismen, etc.
Selbst entwéckelt bioinformatesche Workflow- En integréierte bioinformatesche Workflow fir SLAF-Seq gouf vum BMKGENE entwéckelt fir Zouverlässegkeet an Genauegkeet vum finalen Output ze garantéieren.
Service Spezifikatioune
| Plattform | Konz. (ng/gl) | Ganzen (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Band>15μl) | 1,6-2,5 |
Recommandéiert Sequenzéierungsstrategie
Sequenzéierungsdéift: 10X / Tag
| Genom Gréisst | Recommandéiert SLAF Tags |
| < 500 Mb | 100K oder WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Ris oder komplex Genomen | 300-400K |
| Uwendungen
| Recommandéiert Populatioun Skala
| Sequenzéierungsstrategie an Déift
| |
| Déift
| Tag Zuel
| ||
| GWAS
| Prouf Zuel ≥ 200
| 10 x
|
Geméiss Genom Gréisst
|
| Genetesch Evolutioun
| Eenzelpersounen vun all Ënnergrupp ≥ 10; Gesamtproben ≥ 30
| 10 x
| |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre
Fir déi meescht Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren.
Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert sinn an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform.
Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
Service Workflow
Beispill QC
Pilot Experiment
SLAF-Experiment
Bibliothéik Virbereedung
Sequenzéieren
Daten Analyse
No-Verkaf Services
1. Statistike vun Kaart Resultat
2. SLAF Marker Entwécklung
3. Variatioun Annotatioun
| Joer | Journal | IF | Titel | Uwendungen |
| 2022 | Natur Kommunikatiounen | 17.694 | Genomesch Basis vun de Giga-Chromosomen a Giga-Genom vun der Bam Peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Neie Phytolog | 7.433 | Domesticatioun Foussofdréck verankert genomesch Regioune vun agronomescher Wichtegkeet an sojabohnen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genom-breet kënschtlech Introgressiounen vu Gossypium barbadense an G. hirsutum Entdeckt superior Loci fir eng simultan Verbesserung vun der Kottengfaserqualitéit an der Ausbezuelung Eegeschaften | SLAF-Evolutionär Genetik |
| 2019 | Molekulare Planz | 10,81 | Populatiounsgenomesch Analyse an De Novo Assemblée verroden den Urspronk vu Weedy Räis als Evolutionär Spill | SLAF-Evolutionär Genetik |
| 2019 | Natur Genetik | 31.616 | Genom Sequenz a genetesch Diversitéit vum gemeinsame Karpfen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage Kaart |
| 2014 | Natur Genetik | 25.455 | De Genom vu kultivéierten Erdnuss gëtt Abléck an Hülsenfrüchte Karyotypen, polyploid Evolutioun an Erntedomestikatioun. | SLAF-Linkage Kaart |
| 2022 | Planz Biotechnologie Journal | 9,803 | D'Identifikatioun vum ST1 weist eng Selektioun op, déi d'Hitchhiking vun der Sommorphologie involvéiert an Ueleggehalt während der Sojabohn Domestikatioun | SLAF-Marker Entwécklung |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikatioun an DNA Marker Entwécklung fir eng Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomesch Chromosomen Ersatz | SLAF-Marker Entwécklung |
