Metagenomic Sequencing-Nanopore
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
Øການປະກອບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ - ປັບປຸງຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງການກໍານົດຊະນິດແລະການຄາດຄະເນພັນທຸກໍາທີ່ມີປະໂຫຍດ
Øການແຍກເຊື້ອແບັກທີເລຍທີ່ຖືກປິດໄວ້
Øຄໍາຮ້ອງສະຫມັກທີ່ມີປະສິດທິພາບແລະເຊື່ອຖືໄດ້ຫຼາຍຂຶ້ນໃນພື້ນທີ່ທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ເຊັ່ນ: ການກວດຫາຈຸລິນຊີທີ່ເປັນເຊື້ອພະຍາດຫຼືພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຕໍ່ຕ້ານຢາຕ້ານເຊື້ອ.
Øການວິເຄາະ metagenome ປຽບທຽບ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ການຈັດລໍາດັບເວທີ | ຫໍສະໝຸດ | ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ເວລາຮອບວຽນໂດຍປະມານ |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | ແທັກ 50K/100K/300K | 30 ມື້ |
ການວິເຄາະ bioinformatics
üການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
üການປະກອບ metagenome
üຊຸດ gene ທີ່ບໍ່ຊ້ໍາກັນແລະຄໍາອະທິບາຍ
üການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນ
üການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຫນ້າທີ່ພັນທຸກໍາ
üການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
üການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
| ສານສະກັດຈາກ DNA | ＞ 30 ນ | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ |
| ດິນ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ. |
| ອາຈົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ. |
| ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ | ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes. |
| ຂີ້ຕົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ |
| ນ້ຳ | ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີ, ເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບກໍານ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມຂະຫຍາຍຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ. |
| ຜິວໜັງ | ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ທໍ່ທີ່ຂ້າເຊື້ອແລ້ວ. |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.Heatmap: ການຈັດກຸ່ມຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນ
2.ພັນທຸກໍາທີ່ເຮັດໜ້າທີ່ໄດ້ອະທິບາຍເຖິງເສັ້ນທາງການເຜົາຜານຂອງ KEGG
3.Species correlation network
4.Circos ຂອງ CARD genes ຕ້ານຢາຕ້ານເຊື້ອ
ກໍລະນີ BMK
Nanopore metaagenomics ເຮັດໃຫ້ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກຢ່າງໄວວາຂອງການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາຂອງແບັກທີເລຍ
ຈັດພີມມາ:ເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບທຳມະຊາດ, 2019
ຈຸດເດັ່ນທາງດ້ານວິຊາການ
ການຈັດລໍາດັບ: Nanopore MinION
ຊີວະວິທະຍາທາງດ້ານການວັດແທກທາງຄລີນິກ: ການທຳລາຍ DNA ຂອງເຈົ້າພາບ, ການວິເຄາະ WIMP ແລະ ARMA
ການກວດຫາໄວ: 6 ຊົ່ວໂມງ
ຄວາມອ່ອນໄຫວສູງ: 96.6%
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ໃນປີ 2006, ການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາ (LR) ເຮັດໃຫ້ 3 ລ້ານຄົນເສຍຊີວິດໃນທົ່ວໂລກ.ວິທີການທົ່ວໄປສໍາລັບການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ LR1 ແມ່ນການປູກຝັງ, ເຊິ່ງມີຄວາມອ່ອນໄຫວທີ່ບໍ່ດີ, ການຫັນປ່ຽນເປັນເວລາດົນນານແລະຂາດຄໍາແນະນໍາໃນການປິ່ນປົວດ້ວຍຢາຕ້ານເຊື້ອໃນຕອນຕົ້ນ.ການວິນິດໄສຈຸລິນຊີໄວແລະຖືກຕ້ອງແມ່ນເປັນຄວາມຕ້ອງການອັນຮີບດ່ວນມາດົນແລ້ວ.ທ່ານດຣ Justin ຈາກມະຫາວິທະຍາໄລ East Anglia ແລະຄູ່ຮ່ວມງານຂອງລາວໄດ້ປະສົບຜົນສໍາເລັດໃນການພັດທະນາວິທີການ metagenomic ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ສໍາລັບການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ.ອີງຕາມຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງພວກເຂົາ, 99.99% ຂອງ DNA ເຈົ້າພາບສາມາດຖືກທໍາລາຍ.ການກວດຫາເຊື້ອພະຍາດ ແລະເຊື້ອພະຍາດຕ້ານເຊື້ອສາມາດສຳເລັດໄດ້ພາຍໃນ 6 ຊົ່ວໂມງ.
ອ້າງອິງ
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metaagenomics ເຮັດໃຫ້ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກຢ່າງໄວວາຂອງການຕິດເຊື້ອທາງເດີນຫາຍໃຈຕ່ໍາຂອງແບັກທີເລຍ.ເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບທຳມະຊາດ, 37(7), 1.
