TRANSCRIPTOMICS
ທໍາມະຊາດ
ການສື່ສານ
ລັກສະນະການຖອດຂໍ້ຄວາມຄວາມຍາວເຕັມຂອງການກາຍພັນຂອງ SF3B1 ໃນ leukemia lymphocytic ຊໍາເຮື້ອສະແດງໃຫ້ເຫັນການຫຼຸດລົງຂອງ intros ເກັບຮັກສາໄວ້.
ບົດບັນທຶກສະບັບເຕັມ|ລຳດັບຂອງນາໂນພຣີ|ການວິເຄາະ isoform ທາງເລືອກ
ຄວາມເປັນມາ
Sການກາຍພັນ omatic ໃນປັດໄຈ splicing SF3B1 ໄດ້ຖືກລາຍງານຢ່າງກວ້າງຂວາງວ່າກ່ຽວຂ້ອງກັບມະເຮັງຕ່າງໆ, ລວມທັງ leukemia lymphocytic ຊໍາເຮື້ອ (CLL), melanoma uveal, ມະເຮັງເຕົ້ານົມ, ແລະອື່ນໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, ການສຶກສາ transcriptomic ທີ່ອ່ານສັ້ນໄດ້ເປີດເຜີຍຮູບແບບ splicing ຜິດປົກກະຕິ induced ໂດຍ SF3B1 mutations.ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ການສຶກສາກ່ຽວກັບຮູບແບບການແຍກທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກຈໍາກັດຍາວໃນລະດັບເຫດການແລະການຂາດຄວາມຮູ້ກ່ຽວກັບລະດັບ isoform ເນື່ອງຈາກຂໍ້ຈໍາກັດຂອງບົດບັນທຶກທີ່ປະກອບສັ້ນ.ທີ່ນີ້, ເວທີການຈັດລໍາດັບ nanopore ໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີເພື່ອສ້າງບົດບັນທຶກທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການສືບສວນກ່ຽວກັບ AS isoforms.
ການອອກແບບທົດລອງ
ການທົດລອງ
ການຈັດກຸ່ມ:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutation);3. ຈຸລັງ B ປົກກະຕິ
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:ການຈັດລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດ MinION 2D, ການຈັດລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດ PromethION 1D;ຂໍ້ມູນທີ່ອ່ານສັ້ນຈາກຕົວຢ່າງດຽວກັນ
ເວທີການຈັດລໍາດັບ:ONT MinION;ONT PromethION;
ການວິເຄາະທາງຊີວະພາບ
ຜົນໄດ້ຮັບ
ກຈໍານວນການອ່ານທັງຫມົດ 257 ລ້ານໄດ້ຖືກຜະລິດຈາກ 6 ຕົວຢ່າງ CLL ແລະ 3 B-cells.ໂດຍສະເລ່ຍ 30.5% ຂອງການອ່ານເຫຼົ່ານີ້ຖືກລະບຸວ່າເປັນການຖອດຂໍ້ຄວາມເຕັມຄວາມຍາວ.
Fການວິເຄາະ isoform ທາງເລືອກທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມຂອງ RNA (FLAIR) ໄດ້ຖືກພັດທະນາເພື່ອສ້າງຊຸດຂອງ isoforms ທີ່ມີຄວາມຫມັ້ນໃຈສູງ.FLAIR ສາມາດສະຫຼຸບໄດ້ຄື:
Nanopore ອ່ານການຈັດລໍາດັບ: ກໍານົດໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມທົ່ວໄປໂດຍອີງໃສ່ genome ອ້າງອີງ;
Splice junction correction: ແກ້ໄຂຂໍ້ຜິດພາດຕາມລໍາດັບ(ສີແດງ) ທີ່ມີສະຖານທີ່ splice ຈາກທັງ introns ຫຍໍ້, introns ຈາກຂໍ້ມູນສັ້ນອ່ານຫຼືທັງສອງ;
Collapse: ສະຫຼຸບ isoforms ຕົວແທນໂດຍອີງໃສ່ຕ່ອງໂສ້ splice junction (ຊຸດທໍາອິດຜ່ານ).ເລືອກ isofrom ທີ່ມີຄວາມຫມັ້ນໃຈສູງໂດຍອີງໃສ່ຈໍານວນການອ່ານທີ່ສະຫນັບສະຫນູນ (Threshold: 3).
ຮູບ 1. ການວິເຄາະ FLAIR ເພື່ອກໍານົດ isoforms ເຕັມຄວາມຍາວທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການກາຍພັນ SF3B1 ໃນ CLL
FLAIR ກໍານົດ 326,699 isoforms ທີ່ມີຄວາມຫມັ້ນໃຈສູງ, 90% ແມ່ນ isoforms Novell.ສ່ວນໃຫຍ່ຂອງ isoforms unannotated ເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າເປັນການຜະສົມຜະສານໃຫມ່ຂອງ juntions splice ທີ່ຮູ້ຈັກ (142,971), ໃນຂະນະທີ່ isoforms ໃຫມ່ທີ່ຍັງເຫຼືອມີທັງ intron ເກັບຮັກສາໄວ້ (21,700) ຫຼື Novell exon (3594).
