ຜະລິດຕະພັນ

mRNA Sequencing-Illumina ທີ່ອີງໃສ່ການບໍ່ອ້າງອີງ

ຮູບພາບທີ່ໂດດເດັ່ນ mRNA Sequencing-Illumina ໂດຍອີງໃສ່ການບໍ່ອ້າງອີງ

ການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ນຳໃຊ້ເຕັກນິກການຈັດລຳດັບລຸ້ນຕໍ່ໄປ (NGS) ເພື່ອຈັບຕົວສົ່ງສານ RNA (mRNA) ໃນຮູບແບບ Eukaryote ໃນຊ່ວງເວລາສະເພາະທີ່ບາງໜ້າທີ່ພິເສດກຳລັງເປີດໃຊ້ງານ.spliced transcript ທີ່ຍາວທີ່ສຸດໄດ້ຖືກເອີ້ນວ່າ 'Unigene' ແລະຖືກນໍາໃຊ້ເປັນລໍາດັບການອ້າງອິງສໍາລັບການວິເຄາະຕໍ່ໄປ, ຊຶ່ງເປັນວິທີການປະສິດທິພາບໃນການສຶກສາກົນໄກໂມເລກຸນແລະເຄືອຂ່າຍລະບຽບການຂອງຊະນິດໂດຍບໍ່ມີການອ້າງອີງ.

ຫຼັງຈາກການປະກອບຂໍ້ມູນ transcriptome ແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ unigene

(1) ການວິເຄາະ SSR, ການຄາດຄະເນ CDS ແລະໂຄງສ້າງ gene ຈະໄດ້ຮັບການ preformed.

(2) ປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ unigene ໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງຈະຖືກປະຕິບັດ.

(3) unigenes ທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ (ຫຼືກຸ່ມ) ຈະຖືກຄົ້ນພົບໂດຍອີງໃສ່ການສະແດງອອກຂອງ unigene

(4) ການຈັດກຸ່ມ, ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການວິເຄາະການເສີມຂະຫຍາຍຕົວຂອງ unigenes ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນຈະໄດ້ຮັບການປະຕິບັດ.

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ກໍລະນີສຶກສາ

ຄຸນລັກສະນະ

● ເປັນເອກະລາດຂອງ genome ອ້າງອີງໃດໆ,

● ຂໍ້ມູນສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອວິເຄາະໂຄງສ້າງແລະການສະແດງອອກຂອງຂໍ້ຄວາມຖອດຖອນໄດ້

● ກໍານົດສະຖານທີ່ຕັດທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

● ການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບໂດຍອີງໃສ່ BMKCloud: ຜົນໄດ້ຮັບຖືກສົ່ງເປັນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນແລະບົດລາຍງານແບບໂຕ້ຕອບຜ່ານແພລະຕະຟອມ BMKCloud, ເຊິ່ງຊ່ວຍໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ສາມາດອ່ານຜົນໄດ້ຮັບການວິເຄາະທີ່ສັບສົນແລະການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບກໍານົດເອງໂດຍອີງໃສ່ການວິເຄາະ bioinformatics ມາດຕະຖານ.

● ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍ: ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍມີເວລາ 3 ເດືອນຫຼັງຈາກໂຄງການສໍາເລັດ, ລວມທັງການຕິດຕາມໂຄງການ, ການແກ້ໄຂບັນຫາ, ຜົນໄດ້ຮັບ Q&A, ແລະອື່ນໆ.

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

ປະລິມານ (μg)

ຄວາມບໍລິສຸດ

ຄວາມຊື່ສັດ

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ.

ສໍາລັບພືດ: RIN≥6.5;

ສໍາລັບສັດ: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ

ເນື້ອເຍື່ອ: ນ້ຳໜັກ (ແຫ້ງ): ≥1 g
* ສໍາລັບເນື້ອເຍື່ອຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ 5 ມລກ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ frozen (ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວ) flash.

ການລະງັບເຊວ: ຈຳນວນເຊວ = 3×10⁷
*ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງ lysate ຫ້ອງ frozen.ໃນກໍລະນີທີ່ຕາລາງນັ້ນນັບໜ້ອຍກວ່າ 5×10⁵, flash frozen ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວແມ່ນແນະນໍາໃຫ້.

ຕົວຢ່າງເລືອດ:
PA×geneBloodRNATube;
6 mLTRIzol ແລະ 2mL ເລືອດ (TRIzol: ເລືອດ = 3: 1)

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

ຕູ້ຄອນເທນເນີ:
ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......

ການຂົນສົ່ງ:
1.Dry-ice: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃນຖົງແລະຝັງຢູ່ໃນແຫ້ງ-ice.
2.RNAstable tubes: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.

ກະແສວຽກບໍລິການ

ການອອກແບບທົດລອງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການສະກັດເອົາ RNA

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ທີ່ຜ່ານມາ: ລຳດັບການບໍ່ເຂົ້າລະຫັດຍາວ-Illumina

ຕໍ່ໄປ: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

ຊີວະວິທະຍາ

1.mRNA(denovo) ຫຼັກການຂອງສະພາ

ໂດຍ Trinity, ການອ່ານຖືກແບ່ງອອກເປັນຕ່ອນນ້ອຍໆ, ເອີ້ນວ່າ K-mer.K-mers ເຫຼົ່ານີ້ຫຼັງຈາກນັ້ນຖືກນໍາໃຊ້ເປັນເມັດເພື່ອຂະຫຍາຍເຂົ້າໄປໃນ contigs ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນອົງປະກອບໂດຍອີງໃສ່ contig overlappings.ສຸດທ້າຍ, De Bruijn ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢູ່ທີ່ນີ້ເພື່ອຮັບຮູ້ການຖອດຂໍ້ຄວາມໃນອົງປະກອບ.

mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

mRNA (De novo) ພາບລວມຂອງ Trinity

2.mRNA (De novo) ການແຈກຢາຍລະດັບການສະແດງອອກຂອງ Gene

RNA-Seq ແມ່ນສາມາດບັນລຸການຄາດຄະເນທີ່ລະອຽດອ່ອນຂອງການສະແດງອອກຂອງ gene.ໂດຍປົກກະຕິ, ຂອບເຂດທີ່ສາມາດກວດພົບໄດ້ຂອງການສະແດງຜົນການຖອດຂໍ້ຄວາມ FPKM ແມ່ນຕັ້ງແຕ່ 10^-2 ຫາ 10^6.

mRNA-(De-novo)-ການແຜ່ກະຈາຍຂອງ-FPKM-ຄວາມໜາແໜ້ນ-ໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງ

mRNA (De novo) ການແຈກຢາຍຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງ FPKM ໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງ

3.mRNA (De novo) GO Enrichment ການວິເຄາະຂອງ DEGs

ຖານຂໍ້ມູນ GO (Gene Ontology) ແມ່ນລະບົບການບັນຍາຍທາງຊີວະວິທະຍາທີ່ມີໂຄງສ້າງທີ່ມີຄໍາສັບມາດຕະຖານຂອງ gene ແລະຜະລິດຕະພັນຂອງ gene.ມັນປະກອບດ້ວຍຫຼາຍລະດັບ, ບ່ອນທີ່ລະດັບຕ່ໍາກວ່າ, ຫນ້າທີ່ສະເພາະຫຼາຍແມ່ນ.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-ໃນລະດັບທີສອງ

mRNA (De novo) GO ການຈັດປະເພດຂອງ DEGs ໃນລະດັບທີສອງ

ກໍລະນີ BMK

ການວິເຄາະ Transcriptome ຂອງ sucrose Metabolism ໃນລະຫວ່າງການໃຄ່ບວມຂອງ Bulb ແລະການພັດທະນາໃນຜັກບົ່ວ (Allium cepa L.)

ຈັດພີມມາ: ຊາຍແດນໃນວິທະຍາສາດພືດປີ 2016

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

Illumina HiSeq2500

ການເກັບຕົວຢ່າງ

ແນວພັນຂອງ Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ໃນການສຶກສານີ້.ຈໍານວນຕົວຢ່າງທີ່ເກັບກໍາແມ່ນ
ວັນທີ 15 ຫຼັງຈາກການໃຄ່ບວມ (DAS) ຂອງຫລອດໄຟ (ເສັ້ນຜ່າກາງ 2-cm ແລະ 3-4 g ນ້ໍາຫນັກ), DAS ທີ 30 (ເສັ້ນຜ່າກາງ 5-cm ແລະ 100-110 g), ແລະ ∼3 ໃນ DAS ທີ 40 (ເສັ້ນຜ່າກາງ 7-cm ແລະ 260-300 ກຣາມ).

ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ

1. ໃນແຜນວາດ Venn, ມີທັງໝົດ 146 DEGs ຖືກກວດພົບໃນທົ່ວສາມຄູ່ຂອງໄລຍະການພັດທະນາ.
2.“ການຂົນສົ່ງຄາໂບໄຮເດຣດ ແລະການເຜົາຜານອາຫານ” ເປັນຕົວແທນໂດຍພຽງແຕ່ 585 unigenes (ie, 7% ຂອງ COG ທີ່ມີຄໍາບັນຍາຍ).
3.Unigenes ສຳເລັດການບັນຍາຍໃສ່ຖານຂໍ້ມູນ GO ໄດ້ຖືກຈັດເປັນສາມປະເພດຫຼັກສຳລັບສາມຂັ້ນຕອນຂອງການພັດທະນາ bulb.ສ່ວນໃຫຍ່ເປັນຕົວແທນໃນ "ຂະບວນການທາງຊີວະພາບ" ປະເພດຕົ້ນຕໍແມ່ນ "ຂະບວນການ metabolic", ຕິດຕາມມາດ້ວຍ "ຂະບວນການເຊນ".ໃນປະເພດຕົ້ນຕໍຂອງ "ການທໍາງານຂອງໂມເລກຸນ" ທັງສອງປະເພດທີ່ເປັນຕົວແທນຫຼາຍທີ່ສຸດແມ່ນ "ການຜູກມັດ" ແລະ "ກິດຈະກໍາ catalytic".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram ຂອງກຸ່ມຂອງກຸ່ມ orthologous (COG).

Histogram ຂອງ gene ontology (GO) ການຈັດປະເພດສໍາລັບ unigenes ທີ່ມາຈາກ bulbs ໃນສາມຂັ້ນຕອນການພັດທະນາ

ແຜນວາດ Venn ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງພັນທຸກໍາໃນສອງຂັ້ນຕອນຂອງການພັດທະນາ bulb ຜັກບົ່ວ

ອ້າງອິງ

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.ການວິເຄາະ Transcriptome ຂອງ sucrose Metabolism ໃນລະຫວ່າງການໃຄ່ບວມຂອງ Bulb ແລະການພັດທະນາໃນຜັກບົ່ວ (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425

ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

ຜະລິດຕະພັນ

mRNA Sequencing-Illumina ທີ່ອີງໃສ່ການບໍ່ອ້າງອີງ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