条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

ຫໍສະຫມຸດ Illumina ທີ່ເຮັດໄວ້ກ່ອນ

ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ Illumina, ອີງໃສ່ Sequencing by Synthesis (SBS), ເປັນນະວັດຕະກໍາ NGS ທີ່ໄດ້ຮັບການຍອມຮັບໃນທົ່ວໂລກ, ຮັບຜິດຊອບສໍາລັບການສ້າງຫຼາຍກວ່າ 90% ຂອງຂໍ້ມູນລໍາດັບຂອງໂລກ. ຫຼັກການຂອງ SBS ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຖ່າຍຮູບ fluorescently labeled reversible terminators ຍ້ອນວ່າແຕ່ລະ dNTP ໄດ້ຖືກເພີ່ມ, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນ cleaved ເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ການລວມຕົວຂອງຖານຕໍ່ໄປ. ດ້ວຍ dNTPs terminator-bound ທີ່ປີ້ນກັບກັນທັງສີ່ທີ່ມີຢູ່ໃນແຕ່ລະຮອບວຽນລໍາດັບ, ການແຂ່ງຂັນແບບທໍາມະຊາດຈະຫຼຸດຜ່ອນຄວາມລໍາອຽງໃນການປະກອບ. ເທັກໂນໂລຍີອະເນກປະສົງນີ້ສະໜັບສະໜຸນທັງຫ້ອງສະໝຸດແບບອ່ານດຽວ ແລະແບບຄູ່, ສະໜອງໃຫ້ຫຼາຍປະເພດການນຳໃຊ້ genomic. ຄວາມສາມາດໃນການສົ່ງຂໍ້ມູນສູງຂອງ Illumina sequencing ແລະຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງການຈັດວາງມັນເປັນພື້ນຖານສໍາຄັນໃນການຄົ້ນຄວ້າ genomics, ການສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ນັກວິທະຍາສາດເພື່ອແກ້ໄຂຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງ genomes ດ້ວຍລາຍລະອຽດແລະປະສິດທິພາບທີ່ບໍ່ກົງກັນ.

ການບໍລິການຈັດລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດຂອງພວກເຮົາທີ່ສ້າງໄວ້ກ່ອນເຮັດໃຫ້ລູກຄ້າສາມາດກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດການຈັດລໍາດັບຈາກແຫຼ່ງຕ່າງໆ (mRNA, genome ທັງຫມົດ, amplicon, 10x ຫ້ອງສະຫມຸດ, ແລະອື່ນໆ). ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຫ້ອງສະຫມຸດເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກສົ່ງໄປຫາສູນຈັດລໍາດັບຂອງພວກເຮົາສໍາລັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບແລະການຈັດລໍາດັບໃນເວທີ Illumina.


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ຄຸນສົມບັດ

ເວທີ:Illumina NovaSeq 6000 ແລະ NovaSeq X Plus

ຮູບແບບການຈັດລໍາດັບ:PE150 ແລະ PE250

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂອງຫ້ອງສະຫມຸດກ່ອນທີ່ຈະຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລຽງຂໍ້ມູນ QC ແລະການຈັດສົ່ງ:ການຈັດສົ່ງບົດລາຍງານ QC ແລະຂໍ້ມູນດິບໃນຮູບແບບ fastq ຫຼັງຈາກ demultiplexing ແລະການກັ່ນຕອງ Q30 ອ່ານ

 

 

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

Versatility ຂອງ​ການ​ບໍ​ລິ​ການ Sequencing​:ລູກ​ຄ້າ​ອາດ​ຈະ​ເລືອກ​ທີ່​ຈະ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​ໂດຍ​ເສັ້ນ​ທາງ​, flow cell​, ຫຼື​ໂດຍ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ຕ້ອງ​ການ (ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​ເສັ້ນ​ບາງ​ສ່ວນ​)​.

ປະ​ສົບ​ການ​ຢ່າງ​ກວ້າງ​ຂວາງ​ໃນ​ເວ​ທີ​ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ Illumina​:ກັບຫລາຍພັນໂຄງການປິດທີ່ມີຊະນິດຕ່າງໆ. 

ການຈັດສົ່ງບົດລາຍງານ QC ລໍາດັບ:ມີ metrics ຄຸນະພາບ, ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຂໍ້ມູນແລະການປະຕິບັດໂດຍລວມຂອງໂຄງການລໍາດັບ.

ຂະບວນການຈັດລໍາດັບຜູ້ໃຫຍ່:ດ້ວຍ​ເວ​ລາ​ທີ່​ສັ້ນ​.

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຄວາມຕ້ອງການ QC ທີ່ເຄັ່ງຄັດເພື່ອຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.