Lລໍາດັບທີ່ອ່ານໄດ້ຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດສະຖານທີ່ SF3B1-K700E -altered splice ທີ່ມີການປ່ຽນແປງໃນລະດັບ isoform.35 ທາງເລືອກ 3'SSs ແລະ 10 ທາງເລືອກ 5'SSs ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າມີຄວາມແຕກຕ່າງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍລະຫວ່າງ SF3B1-K700E ແລະ SF3B1-WT.33 ໃນ 35 ການປ່ຽນແປງໄດ້ຖືກຄົ້ນພົບໃຫມ່ໂດຍລໍາດັບທີ່ອ່ານຍາວ.ໃນຂໍ້ມູນ Nanopore, ການແຜ່ກະຈາຍຂອງໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງ SF3B1-K700E-altered 3'SSs ກັບສະຖານທີ່ canonical ສູງສຸດແມ່ນປະມານ -20 bp, ເຊິ່ງມີຄວາມແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຈາກການແຜ່ກະຈາຍຂອງການຄວບຄຸມ, ຄ້າຍຄືກັນກັບສິ່ງທີ່ໄດ້ຖືກລາຍງານຢູ່ໃນລໍາດັບອ່ານສັ້ນ CLL.Isoforms ຂອງ gene ERGIC3 ໄດ້ຖືກວິເຄາະ, ບ່ອນທີ່ isoform ນະວະນິຍາຍທີ່ມີສະຖານທີ່ splice ໃກ້ຄຽງໄດ້ຖືກພົບເຫັນຫຼາຍໃນ SF3B1-K700E .ທັງ proximal ແລະ distal 3'SS ແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບຮູບແບບ AS ທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ສ້າງ isoforms ຫຼາຍ.
ຮູບທີ 2. ທາງເລືອກ 3′ ຮູບແບບການຊ້ອນກັນທີ່ລະບຸດ້ວຍຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບ nanopore
ການວິເຄາະການນໍາໃຊ້ເຫດການ IR ໄດ້ຖືກຈໍາກັດມາດົນນານໃນການວິເຄາະທີ່ອ່ານສັ້ນໆເນື່ອງຈາກຄວາມຫມັ້ນໃຈໃນການກໍານົດແລະປະລິມານ IR.ການສະແດງອອກຂອງ isoforms IR ໃນ SF3B1-K700E ແລະ SF3B1-WT ໄດ້ຖືກຄິດໄລ່ຕາມລໍາດັບຂອງ nanopore, ເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນກົດລະບຽບການຫຼຸດລົງຂອງໂລກຂອງ isoforms IR ໃນ SF3B1-K700E .
ຮູບທີ 4. ຄວາມເຂັ້ມງວດທາງດ້ານກະສິກໍາ ແລະ ການເຊື່ອມຕໍ່ເຄືອຂ່າຍໃນທົ່ວລະບົບກະສິກໍາສາມ (A ແລະ B);ການວິເຄາະປ່າໄມ້ແບບສຸ່ມ (C) ແລະຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງກະສິກໍາແລະການເປັນອານານິຄົມ AMF (D)
ຮູບທີ 3. ເຫດການການເຊົ່າ Intron ແມ່ນຖືກຄວບຄຸມຢ່າງແຂງແຮງໃນ CLL SF3B1-K700E
ເຕັກໂນໂລຊີ
Nanopore ລໍາດັບອ່ານຍາວ
Nanopore sequencing ເປັນໂມເລກຸນດຽວ ເຕັກໂນໂລຊີການຈັດລໍາດັບສັນຍານໄຟຟ້າໃນເວລາຈິງ.
DDNA ຫຼື RNA ທີ່ມີສາຍ ouble ຈະຜູກມັດກັບທາດໂປຼຕີນຈາກ nanoporous ທີ່ຝັງຢູ່ໃນ biofilm ແລະ unwinding ພາຍໃຕ້ການນໍາພາຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກມໍເຕີ.
Dສາຍ NA/RNA ຜ່ານໂປຣຕີນຊ່ອງ nanopore ໃນອັດຕາທີ່ແນ່ນອນພາຍໃຕ້ການປະຕິບັດຂອງຄວາມແຕກຕ່າງແຮງດັນ.
Molecules ສ້າງສັນຍານໄຟຟ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນຕາມໂຄງສ້າງທາງເຄມີ.
Rການກວດຫາ eal-time ຂອງລໍາດັບແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍການເອີ້ນຖານ.
ການປະຕິບັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບເຕັມຄວາມຍາວ
√ ການອີ່ມຕົວຂອງຂໍ້ມູນ
ຕ້ອງອ່ານໜ້ອຍລົງ 7 ເທົ່າເພື່ອບັນລຸຄວາມອີ່ມຕົວຂອງຂໍ້ມູນທຽບເທົ່າ.
√ ການກໍານົດໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ
ການກໍານົດຕົວແປຂອງໂຄງສ້າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍດ້ວຍການອ່ານສະບັບເຕັມຄວາມເຫັນດີຂອງແຕ່ລະຂໍ້ຄວາມ
√ ການວິເຄາະຄວາມແຕກຕ່າງລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ - ເປີດເຜີຍການປ່ຽນແປງທີ່ເຊື່ອງໄວ້ໂດຍການອ່ານສັ້ນໆ
ອ້າງອິງ
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.ລັກສະນະການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບເຕັມຄວາມຍາວຂອງການກາຍພັນຂອງ SF3B1 ໃນ leukemia lymphocytic ຊໍາເຮື້ອສະແດງໃຫ້ເຫັນການຫຼຸດລົງຂອງ introns ເກັບຮັກສາໄວ້ [J].ການສື່ສານທໍາມະຊາດ.
ເທັກໂນໂລຍີ ແລະຈຸດເດັ່ນ ມີຈຸດປະສົງເພື່ອແບ່ງປັນການ ນຳ ໃຊ້ທີ່ປະສົບຜົນ ສຳ ເລັດໃນບໍ່ດົນມານີ້ຂອງເຕັກໂນໂລຢີການຈັດລໍາດັບທີ່ຜ່ານລະດັບສູງທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນສະ ໜາມ ການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆເຊັ່ນດຽວກັນກັບແນວຄວາມຄິດທີ່ສະຫຼາດໃນການອອກແບບທົດລອງແລະການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນ.
ເວລາປະກາດ: 08-08-2022