ສະພາແຫ່ງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ De novo
ພວກເຮົາສະຫນອງການບໍລິການປະກອບ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນ, ຮັບປະກັນ 0 ຊ່ອງຫວ່າງ. ນີ້ເປັນໄປໄດ້ໂດຍການລວມເອົາເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບທີ່ອ່ານຍາວ, ເຊັ່ນ Nanopore ແລະ PacBio ສໍາລັບການປະກອບແລະລໍາດັບການອ່ານສັ້ນກັບ Illumina ສໍາລັບການກວດສອບການປະກອບແລະການແກ້ໄຂຂໍ້ຜິດພາດຂອງ ONT ອ່ານ. ການບໍລິການຂອງພວກເຮົາໃຫ້ຂະບວນການເຮັດວຽກດ້ານຊີວະວິທະຍາທີ່ສົມບູນຈາກການປະກອບ, ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແລະການວິເຄາະທາງຊີວະພາບຂັ້ນສູງ, ບັນລຸເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າສະເພາະ. ການບໍລິການນີ້ເຮັດໃຫ້ການພັດທະນາຂອງ genomes ອ້າງອີງທີ່ຊັດເຈນສໍາລັບການສຶກສາພັນທຸກໍາແລະ genomic ຕ່າງໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, ມັນຍັງເປັນພື້ນຖານສໍາລັບຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເຊັ່ນ: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສາຍພັນ, ວິສະວະກໍາພັນທຸກໍາ, ແລະການພັດທະນາເຕັກໂນໂລຢີຂອງຈຸລິນຊີ, ຮັບປະກັນຂໍ້ມູນ genomic ທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ແລະບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບການກ້າວຫນ້າທາງດ້ານວິທະຍາສາດແລະນະວັດຕະກໍາ biotechnological.
ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ
● ມີສອງທາງເລືອກທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະເລືອກເອົາໂດຍອີງຕາມລະດັບທີ່ຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome.
● Draft Genome Option: ການຈັດລຳດັບການອ່ານສັ້ນດ້ວຍ Illumina NovaSeq PE150.
● ຕື່ມ 0 ຊ່ອງຫວ່າງ genome.
● ການຈັດລໍາດັບທີ່ອ່ານຍາວຢູ່ໃນ Nanopore PromethION 48 ຫຼື PacBio Revio ສໍາລັບການປະກອບ genome.
● ການຈັດລໍາດັບການອ່ານສັ້ນໃນ Illumina NovaSeq ສໍາລັບການກວດສອບ genome ແລະການແກ້ໄຂຂໍ້ຜິດພາດ (Nanopore) ຫຼືເພື່ອສ້າງ genome ສະບັບຮ່າງ.
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●Zero-Gap Genome ຮັບປະກັນ: ນີ້ແມ່ນເນື່ອງມາຈາກການເຊື່ອມໂຍງຂອງລໍາດັບ Illumina ກັບລໍາດັບອ່ານຍາວ (Nanopore ຫຼື PacBio).
●ຂັ້ນຕອນການເຮັດວຽກຂອງ Bioinformatics ສໍາເລັດ:ນີ້ປະກອບມີການປະກອບພັນທຸກໍາແລະການຄາດຄະເນຂອງອົງປະກອບທາງພັນທຸກໍາ, ຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແລະການເບິ່ງເຫັນ genome ເຊັ່ນ Circos plot.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 20,000 genomes microbial ປະກອບ, BMKGENE ເອົາປະສົບການຫຼາຍກວ່າທົດສະວັດ, ທີມງານການວິເຄາະທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ, ເນື້ອໃນທີ່ສົມບູນແບບ, ແລະການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍທີ່ດີເລີດ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
●ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນສາມາດໃຊ້ໄດ້:ສໍາລັບເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນແລະຄວາມຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome.
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ການບໍລິການ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ |
| ຮ່າງ Genome | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (ເລືອກໄດ້) |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL) | ຈຳນວນທັງໝົດ (µg) | ປະລິມານ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ນາໂນປໍ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· ແບັກທີເລຍ: ≥3.5x1010 ຈຸລັງ
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
● ການຈັດລໍາດັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ
● Genome Assembly
● ການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງພັນທຸກໍາ: ການຄາດຄະເນຂອງ CDS ແລະອົງປະກອບຂອງພັນທຸກໍາ
● ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດກັບຖານຂໍ້ມູນທົ່ວໄປຫຼາຍ (GO, KEGG, ແລະອື່ນໆ) ແລະຖານຂໍ້ມູນຂັ້ນສູງ (CARD, VFDB, ແລະອື່ນໆ)
● Genome Visualization
ພວກເຮົາສະຫນອງ genome ໃນຮູບແບບ fasta ທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ແລະໄຟລ໌ genome annotation (gff).
Gene annotation – GO
ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸ ກຳ – ຄາໂບໄຮເດຣດ CAZY
Genome visualization – ແຜນ Circos
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການປະກອບພັນທຸກຳຂອງເຊື້ອແບັກທີເລຍຂອງ BMKGene ໂດຍຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Dai, W. et al. (2023) 'ການຄົ້ນພົບ Bacteroides uniformis F18-22 ເປັນແບັກທີເຣັຍ Probiotic ທີ່ປອດໄພ ແລະ ໃໝ່ໆສຳລັບການປິ່ນປົວໂຣກຜິວໜັງອັກເສບຈາກລຳໃສ້ທີ່ມີສຸຂະພາບດີ',ວາລະສານສາກົນຂອງວິທະຍາສາດໂມເລກຸນ, 24(19), ໜ້າ. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multidrug-resistant Proteus mirabilis isolates nqa blaOXA-1 ແລະ blaNDM-1 ຈາກສັດປ່າໃນປະເທດຈີນ: ເພີ່ມຄວາມສ່ຽງດ້ານສຸຂະພາບສາທາລະນະ',ສັດຕະວະວິທະຍາປະສົມປະສານ, 16(6), ໜ້າ 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'ລໍາດັບ genome ຄົບຖ້ວນສົມບູນຂອງ endophyte Bacillus flexus KLBMP 4941 ເປີດເຜີຍກົນໄກການສົ່ງເສີມການເຕີບໂຕຂອງພືດແລະພື້ນຖານພັນທຸກໍາສໍາລັບຄວາມທົນທານຂອງເກືອ',ວາລະສານຂອງເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບ, 260, ໜ້າ 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmids Resistance Multiple-Replicon ຂອງ Klebsiella ໄກ່ເກ່ຍການແຜ່ກະຈາຍຂອງ Genes Antimicrobial ຢ່າງກວ້າງຂວາງ',ຊາຍແດນໃນຈຸລິນຊີ, 12, ຫນ້າ. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
