ມີສາມທາງເລືອກທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະເລືອກເອົາໂດຍອີງຕາມລະດັບທີ່ຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome:
● Draft Genome Option: ການຈັດລຳດັບການອ່ານສັ້ນດ້ວຍ Illumina NovaSeq PE150.
● ຕົວເລືອກພັນທຸກໍາທີ່ດີຂອງເຊື້ອເຫັດ:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi ອ່ານ) ຫຼື Nanopore PromethION 48.
● ລະດັບ Chromosome ເຊື້ອເຫັດ:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi ອ່ານ) ຫຼື Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring ກັບສະພາແຫ່ງ Hi-C.
●ມີຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນ: ສໍາລັບເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນແລະຄວາມຕ້ອງການຂອງຄວາມສົມບູນຂອງ genome
●ຂັ້ນຕອນການເຮັດວຽກຂອງ Bioinformatics ສໍາເລັດ:ນີ້ປະກອບມີການປະກອບ genome ແລະການຄາດຄະເນຂອງອົງປະກອບ genomic ຫຼາຍ, ຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແລະ contig anchoring.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 12,000 genomes microbial ປະກອບ, ພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການຫຼາຍກວ່າທົດສະວັດ, ທີມງານການວິເຄາະທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ, ເນື້ອໃນທີ່ສົມບູນແບບ, ແລະການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍທີ່ດີເລີດ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ການບໍລິການ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
ຮ່າງ Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
ພັນທຸ ກຳ ທີ່ດີ | ການສໍາຫຼວດ Genome: Illumina PE150 50 x ສະພາແຫ່ງ: PacBio HiFi 30x ຫຼື Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (ອື່ນໆ) |
genome ລະດັບໂຄໂມໂຊມ | ການສໍາຫຼວດ Genome: Illumina PE150 50 x ສະພາແຫ່ງ: PacBio HiFi 30x ຫຼື Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | ອັດຕາສ່ວນການຍຶດຕິດ> 90%
|
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL) | ຈຳນວນທັງໝົດ (µg) | ປະລິມານ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
ນາໂນປໍ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ເຊື້ອເຫັດ Unicellular: ≥3.5x1010 ຈຸລັງ
ເຊື້ອເຫັດມະຫາພາກ: ≥10 g
ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
Genome Survey:
ສະພາແຫ່ງພັນທຸ ກຳ ທີ່ດີ:
Hi-C Assembly:
Genome survey: ການແຈກຢາຍ k-mer
ການປະກອບພັນທຸ ກຳ: ຄຳ ອະທິບາຍປະກອບຂອງເຊື້ອສາຍພັນທຸ ກຳ (ຖານຂໍ້ມູນ NR)
ການປະກອບພັນທຸ ກຳ: ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີປະໂຫຍດ (GO)
ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການປະກອບພັນທຸກໍາຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Hao, J. et al. (2023) 'ການເຊື່ອມສານໂອມິກແບບປະສົມປະສານຂອງເຫັດເປັນຢາ Inonotus obliquus ພາຍໃຕ້ສະພາບທີ່ຈົມຢູ່ໃຕ້ນ້ຳ',ພັນທຸ ກຳ BMC, 24(1), ໜ້າ 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'ການຈັດລໍາດັບພັນທຸ ກຳ ເປີດເຜີຍການວິວັດທະນາການແລະກົນໄກການເກີດພະຍາດຂອງເມັດເຂົ້າສາລີທີ່ຄົມຊັດຂອງເຊື້ອພະຍາດ Rhizoctonia cerealis',ວາລະສານການປູກພືດ, 11(2), ໜ້າ 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'ຊັບພະຍາກອນ Genome ສໍາລັບສີ່ຊະນິດ Clarireedia ທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດຈຸດເງິນໂດລາໃນຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ Turfgrasses',ພະຍາດພືດ, 107(3), ໜ້າ 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'ຫຼັກຖານທາງພັນທຸກໍາ ແລະໂມເລກຸນຂອງລະບົບການຫາຄູ່ Tetrapolar ໃນເຫັດກິນໄດ້ Grifola frondosa',ວາລະສານຂອງ Fungi, 9(10), ໜ້າ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.