 

 

ເວທີຕົວຢ່າງ

ເວທີ

Flow Cell

ຮູບແບບການຈັດລໍາດັບ

ໜ່ວຍ

ຄາດຄະເນຜົນຜະລິດ

NovaSeq X

10B (8 ເລນ)

PE150

ເສັ້ນທາງດຽວ

ເລນບາງສ່ວນ

375Gb/ເລນ

25B (8 ເລນ)

PE150

ເສັ້ນທາງດຽວ

ເລນບາງສ່ວນ

1000 Gb/ເລນ

NovaSeq 6000

SP Flow cell (2 ເລນ)

PE250

Flow Cell

ເສັ້ນທາງດຽວ

ເລນບາງສ່ວນ

325-400 M reads/ລ້ານຊ້າງ

S4 Flow cell (4 ເລນ)

PE150

Flow Cell

ເສັ້ນທາງດຽວ

ເລນບາງສ່ວນ

~800 Gb / ເລນ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ

 

ຈຳນວນຂໍ້ມູນ (X)

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (qPCR/nM)

ປະລິມານ

ການຈັດລຳດັບເສັ້ນທາງບາງສ່ວນ

 

 

X ≤ 10 Gb

≥ 1 nM

≥ 25 ມລ

10 Gb < X ≤ 50 Gb

≥ 2 nM

≥ 25 ມລ

50 Gb < X ≤ 100 Gb

≥ 3 nM

≥ 25 ມລ

X > 100 Gb

≥ 4 nM

≥ 25 ມລ

ການຈັດລໍາດັບເສັ້ນທາງ

ຕໍ່ລ້ານຊ້າງ

≥ 1.5 nM / ສະນຸກເກີຫ້ອງສະຫມຸດ

≥ 25 μl / ສະນຸກເກີຫ້ອງສະຫມຸດ

ນອກເຫນືອໄປຈາກຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນແລະຈໍານວນທັງຫມົດ, ຮູບແບບສູງສຸດທີ່ເຫມາະສົມແມ່ນຍັງຕ້ອງການ.

ໝາຍເຫດ: ການຈັດຮຽງລຳດັບຂອງຫ້ອງສະໝຸດທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍຕໍ່າຕ້ອງການ PhiX spike-in ເພື່ອຮັບປະກັນການເອີ້ນຖານທີ່ແຂງແຮງ.

ພວກເຮົາແນະນຳໃຫ້ສົ່ງຫ້ອງສະໝຸດກ່ອນລວມເປັນຕົວຢ່າງ. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການ BMKGENE ເພື່ອປະຕິບັດການລວມຫ້ອງສະຫມຸດ, ກະລຸນາເບິ່ງ

ຂໍ້​ກໍາ​ນົດ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ລໍາ​ດັບ​ເສັ້ນ​ທາງ​ບາງ​ສ່ວນ​.

ຂະໜາດຫໍສະໝຸດ (ແຜນທີ່ສູງສຸດ)

ສູງສຸດຕົ້ນຕໍຄວນຈະຢູ່ພາຍໃນ 300-450 bp.
ຫໍສະໝຸດຄວນມີຈຸດສູງສຸດອັນດຽວ, ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນຂອງອະແດບເຕີ ແລະບໍ່ມີ primer dimers.

ກະລຸນາຕິດຕໍ່ພວກເຮົາຖ້າຕົວຢ່າງຂອງທ່ານບໍ່ກົງກັບຄວາມຕ້ອງການວັດສະດຸເລີ່ມຕົ້ນ.

ຂະບວນການບໍລິການ

ການກະກຽມຕົວຢ່າງ

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຫ້ອງສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ

ຕົວຢ່າງ QC

ການຈັດສົ່ງໂຄງການ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • ບົດລາຍງານ QC ຂອງຫ້ອງສະຫມຸດ

    ບົດ​ລາຍ​ງານ​ກ່ຽວ​ກັບ​ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ຂອງ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​ແມ່ນ​ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​ກ່ອນ​ທີ່​ຈະ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​, ການ​ປະ​ເມີນ​ຈໍາ​ນວນ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​, ແລະ​ການ​ແບ່ງ​ແຍກ​.

     

    ການຈັດລໍາດັບບົດລາຍງານ QC

     

    ຕາຕະລາງ 1. ສະຖິຕິກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບ.

    ID ຕົວຢ່າງ

    BMKID

    ອ່ານດິບ

    ຂໍ້ມູນດິບ (bp)

    ການອ່ານທີ່ສະອາດ (%)

    Q20(%)

    Q30(%)

    GC(%)

    C_01

    BMK_01

    22,870,120

    6,861,036,000

    96.48

    99.14

    94.85

    36.67

    C_02

    BMK_02

    14,717,867

    4,415,360,100

    96.00

    98.95

    93.89

    37.08

    ຮູບ 1. ການແຈກຢາຍຄຸນນະພາບຕາມການອ່ານໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງ

    A9

    ຮູບທີ 2. ການແຈກຢາຍເນື້ອຫາພື້ນຖານ

    A10

    ຮູບ 3. ການແຜ່ກະຈາຍຂອງເນື້ອໃນທີ່ອ່ານຢູ່ໃນລໍາດັບຂໍ້ມູນ

    A11

     

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານໄປຫາພວກເຮົາ: