ການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຮູບແບບ -PacBio
ຄຸນສົມບັດ
● ການສັງເຄາະ cDNA ຈາກ mRNA poly-A ຕາມດ້ວຍການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ
● ການຈັດລຳດັບໃນໂໝດ CCS, ສ້າງການອ່ານ HiFi
● ລຳດັບຂອງບົດບັນທຶກຄວາມຍາວເຕັມ
● ການວິເຄາະບໍ່ຈຳເປັນຕ້ອງມີຈີໂນມອ້າງອີງ; ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ມັນອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້
● ການວິເຄາະທາງຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດວິເຄາະ transcripts isoform lncRNA, ການລວມຕົວຂອງ gene, poly-adenylation, ແລະໂຄງສ້າງຂອງ gene.
ຂໍ້ໄດ້ປຽບຂອງການບໍລິການ
●ຄວາມແມ່ນຍໍາສູງ: HiFi ອ່ານດ້ວຍຄວາມແມ່ນຍຳ >99.9% (Q30), ທຽບເທົ່າກັບ NGS
● ການວິເຄາະການຕໍ່ເຊື່ອມທາງເລືອກການຈັດລຳດັບຂອງບົດບັນທຶກທັງໝົດຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດລະບຸ ແລະ ກຳນົດລັກສະນະຂອງໄອໂຊຟອມໄດ້
●ຄວາມຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງດ້ວຍປະຫວັດການເຮັດວຽກທີ່ສຳເລັດໂຄງການ transcriptome ເຕັມຮູບແບບ PacBio ຫຼາຍກວ່າ 1100 ໂຄງການ ແລະ ປະມວນຜົນຕົວຢ່າງຫຼາຍກວ່າ 2300 ຕົວຢ່າງ, ທີມງານຂອງພວກເຮົາໄດ້ນຳເອົາປະສົບການອັນອຸດົມສົມບູນມາສູ່ທຸກໂຄງການ.
●ການສະໜັບສະໜູນຫຼັງການຂາຍ: ຄຳໝັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍໄປໄກກວ່າການສຳເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫຼັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເໜີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອໃນການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະ ກອງປະຊຸມຖາມ-ຕອບ ເພື່ອແກ້ໄຂຄຳຖາມຕ່າງໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຂໍ້ກຳນົດຕົວຢ່າງ ແລະ ການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລຳດັບ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນຳ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| ຫ້ອງສະໝຸດ CCS mRNA ທີ່ອຸດົມດ້ວຍ PolyA | ພາກຕໍ່ PacBio II PacBio Revio | 20/40 ກິກະໄບ 5/10 ມ CCS | Q30≥85% |
ຕົວຢ່າງຄວາມຕ້ອງການ:
ນິວຄລີໂອໄທດ໌:
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກໄມ້: 1.2 ກຣາມ
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 300 ມກ
ອະໄວຍະວະພາຍໃນ ຫຼື ສະໝອງ: 240 ມກ
ກ້າມຊີ້ນ: 450 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ຜິວໜັງ: 1 ກຣາມ
● ສັດຂາທຽມ:
ແມງໄມ້: 6 ກຣາມ
ສັດປະເພດກຸ້ງ: 300 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ: 1 ທໍ່
● ຈຸລັງ: 106 ຈຸລັງ
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ງ/μl) | ປະລິມານ (ໄມໂຄຣກຣາມ) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ມີຈຳກັດ ຫຼື ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນຂອງໂປຣຕີນ ຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈວ. | ສຳລັບພືດ: RIN≥7.5; ສຳລັບສັດ: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ລະດັບຄວາມສູງພື້ນຖານຈຳກັດ ຫຼື ບໍ່ມີ |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນຳ
ຕູ້ຄອນເທນເນີ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນຳໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ຕົວຢ່າງການຕິດສະຫຼາກ: ກຸ່ມ + ສຳເນົາ ຕົວຢ່າງ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະ ຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ RNA stabilization (ເຊັ່ນ RNAstable®) ແລະ ຂົນສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການ
ການອອກແບບການທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະໝຸດ
ການຈັດລຳດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ປະກອບມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການວິເຄາະໂພລີອາດີນີເລຊັນທາງເລືອກ (APA)
● ການວິເຄາະການຖອດລະຫັດແບບຟິວຊັນ
● ການວິເຄາະການຕໍ່ເຊື່ອມທາງເລືອກ
● ການວິເຄາະແບບມາດຕະຖານ Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● ການວິເຄາະບົດບັນທຶກໃໝ່: ການຄາດຄະເນລຳດັບການເຂົ້າລະຫັດ (CDS) ແລະ ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ໃຊ້ງານໄດ້
● ການວິເຄາະ lncRNA: ການຄາດຄະເນຂອງ lncRNA ແລະເປົ້າໝາຍ
● ການລະບຸດາວທຽມຂະໜາດນ້ອຍ (SSR)
ການວິເຄາະ BUSCO
ການວິເຄາະການຕໍ່ເຊື່ອມທາງເລືອກ
ການວິເຄາະໂພລີອາເດນີເລຊັນທາງເລືອກ (APA)
ຄຳອະທິບາຍປະກອບໜ້າທີ່ຂອງບົດບັນທຶກນິຍາຍ
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ໄດ້ຮັບການຊ່ວຍເຫຼືອຈາກການບໍລິການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຮູບແບບ Nanopore ຂອງ BMKGene ໃນສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນນີ້.
Ma, Y. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການວິເຄາະປຽບທຽບວິທີການຈັດລໍາດັບ RNA ຂອງ PacBio ແລະ ONT ສໍາລັບການລະບຸພິດຂອງ Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), ໜ້າ 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. ແລະ ອື່ນໆ. (2019) 'ການເຄື່ອນໄຫວການພັດທະນາຂອງລະບົບຖ່າຍທອດລຳຕົ້ນ Populus', ວາລະສານຊີວະເຕັກໂນໂລຊີພືດ, 17(1), ໜ້າ 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ແລະ ອື່ນໆ. (2022) 'ການປ່ຽນແປງແບບໄດນາມິກຂອງປະລິມານກົດອາສຄໍບິກໃນລະຫວ່າງການພັດທະນາໝາກໄມ້ ແລະ ການສຸກຂອງ Actinidia latifolia (ພືດໝາກໄມ້ທີ່ອຸດົມດ້ວຍອາສຄໍເບດ) ແລະ ກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ', ວາລະສານສາກົນກ່ຽວກັບວິທະຍາສາດໂມເລກຸນ, 23(10), ໜ້າ 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ແລະ ອື່ນໆ (2022) 'ການຄາດຄະເນທີ່ມີປະສິດທິພາບຂອງຍີນທາງຊີວະພາບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບໂພລີຟີລິນທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວທາງຊີວະພາບໃນໂພລີຟີລລາປາຣີ', ຊີວະວິທະຍາການສື່ສານ 2022 5:1, 5(1), ໜ້າ 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການວິເຄາະ RNA-Seq ຂອງ PacBio Iso-Seq ແລະ Illumina ລວມກັນຂອງ Transcriptome Tuta absoluta (Meyrick) ແລະ ພັນທຸກໍາ Cytochrome P450', ແມງໄມ້, 14(4), ໜ້າ 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ແລະ ອື່ນໆ (2019) 'ການສຳຫຼວດຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງ transcriptome ໂດຍໃຊ້ການວິເຄາະໂມເລກຸນດ່ຽວ PacBio ແບບເວລາຈິງລວມກັບການຈັດລຳດັບ RNA ຂອງ Illumina ເພື່ອຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ດີຂຶ້ນກ່ຽວກັບການສັງເຄາະກົດ ricinoleic ໃນ Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), ໜ້າ 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
