10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
ໂຄງການທາງວິຊາການ
ຄຸນສົມບັດ
● ຄວາມລະອຽດ: 100 µM
● ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຈຸດ: 55 µM
● ຈໍານວນຈຸດ: 4992
● ພື້ນທີ່ການຈັບພາບ: 6.5 x 6.5 ມມ
● ແຕ່ລະຈຸດທີ່ມີບາໂຄດຖືກບັນຈຸດ້ວຍ primers ປະກອບດ້ວຍ 4 ພາກສ່ວນ:
- ຫາງ poly(dT) ສໍາລັບ mRNA priming ແລະການສັງເຄາະ cDNA
- ຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMI) ເພື່ອແກ້ໄຂອະຄະຕິການຂະຫຍາຍ
- ບາໂຄດທາງກວ້າງ
- ການເຊື່ອມຕໍ່ລໍາດັບຂອງການອ່ານບາງສ່ວນ 1 primer sequencing
● H&E staining ຂອງພາກສ່ວນ
ຂໍ້ດີ
●ບໍລິການປະຕູດຽວ: ປະສົມປະສານປະສົບການ ແລະຂັ້ນຕອນທີ່ອີງໃສ່ທັກສະທັງໝົດ, ລວມທັງການແຍກ cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, Library, sequencing and bioinformatics .
● ທີມງານວິຊາການທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ: ມີປະສົບການຫຼາຍກວ່າ 250 ຊະນິດເນື້ອເຍື່ອ ແລະ 100+ ຊະນິດລວມທັງມະນຸດ, ຫນູ, ສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມ, ປາ ແລະພືດ.
●ອັບເດດເວລາຈິງໃນໂຄງການທັງໝົດ: ມີການຄວບຄຸມອັນເຕັມທີ່ຂອງຄວາມຄືບຫນ້າຂອງການທົດລອງ.
●Bioinformatics ມາດຕະຖານທີ່ສົມບູນແບບ:ຊຸດປະກອບມີ 29 ການວິເຄາະແລະ 100+ ຕົວເລກທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ.
●ການວິເຄາະຂໍ້ມູນແບບປັບແຕ່ງແລະການເບິ່ງເຫັນ: ມີສໍາລັບການຮ້ອງຂໍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
●ການວິເຄາະຮ່ວມທາງເລືອກທີ່ມີການຈັດລໍາດັບ mRNA ເຊນດຽວ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະ
| ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ | ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| OCT-embedded cryo ຕົວຢ່າງ (ເສັ້ນຜ່າສູນກາງທີ່ດີທີ່ສຸດ: ປະມານ 6x6x6 mm³) 2 ຕັນຕໍ່ຕົວຢ່າງ | 10X Visium cDNA ຫ້ອງສະຫມຸດ | Illumina PE150 | 50K PE ອ່ານຕໍ່ຈຸດ (60Gb) | RIN > 7 |
ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບການແນະນໍາການກະກຽມຕົວຢ່າງແລະຂະບວນການການບໍລິການ, ກະລຸນາສົນທະນາກັບ aຜູ້ຊ່ຽວຊານ BMKGENE
ຂະບວນການບໍລິການ
ໃນຂັ້ນຕອນການກະກຽມຕົວຢ່າງ, ການທົດລອງການສະກັດເອົາ RNA ຈໍານວນຫລາຍໃນເບື້ອງຕົ້ນແມ່ນດໍາເນີນເພື່ອຮັບປະກັນ RNA ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງສາມາດໄດ້ຮັບ. ໃນຂັ້ນຕອນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, ພາກສ່ວນຕ່າງໆໄດ້ຖືກ stained ແລະເບິ່ງເຫັນແລະເງື່ອນໄຂ permeabilization ສໍາລັບການປ່ອຍ mRNA ອອກຈາກເນື້ອເຍື່ອແມ່ນ optimized. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂປໂຕຄອນທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ, ຕິດຕາມດ້ວຍລໍາດັບແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການທີ່ສົມບູນປະກອບດ້ວຍການອັບເດດແບບສົດໆແລະການຢືນຢັນຂອງລູກຄ້າເພື່ອຮັກສາວົງການຄໍາຄຶດຄໍາເຫັນທີ່ຕອບສະຫນອງ, ຮັບປະກັນການປະຕິບັດໂຄງການທີ່ລຽບງ່າຍ.
ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ:
o ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນແລະການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບ
o ການກວດຫາພັນທຸກໍາຕໍ່ຈຸດ
o ການປົກຫຸ້ມຂອງເນື້ອເຍື່ອ
ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:
o ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງ Gene
o Spot clustering, ລວມທັງການວິເຄາະຂະຫນາດຫຼຸດລົງ
o ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ: ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
o ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
o ການລວມເອົາຈຸດໆຈາກທັງສອງຕົວຢ່າງ (ຕົວຢ່າງ: ພະຍາດ ແລະ ການຄວບຄຸມ) ແລະ ເປັນກຸ່ມຄືນໃໝ່.
o ການກໍານົດພັນທຸກໍາສໍາລັບແຕ່ລະກຸ່ມ
o ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
o ການສະແດງອອກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງກຸ່ມດຽວກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ
ການຈັດກຸ່ມຈຸດ
ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍແລະການແຈກຢາຍທາງກວ້າງຂອງພື້ນ
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການປະສົມປະສານຂໍ້ມູນຈາກທັງສອງກຸ່ມ ແລະກຸ່ມຄືນໃໝ່
ເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາຂອງກຸ່ມໃຫມ່
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການ transcriptomics spatial ຂອງ BMKGene ໂດຍ 10X Visium ໃນສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນເຫຼົ່ານີ້:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, ເປັນ homologue Drosophila ທີ່ມີທ່າແຮງຂອງ GPCRs ການຍຶດຂອງສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມແມ່, ມີສ່ວນຮ່ວມໃນປະຕິກິລິຍາຕ້ານເນື້ອງອກຕໍ່ຈຸລັງ oncogenic ທີ່ຖືກສີດຢູ່ໃນແມງວັນ,ການດໍາເນີນຄະດີຂອງສະພາວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດຂອງສະຫະລັດອາເມລິກາ, 120(30), ໜ້າ. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL ເປີດໃຊ້ຄວາມລະອຽດສູງຂອງຂໍ້ມູນ spatiotemporal transcriptomic',ສະຫຼຸບຫຍໍ້ໃນ Bioinformatics, 24(2), ໜ້າ 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Atlas spatiotemporal ຂອງ organogenesis ໃນການພັດທະນາດອກກ້ວຍໄມ້',ການຄົ້ນຄວ້າອາຊິດນິວເຄຼຍ, 50(17), ໜ້າ 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'ການລວມເອົາການຖ່າຍທອດທາງກວ້າງຂອງພື້ນ ແລະການຈັດລໍາດັບ RNA ແກນດ່ຽວ ເປີດເຜີຍຍຸດທະສາດການປິ່ນປົວທີ່ມີທ່າແຮງສໍາລັບ Uterine Leiomyoma',ວາລະສານສາກົນຂອງວິທະຍາສາດຊີວະພາບ, 19(8), ໜ້າ 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
