BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

ການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ -PacBio

ເດໂນໂວລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມເຕັມຄວາມຍາວ, ເອີ້ນກັນວ່າເດໂນໂວIso-Seq ໃຊ້ຄວາມໄດ້ປຽບຂອງລໍາດັບ PacBio ໃນຄວາມຍາວການອ່ານ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂອງໂມເລກຸນ cDNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມໂດຍບໍ່ມີການແຕກຫັກໃດໆ.ນີ້ຫລີກລ້ຽງຄວາມຜິດພາດທີ່ເກີດຂື້ນໃນຂັ້ນຕອນການປະກອບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະສ້າງຊຸດ unigene ທີ່ມີຄວາມລະອຽດລະດັບ isoform.ຊຸດ unigene ນີ້ສະຫນອງຂໍ້ມູນພັນທຸກໍາທີ່ມີປະສິດທິພາບເປັນ "genome ອ້າງອີງ" ໃນລະດັບ transcriptome.ນອກຈາກນັ້ນ, ການສົມທົບກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ, ການບໍລິການນີ້ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດປະລິມານທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງການສະແດງອອກໃນລະດັບ isoform.

ເວທີ: PacBio Sequel II
ຫໍສະໝຸດ: SMRT bell Library

  • :
  • ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

    ຜົນການສາທິດ

    ກໍ​ລະ​ນີ​ສຶກ​ສາ

    ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

    2

    ● ການອ່ານອອກໂດຍກົງຂອງໂມເລກຸນ cDNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມຈາກ 3'- ປາຍຫາ 5'- ທ້າຍ

    ● ຄວາມລະອຽດລະດັບ iso-form ໃນໂຄງສ້າງລໍາດັບ

    ● ການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ມີຄວາມຖືກຕ້ອງສູງ ແລະຄວາມຖືກຕ້ອງ

    ●ເຂົ້າກັນໄດ້ສູງກັບຊະນິດ vaiours

    ● ຄວາມອາດສາມາດຈັດລໍາດັບຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ມີ 4 ແພລະຕະຟອມລໍາດັບ PacBio Sequel II ທີ່ຕິດຕັ້ງ

    ● ມີປະສົບການສູງກັບຫຼາຍກວ່າ 700 ໂຄງການລໍາດັບ RNA ທີ່ອີງໃສ່ Pacbio

    ● ການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບໂດຍອີງໃສ່ BMKCloud: ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບກຳນົດເອງທີ່ມີຢູ່ໃນເວທີ.

    ● ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍມີເວລາ 3 ເດືອນຫຼັງຈາກໂຄງການສໍາເລັດ

    ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

    ເວທີ: PacBio Sequel II

    ຫ້ອງສະໝຸດແບບລຳດັບ: ຫ້ອງສະໝຸດ mRNA ທີ່ອຸດົມດ້ວຍ Poly A

    ຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດທີ່ແນະນໍາ: 20 Gb/ຕົວຢ່າງ (ຂຶ້ນກັບຊະນິດ)

    FLNC (%): ≥75%

    *FLNC: ຄວາມຍາວເຕັມຂອງ transcipts ທີ່ບໍ່ແມ່ນchimeric

    ການ​ວິ​ເຄາະ bioinformatics​

    ● ການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນດິບ
     
    ● ການລະບຸການຖອດຂໍ້ຄວາມ
     
    ● ໂຄງສ້າງລໍາດັບ
     
    ● ປະລິມານການສະແດງອອກ
     
    ● Function Annotation

    pacbio ເຕັມ

    ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ

    ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:

    Nucleotides:

    Conc.(ng/μl)

    ປະລິມານ (μg)

    ຄວາມບໍລິສຸດ

    ຄວາມຊື່ສັດ

    ≥ 120

    ≥ 0.6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0.5-2.5

    ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ.

    ສໍາລັບພືດ: RIN≥7.5;

    ສໍາລັບສັດ: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ

    ເນື້ອເຍື່ອ: ນໍ້າໜັກ (ແຫ້ງ):≥1 g
    * ສໍາລັບເນື້ອເຍື່ອຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ 5 ມລກ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ frozen (ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວ) flash.

    ການລະງັບເຊລ:ຈຳນວນຕາລາງ = 3×106- 1×107
    *ພວກ​ເຮົາ​ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ສົ່ງ lysate ຫ້ອງ frozen​.ໃນກໍລະນີທີ່ຕາລາງນັ້ນນັບໜ້ອຍກວ່າ 5×105, ກະພິບ frozen ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວແມ່ນແນະນໍາໃຫ້, ເຊິ່ງດີກວ່າສໍາລັບການສະກັດຈຸນລະພາກ.

    ຕົວຢ່າງເລືອດ:ປະລິມານ≥1ມລ

    ຈຸລິນຊີ:ມະຫາຊົນ ≥ 1 g

    ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

    ຕູ້ຄອນເທນເນີ:
    ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
    ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......

    ການຂົນສົ່ງ:

    1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
    2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.

    ກະແສວຽກບໍລິການ

    ຕົວຢ່າງ QC

    ການອອກແບບທົດລອງ

    ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

    ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

    ການທົດລອງທົດລອງ

    ການສະກັດເອົາ RNA

    ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

    ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

    ການຈັດລໍາດັບ

    ການຈັດລໍາດັບ

    ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

    ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

    ບໍລິການຫລັງການຂາຍ

    ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 1.FLNC ການແຜ່ກະຈາຍຄວາມຍາວ

    ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ການ​ອ່ານ​ທີ່​ບໍ່​ແມ່ນ Chimeric (FLNC​) ຊີ້​ບອກ​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ cDNA ໃນ​ການ​ກໍ່​ສ້າງ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​.ການແຜ່ກະຈາຍຄວາມຍາວ FLNC ເປັນຕົວຊີ້ວັດທີ່ສໍາຄັນໃນການປະເມີນຄຸນນະພາບຂອງການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

    FLNC ອ່ານການແຈກຢາຍຄວາມຍາວ

    2.Complete ການແຜ່ກະຈາຍຄວາມຍາວພາກພື້ນ ORF

    ພວກເຮົາໃຊ້ TransDecoder ເພື່ອຄາດຄະເນພາກພື້ນລະຫັດໂປຣຕີນ ແລະລໍາດັບອາຊິດ amino ທີ່ສອດຄ້ອງກັນເພື່ອສ້າງຊຸດ unigene, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍຂໍ້ມູນການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນທີ່ບໍ່ຊໍ້າຊ້ອນໃນທຸກຕົວຢ່າງ.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

    ສໍາເລັດການແຈກຢາຍຄວາມຍາວພາກພື້ນ ORF

    3.KEGG ການວິເຄາະການເສີມສ້າງເສັ້ນທາງ

    ຂໍ້ມູນການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ (DETs) ສາມາດຖືກກໍານົດໂດຍການຈັດລໍາດັບຂໍ້ມູນ NGS-based RNA ຢູ່ໃນຊຸດການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍຂໍ້ມູນລໍາດັບ PacBio.DETs ເຫຼົ່ານີ້ສາມາດປຸງແຕ່ງຕື່ມອີກສໍາລັບການວິເຄາະທີ່ເປັນປະໂຫຍດຕ່າງໆ, ເຊັ່ນ: ການວິເຄາະການຂະຫຍາຍເສັ້ນທາງ KEGG.

    mRNA-DEG-KEGG-pathway-enrichment

    ການເສີມສ້າງເສັ້ນທາງ DET KEGG -Dot plot

    ກໍລະນີ BMK

    ນະໂຍບາຍດ້ານການພັດທະນາຂອງ transcriptome ລໍາ Populus

    ຈັດພີມມາ: ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ, 2019

    ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
    ການເກັບຕົວຢ່າງ:ພາກພື້ນຂອງລໍາຕົ້ນ: ປາຍ, internode ທໍາອິດ (IN1), internode ທີສອງ (IN2), internode ທີສາມ (IN3), internode (IN4) ແລະ internode (IN5) ຈາກ Nanlin895
    NGS-ລໍາດັບ:RNA ຂອງ 15 ບຸກຄົນໄດ້ຖືກລວມເຂົ້າເປັນຕົວຢ່າງທາງຊີວະພາບຫນຶ່ງ.ສາມສິ່ງຈໍາລອງທາງຊີວະພາບຂອງແຕ່ລະຈຸດໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງສໍາລັບລໍາດັບ NGS
    ລໍາດັບ TGS:ພາກພື້ນຂອງລໍາໄດ້ຖືກແບ່ງອອກເປັນສາມຂົງເຂດ, ເຊັ່ນ: ປາຍ, IN1-IN3 ແລະ IN4-IN5.ແຕ່ລະພາກພື້ນໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ PacBio ດ້ວຍສີ່ປະເພດຂອງຫ້ອງສະຫມຸດ: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ແລະ 3-10 kb.

    ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ

    1.A ຈໍານວນທັງຫມົດຂອງ 87150 transcripts ຄວາມຍາວເຕັມໄດ້ຖືກລະບຸ, ໃນນັ້ນ, 2081 isoforms Novell ແລະ 62058 Novell isoforms spliced ​​ທາງເລືອກໄດ້ຖືກລະບຸ.
    2.1187 lncRNA ແລະ 356 genes fusion ໄດ້ຖືກລະບຸ.
    3. ຈາກການຂະຫຍາຍຕົວຂັ້ນຕົ້ນໄປສູ່ການເຕີບໂຕຂັ້ນສອງ, 15838 ຂໍ້ຄວາມທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງຈາກ 995 genes ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນໄດ້ຖືກລະບຸ.ໃນ DEGs ທັງໝົດ, 1216 ແມ່ນປັດໃຈການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ເຊິ່ງສ່ວນໃຫຍ່ຍັງບໍ່ທັນໄດ້ລາຍງານເທື່ອ.
    4.GO enrichment ການວິເຄາະໄດ້ເປີດເຜີຍຄວາມສໍາຄັນຂອງການແບ່ງຈຸລັງແລະຂະບວນການຫຼຸດຜ່ອນການຜຸພັງໃນການຂະຫຍາຍຕົວປະຖົມແລະມັດທະຍົມ.

    • PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

      ເຫດການ splicing ທາງເລືອກແລະ isoforms ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ

    • PB-ເຕັມ-length-RNA-alternative-spling

      ການວິເຄາະ WGCNA ກ່ຽວກັບປັດໃຈການຖອດຂໍ້ຄວາມ

    ອ້າງອິງ

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.ນະໂຍບາຍດ້ານການພັດທະນາຂອງ transcriptome ລໍາ Populus.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: