ຜະລິດຕະພັນ

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

ການຈັດລຽງລຳດັບ Amplicon ດ້ວຍເທກໂນໂລຍີ Illumina, ໂດຍສະເພາະການຕັ້ງເປົ້າໝາຍໃສ່ເຄື່ອງໝາຍພັນທຸກໍາຂອງ 16S, 18S, ແລະ ITS, ແມ່ນວິທີທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນການກໍາຈັດຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງ phylogeny, taxonomy, ແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນພາຍໃນຊຸມຊົນຈຸລິນຊີ. ວິທີການນີ້ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຈັດລໍາດັບພາກພື້ນທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້ຂອງເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາຂອງການຮັກສາເຮືອນ. ໃນເບື້ອງຕົ້ນໄດ້ນໍາສະເຫນີເປັນລາຍນິ້ວມືໂມເລກຸນໂດຍWoeses et alໃນປີ 1977, ເຕັກນິກນີ້ໄດ້ປະຕິວັດ microbiome profiling ໂດຍການເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະທີ່ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວ. ໂດຍຜ່ານການຈັດລໍາດັບຂອງ 16S (ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ), 18S (ເຊື້ອເຫັດ), ແລະ Internal Transcribed Spacer (ITS, ເຊື້ອເຫັດ), ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດກໍານົດບໍ່ພຽງແຕ່ຊະນິດທີ່ອຸດົມສົມບູນເທົ່ານັ້ນແຕ່ຍັງຫາຍາກແລະບໍ່ຮູ້ຈັກ. ໄດ້ຮັບການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງເປັນເຄື່ອງມືສໍາຄັນ, ການຈັດລໍາດັບ amplicon ໄດ້ກາຍເປັນເຄື່ອງມືໃນການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນທົ່ວສະພາບແວດລ້ອມທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ລວມທັງປາກຂອງມະນຸດ, ລໍາໄສ້, ອາຈົມ, ແລະອື່ນໆ.

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ

● ເວທີການຈັດລໍາດັບ: Illumina NovaSeq.

● ການຂະຫຍາຍພື້ນທີ່ສັ້ນຂອງ 16S, 18S ແລະ ITS, ໃນບັນດາເປົ້າໝາຍການຂະຫຍາຍອື່ນໆ.

● ທາງເລືອກທີ່ຍືດຫຍຸ່ນຂອງ amplicon.

● ປະສົບການໂຄງການທີ່ຜ່ານມາກັບເປົ້າໝາຍການຂະຫຍາຍຫຼາຍອັນ.

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

●ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວ:ການກໍານົດຢ່າງໄວວາຂອງອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ.

●ຄວາມລະອຽດສູງ: ໃນອົງປະກອບທີ່ອຸດົມສົມບູນຕ່ໍາໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ.

●ນຳໃຊ້ໄດ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ການສຶກສາຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.

●ການວິເຄາະ Bioinformatic ທີ່ສົມບູນແບບ: ຊຸດ QIIME2 ຫຼ້າສຸດ (ຄວາມເຂົ້າໃຈດ້ານປະລິມານໃນລະບົບນິເວດຂອງຈຸລິນຊີ) ທີ່ມີການວິເຄາະທີ່ຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານຖານຂໍ້ມູນ, ຄໍາບັນຍາຍ, OTU/ASV.

●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍ 150 ພັນໂຄງການ amplicon sequencing ດໍາເນີນຕໍ່ປີ, BMKGENE ເອົາປະສົບການຫຼາຍກວ່າທົດສະວັດ, ທີມງານວິເຄາະທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ, ເນື້ອໃນທີ່ສົມບູນແບບ, ແລະການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍທີ່ດີເລີດ.

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ຫໍສະໝຸດ	ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ	ຂໍ້ມູນແນະນໍາ
ແອມພິຄອນ	Illumina PE250	ແທັກ 50/100/300K (ອ່ານຄູ່)

ຄວາມຕ້ອງການການບໍລິການ

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL)	ຈຳນວນທັງໝົດ (ng)	ປະລິມານ (µL)
≥1	≥200	≥20

● ດິນ/ຂີ້ຕົມ: 1-2g
● ເນື້ອໃນລໍາໄສ້-ສັດ: 0.5-2g
● ເນື້ອໃນຂອງລໍາໄສ້-ແມງໄມ້: 0.1-0.25g
● ພື້ນຜິວຂອງພືດ (ຕະກອນທີ່ອຸດົມສົມບູນ): 0.1-0.5g
● ນ້ຳໝັກທີ່ອຸດົມດ້ວຍຕະກອນ): 0.1-0.5g
● ຝ້າ (ສັດໃຫຍ່): 0.5-2g
● Faeces (ຫນູ): 3-5grains
● ນ້ຳລ້າງຊ່ອງຄອດ: ເຈ້ຍກອງ
● swab ຊ່ອງຄອດ: 5-6 swabs
● ເຊັດຜິວໜັງ/ອະໄວຍະວະເພດ/ນໍ້າລາຍ/ເນື້ອເຍື່ອອ່ອນຂອງປາກ/ຮູປາກ/ຮູທະວານໜັກ: 2-3 ຮູດ.
● ຈຸລິນຊີເທິງຜິວ: ເຈ້ຍກອງ
● Waterbody/air/biofilm: ເຈ້ຍກອງ
● Endophytes: 1-2g
● Dental Plaque: 0.5-1g

ກະແສວຽກບໍລິການ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ທີ່ຜ່ານມາ: ການຈັດລຳດັບເຊື້ອແບັກທີເຣຍ ແລະເຊື້ອເຫັດທັງໝົດຄືນໃໝ່

ຕໍ່ໄປ: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
OTU clustering / De-noise(ASV)
ຄໍາບັນຍາຍ OTU
ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Alpha: ດັດສະນີຫຼາຍອັນ, ລວມທັງ Shannon, Simpson ແລະ ACE.
ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການວິເຄາະຄວາມສຳພັນ: ລະຫວ່າງປັດໄຈສິ່ງແວດລ້ອມ ແລະ ອົງປະກອບຂອງ OUT ແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍ
16S ການຄາດຄະເນພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີປະໂຫຍດ

ຮິສໂຕແກຣມຂອງການຈັດຈໍາໜ່າຍແບບ taxonomic

ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນຂອງກຸ່ມອຸດົມສົມບູນທາງວິຊາກອນ

ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Alpha: ເສັ້ນໂຄ້ງທີ່ຫາຍາກ

ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ: NMDS

ການວິເຄາະກຸ່ມ: ການຄົ້ນພົບຕົວໝາຍຊີວະພາບ LEFSE

ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລໍາດັບ amplicon ຂອງ BMKGene ກັບ Illumina ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.

ດົງ, C. et al. (2022) 'ການປະກອບ, Core Microbiota, ແລະຫນ້າທີ່ຂອງດິນ Rhizosphere ແລະ Microbiota ເປືອກໃນ Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.

Li, Y. et al. (2023) 'ການຖ່າຍທອດເຊື້ອແບັກທີເຣັຍສັງເຄາະສໍາລັບການປິ່ນປົວ Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis ໃນຫນູ', Microbiome, 11(1), ຫນ້າ 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y

Yang, J., Fu, Y. ແລະ Liu, H. (2022) 'ຈຸລິນຊີຂອງຂີ້ຝຸ່ນອາກາດທີ່ເກັບໄດ້ໃນລະຫວ່າງການທົດລອງການຊ່ວຍຊີວິດຊີວະພັນແບບປິດພື້ນດິນ “Lunar Palace 365”, Microbiomes Environmental, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.

Yin, S. et al. (2022) 'ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຂຶ້ນກັບອາຫານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຫັນເປັນໄນໂຕຣເຈນທີ່ຄວບຄຸມການສູນເສຍໄນໂຕຣເຈນໃນການຍ່ອຍສະຫຼາຍ', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.