条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

De novo Fungal Genome Assembly

图片53

 

 

BMKGENE ສະຫນອງການແກ້ໄຂອະເນກປະສົງສໍາລັບ genomes fungal, ຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຄົ້ນຄ້ວາທີ່ຫຼາກຫຼາຍແລະຄວາມສົມບູນຂອງ genome ທີ່ຕ້ອງການ. ການນໍາໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ Illumina ສັ້ນທີ່ອ່ານຢ່າງດຽວເຮັດໃຫ້ການສ້າງ genome ຮ່າງ. ການຈັດລຳດັບການອ່ານສັ້ນ ແລະອ່ານຍາວໂດຍໃຊ້ Nanopore ຫຼື Pacbio ແມ່ນລວມເຂົ້າກັນສໍາລັບ genome ເຊື້ອເຫັດທີ່ຫລອມໂລຫະກວ່າທີ່ມີ contigs ຍາວກວ່າ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ການເຊື່ອມໂຍງການຈັດລໍາດັບ Hi-C ເພີ່ມຄວາມສາມາດ, ເຮັດໃຫ້ການບັນລຸ genome ລະດັບ chromosome ທີ່ສົມບູນ.


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ

ມີສາມທາງເລືອກທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະເລືອກເອົາໂດຍອີງຕາມລະດັບທີ່ຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome:

● Draft Genome Option: ການຈັດລຳດັບການອ່ານສັ້ນດ້ວຍ Illumina NovaSeq PE150.

● ຕົວເລືອກພັນທຸກໍາທີ່ດີຂອງເຊື້ອເຫັດ:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi ອ່ານ) ຫຼື Nanopore PromethION 48.

● ລະດັບ Chromosome ເຊື້ອເຫັດ:

Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.

Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi ອ່ານ) ຫຼື Nanopore PromethION 48.

Contig anchoring ກັບສະພາແຫ່ງ Hi-C.

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

ມີຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນ: ສໍາລັບເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນແລະຄວາມຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome

ຂັ້ນຕອນການເຮັດວຽກຂອງ Bioinformatics ສໍາເລັດ:ນີ້ປະກອບມີການປະກອບ genome ແລະການຄາດຄະເນຂອງອົງປະກອບ genomic ຫຼາຍ, ຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແລະ contig anchoring.

ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 12,000 genomes microbial ປະກອບ, ພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການຫຼາຍກວ່າທົດສະວັດ, ທີມງານການວິເຄາະທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ, ເນື້ອໃນທີ່ສົມບູນແບບ, ແລະການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍທີ່ດີເລີດ.

ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ການບໍລິການ

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ

ຮ່າງ Genome

Illumina PE150 100x

Q30≥85%

ພັນທຸ ກຳ ທີ່ດີ

ການສໍາຫຼວດ Genome: Illumina PE150 50 x

ສະພາແຫ່ງ: PacBio HiFi 30x ຫຼື Nanopore 100x

contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular)

contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular)

contig N50 ≥500kb (ອື່ນໆ)

genome ລະດັບໂຄໂມໂຊມ

ການສໍາຫຼວດ Genome: Illumina PE150 50 x

ສະພາແຫ່ງ: PacBio HiFi 30x ຫຼື Nanopore 100x

Hi-C Assembly 100x

ອັດຕາສ່ວນການຍຶດຕິດ> 90%

 

ຄວາມຕ້ອງການການບໍລິການ

 

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL)

ຈຳນວນທັງໝົດ (µg)

ປະລິມານ (µL)

OD260/280

OD260/230

PacBio

≥20

≥2

≥20

1.7-2.2

≥1.6

ນາໂນປໍ

≥40

≥2

≥20

1.7-2.2

1.0-3.0

Illumina

≥1

≥0.06

≥20

-

-

ເຊື້ອເຫັດ Unicellular: ≥3.5x1010 ຈຸລັງ

ເຊື້ອເຫັດມະຫາພາກ: ≥10 g

 

ກະແສວຽກບໍລິການ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 未标题-1-01

    ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:

    Genome Survey:

    • ການຈັດລໍາດັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ
    • ການຄາດຄະເນພັນທຸ ກຳ: ຂະຫນາດ, heterozygosity, ອົງປະກອບທີ່ຊໍ້າຊ້ອນ

    ສະພາແຫ່ງພັນທຸ ກຳ ທີ່ດີ:

    • ການຈັດລໍາດັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ
    • ເດໂນໂວສະພາແຫ່ງ
    • ການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງພັນທຸກໍາ: ການຄາດຄະເນຂອງ CDS ແລະອົງປະກອບ genomic ຫຼາຍ
    • ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດກັບຖານຂໍ້ມູນທົ່ວໄປຫຼາຍ (GO, KEGG, ແລະອື່ນໆ) ແລະຖານຂໍ້ມູນຂັ້ນສູງ (CARD, VFDB, ແລະອື່ນໆ)

    Hi-C Assembly:

    • ການປະເມີນຫ້ອງສະໝຸດ Hi-C.
    • Contigs anchoring clustering, ການ​ສັ່ງ​ແລະ​ການ​ວາງ​ທິດ​ທາງ
    • ການປະເມີນຜົນຂອງສະພາແຫ່ງ HI-C: ອີງໃສ່ genome ອ້າງອີງແລະແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ

    Genome survey: ການແຈກຢາຍ k-mer

     

     图片54

    ການປະກອບພັນທຸ ກຳ: ຄຳ ອະທິບາຍປະກອບຂອງເຊື້ອສາຍພັນທຸ ກຳ (ຖານຂໍ້ມູນ NR)

     

     图片55

     

    ການປະກອບພັນທຸ ກຳ: ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີປະໂຫຍດ (GO)

     

    图片56

    ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.

     

    Hao, J. et al. (2023) 'ການເຊື່ອມສານໂອມິກແບບປະສົມປະສານຂອງເຫັດເປັນຢາ Inonotus obliquus ພາຍໃຕ້ສະພາບທີ່ຈົມຢູ່ໃຕ້ນ້ຳ',ພັນທຸ ກຳ BMC, 24(1), ໜ້າ 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.

    Lu, L. et al. (2023) 'ການຈັດລໍາດັບພັນທຸ ກຳ ເປີດເຜີຍການວິວັດທະນາການແລະກົນໄກການເກີດພະຍາດຂອງເມັດເຂົ້າສາລີທີ່ຄົມຊັດຂອງເຊື້ອພະຍາດ Rhizoctonia cerealis',ວາລະສານການປູກພືດ, 11(2), ໜ້າ 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.

    Zhang, H. et al. (2023) 'ຊັບພະຍາກອນ Genome ສໍາລັບສີ່ຊະນິດ Clarireedia ທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດຈຸດເງິນໂດລາໃນຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Turfgrasses',ພະຍາດພືດ, 107(3), ໜ້າ 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A

    Zhang, SS et al. (2023) 'ຫຼັກຖານທາງພັນທຸກໍາ ແລະໂມເລກຸນຂອງລະບົບການຫາຄູ່ Tetrapolar ໃນເຫັດກິນໄດ້ Grifola frondosa',ວາລະສານຂອງ Fungi, 9(10), ໜ້າ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານໄປຫາພວກເຮົາ: