-
Chromatin Immunoprecipitation Sequncing (ChIP-seq)
Chip-Seq ສະຫນອງການຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາຂອງເປົ້າຫມາຍ DNA ສໍາລັບການດັດແປງ histone, ປັດໃຈການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ແລະໂປຣຕີນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ DNA ອື່ນໆ.ມັນປະສົມປະສານການຄັດເລືອກຂອງ chromatin immuno-precipitation (ChIP) ເພື່ອຟື້ນຕົວສະລັບສັບຊ້ອນທາດໂປຼຕີນ - DNA ສະເພາະ, ດ້ວຍພະລັງງານຂອງລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ (NGS) ສໍາລັບລໍາດັບສູງໂດຍຜ່ານ DNA ທີ່ຟື້ນຕົວຄືນມາ.ນອກຈາກນັ້ນ, ເນື່ອງຈາກວ່າສະລັບສັບຊ້ອນຂອງທາດໂປຼຕີນ - DNA ໄດ້ຖືກຟື້ນຕົວຈາກຈຸລັງທີ່ມີຊີວິດ, ສະຖານທີ່ຜູກມັດສາມາດຖືກປຽບທຽບຢູ່ໃນປະເພດແລະຈຸລັງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ຫຼືພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກມີຕັ້ງແຕ່ກົດລະບຽບການຖ່າຍທອດໄປສູ່ເສັ້ນທາງການພັດທະນາໄປສູ່ກົນໄກຂອງພະຍາດແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ລໍາດັບ Metagenomic -NGS
ເມຕາເຈນໂນມໝາຍເຖິງການສະສົມຂອງພັນທຸກໍາທັງໝົດຂອງຊຸມຊົນປະສົມຂອງສິ່ງມີຊີວິດເຊັ່ນ: ເມຕາgenome ສິ່ງແວດລ້ອມ, metagenome ຂອງມະນຸດ, ແລະອື່ນໆ. ມັນມີພັນທຸກໍາຂອງຈຸລິນຊີທີ່ປູກຝັງໄດ້ ແລະບໍ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້.ການຈັດລໍາດັບ Metagenomic ແມ່ນເຄື່ອງມືໂມເລກຸນທີ່ໃຊ້ໃນການວິເຄາະວັດສະດຸພັນທຸກໍາປະສົມທີ່ສະກັດມາຈາກຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ, ເຊິ່ງໃຫ້ຂໍ້ມູນລະອຽດກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນ, ໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ຄວາມສໍາພັນທາງ phylogenetic, ພັນທຸ ກຳ ທີ່ມີປະໂຫຍດແລະເຄືອຂ່າຍຄວາມສໍາພັນກັບປັດໃຈສິ່ງແວດລ້ອມ.
ເວທີ:ເວທີ Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics ເປັນເຄື່ອງມືໂມເລກຸນທີ່ໃຊ້ໃນການວິເຄາະວັດສະດຸພັນທຸກໍາປະສົມທີ່ສະກັດມາຈາກຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ, ເຊິ່ງໃຫ້ຂໍ້ມູນລະອຽດກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນ, ໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ຄວາມສໍາພັນທາງ phylogenetic, genes ທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະເຄືອຂ່າຍຄວາມສໍາພັນກັບປັດໃຈສິ່ງແວດລ້ອມ, ແລະອື່ນໆ. ການສຶກສາ metagenomic.ການປະຕິບັດທີ່ໂດດເດັ່ນຂອງມັນຢູ່ໃນຄວາມຍາວທີ່ອ່ານສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນການປັບປຸງການວິເຄາະ metagenomic ລົງ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນການປະກອບ metagenome.ການໄດ້ຮັບຜົນປະໂຫຍດຂອງການອ່ານຄວາມຍາວ, ການສຶກສາ Metanomic ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ແມ່ນສາມາດບັນລຸການປະກອບຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງຫຼາຍເມື່ອປຽບທຽບກັບ metagenomics ປືນ.ມັນໄດ້ຖືກຈັດພີມມາວ່າ metagenomics ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ສົບຜົນສໍາເລັດສ້າງ genomes ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນແລະປິດຈາກ microbiomes (Moss, EL, et. al.ຊີວະພາບທໍາມະຊາດ, 2020)
ເວທີ:Nanopore PromethION P48
-
ການຈັດລໍາດັບ genome bisulfite ທັງໝົດ
DNA methylation ຢູ່ຕໍາແຫນ່ງທີຫ້າໃນ cytosine (5-mC) ມີອິດທິພົນພື້ນຖານຕໍ່ການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະກິດຈະກໍາຂອງເຊນ.ຮູບແບບ methylation ຜິດປົກກະຕິແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບເງື່ອນໄຂແລະພະຍາດຕ່າງໆ, ເຊັ່ນ: ມະເຮັງ.WGBS ໄດ້ກາຍເປັນມາດຕະຖານຄໍາສໍາລັບການສຶກສາ methylation ກວ້າງ genome ໃນຄວາມລະອຽດຖານດຽວ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ການວິເຄາະສໍາລັບ Transposase-Accessible Chromatin ດ້ວຍລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ (ATAC-seq)
ATAC-seq ແມ່ນວິທີການຈັດລໍາດັບທີ່ມີຄວາມລະອຽດສູງສໍາລັບການວິເຄາະການເຂົ້າເຖິງ chromatin ກວ້າງຂອງ genome, ເຊິ່ງເປັນສິ່ງສໍາຄັນສໍາລັບການຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງ genetic epigenetic ທົ່ວໂລກ.ອະແດບເຕີການຈັດລໍາດັບຖືກໃສ່ເຂົ້າໄປໃນພາກພື້ນ chromatin ເປີດໂດຍ hyperactive Tn5 transposase.ຫຼັງຈາກການຂະຫຍາຍ PCR, ຫ້ອງສະຫມຸດຕາມລໍາດັບແມ່ນການກໍ່ສ້າງ.ພາກພື້ນ chromatin ທັງຫມົດທີ່ເປີດສາມາດໄດ້ຮັບພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂທີ່ໃຊ້ເວລາພື້ນທີ່ສະເພາະ, ບໍ່ພຽງແຕ່ຈໍາກັດສະຖານທີ່ຜູກມັດຂອງປັດໄຈການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ຫຼືພາກພື້ນທີ່ແກ້ໄຂ histone ທີ່ແນ່ນອນ.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
ໜ່ວຍຍ່ອຍໃນ 16S ແລະ 18S rRNA ທີ່ມີທັງພາກພື້ນທີ່ມີການອະນຸລັກສູງ ແລະ hyper-variable ແມ່ນລາຍນິ້ວມືໂມເລກຸນທີ່ສົມບູນແບບສໍາລັບການກໍານົດສິ່ງມີຊີວິດ prokaryotic ແລະ eukaryotic.ການໃຊ້ປະໂຍດຈາກການຈັດລໍາດັບ, amplicons ເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກກໍາຫນົດເປົ້າຫມາຍໂດຍອີງໃສ່ພາກສ່ວນທີ່ອະນຸລັກແລະພາກພື້ນ hyper-variable ສາມາດມີລັກສະນະຢ່າງເຕັມສ່ວນສໍາລັບການກໍານົດຕົວຂອງຈຸລິນຊີທີ່ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການສຶກສາທີ່ກວມເອົາການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີ, ການຈັດປະເພດ, phylogeny, ແລະອື່ນໆ. ໂມເລກຸນດຽວໃນເວລາຈິງ (SMRT ) ການຈັດລໍາດັບຂອງແພລະຕະຟອມ PacBio ຊ່ວຍໃຫ້ໄດ້ຮັບການອ່ານຍາວທີ່ຖືກຕ້ອງສູງ, ເຊິ່ງສາມາດກວມເອົາ amplicons ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ (ປະມານ 1.5 Kb).ທັດສະນະທີ່ກວ້າງຂວາງຂອງພາກສະຫນາມພັນທຸກໍາໄດ້ປັບປຸງການແກ້ໄຂຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຄໍາບັນຍາຍຂອງຊະນິດພັນໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຫຼືຊຸມຊົນເຊື້ອເຫັດ.
ເວທີ:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon sequencing ມີຈຸດປະສົງເພື່ອເປີດເຜີຍ phylogeny, taxonomy, ແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນໃນຊຸມຊົນຈຸລິນຊີໂດຍການສືບສວນຜະລິດຕະພັນ PCR ຂອງເຄື່ອງໝາຍພັນທຸກໍາຂອງຄົວເຮືອນທີ່ມີທັງສ່ວນທີ່ມີການປ່ຽນແປງຫຼາຍ ແລະ hypervariable.ການແນະນໍາຂອງລາຍນິ້ວມືໂມເລກຸນທີ່ສົມບູນແບບເຫຼົ່ານີ້ໂດຍ Woeses et al,(1977) ເສີມສ້າງໂປຣໄຟລ໌ microbiome ທີ່ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວ.ການຈັດລໍາດັບຂອງ 16S (ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ), 18S (ເຊື້ອເຫັດ) ແລະ spacer transcribed ພາຍໃນ (ITS, ເຊື້ອເຫັດ) ອະນຸຍາດໃຫ້ກໍານົດທັງສອງຊະນິດທີ່ອຸດົມສົມບູນເຊັ່ນດຽວກັນກັບຊະນິດທີ່ຫາຍາກແລະບໍ່ລະບຸ.ເທກໂນໂລຍີນີ້ໄດ້ກາຍເປັນເຄື່ອງມືທີ່ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງແລະສໍາຄັນໃນການກໍານົດອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນສະພາບແວດລ້ອມຕ່າງໆ, ເຊັ່ນ: ປາກຂອງມະນຸດ, ລໍາໄສ້, ອາຈົມ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ:ເວທີ Illumina NovaSeq
-
ການຈັດລຳດັບເຊື້ອແບັກທີເຣຍ ແລະເຊື້ອເຫັດທັງໝົດຄືນໃໝ່
ການຈັດລໍາດັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະເຊື້ອເຫັດທັງຫມົດເປັນເຄື່ອງມືທີ່ສໍາຄັນເພື່ອເຮັດສໍາເລັດ genomes ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະເຊື້ອເຫັດທີ່ຮູ້ຈັກ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບການປຽບທຽບ genomes ຫຼາຍຫຼືແຜນທີ່ genomes ຂອງສິ່ງມີຊີວິດໃຫມ່.ມັນເປັນສິ່ງ ສຳ ຄັນຫຼາຍທີ່ຈະຈັດລຽງລຳດັບພັນທຸກຳຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ ແລະເຊື້ອເຫັດທັງໝົດ ເພື່ອສ້າງ genomes ອ້າງອີງທີ່ຖືກຕ້ອງ, ການກວດຫາຈຸລິນຊີ ແລະ ການສຶກສາ genome ປຽບທຽບອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
ແພລະຕະຟອມ Amplicon (16S/18S/ITS) ຖືກພັດທະນາໂດຍມີປະສົບການຫຼາຍປີໃນການວິເຄາະໂຄງການຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີ, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະພື້ນຖານມາດຕະຖານແລະການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນ: ການວິເຄາະພື້ນຖານກວມເອົາເນື້ອໃນການວິເຄາະຕົ້ນຕໍຂອງການຄົ້ນຄວ້າຈຸລິນຊີໃນປະຈຸບັນ, ເນື້ອໃນການວິເຄາະແມ່ນອຸດົມສົມບູນແລະສົມບູນແບບ, ແລະຜົນໄດ້ຮັບການວິເຄາະໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີໃນຮູບແບບຂອງບົດລາຍງານໂຄງການ;ເນື້ອໃນຂອງການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນແມ່ນມີຄວາມຫລາກຫລາຍ.ຕົວຢ່າງສາມາດເລືອກໄດ້ແລະຕົວກໍານົດການສາມາດກໍານົດໄດ້ຕາມຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງບົດລາຍງານການວິເຄາະພື້ນຖານແລະຈຸດປະສົງການຄົ້ນຄວ້າ, ເພື່ອຮັບຮູ້ຄວາມຕ້ອງການສ່ວນບຸກຄົນ.ລະບົບປະຕິບັດການ Windows, ງ່າຍດາຍແລະໄວ.
-
PacBio-Transcriptome ຄວາມຍາວເຕັມ (ບໍ່ອ້າງອີງ)
ເອົາຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບ Isoform Pacific Biosciences (PacBio) ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ, App ນີ້ສາມາດກໍານົດລໍາດັບການຖອດຈາກຄວາມຍາວເຕັມ (ໂດຍບໍ່ມີການປະກອບ).ໂດຍການສ້າງແຜນທີ່ລໍາດັບຄວາມຍາວເຕັມຕໍ່ກັບ genome ອ້າງອິງ, ການຖອດຂໍ້ຄວາມສາມາດຖືກປັບປຸງໃຫ້ດີທີ່ສຸດໂດຍພັນທຸກໍາທີ່ຮູ້ຈັກ, ຂໍ້ຄວາມຖອດຂໍ້ຄວາມ, ພາກພື້ນລະຫັດ, ແລະອື່ນໆ. ໃນກໍລະນີນີ້, ການກໍານົດໂຄງສ້າງ mRNA ທີ່ຖືກຕ້ອງກວ່າ, ເຊັ່ນ: ການແຍກທາງເລືອກ, ແລະອື່ນໆ, ສາມາດບັນລຸໄດ້.ການວິເຄາະຮ່ວມກັນກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບ NGS transcriptome ຊ່ວຍໃຫ້ຄໍາບັນຍາຍທີ່ສົມບູນແບບແລະປະລິມານທີ່ຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂຶ້ນໃນການສະແດງອອກໃນລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ເຊິ່ງສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນໃຫ້ຜົນປະໂຫຍດການສະແດງອອກແລະການວິເຄາະທີ່ເປັນປະໂຫຍດ.
-
ການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ Bisulfite Sequencing (RRBS)
ການຄົ້ນຄວ້າກ່ຽວກັບ DNA methylation ເຄີຍເປັນຫົວຂໍ້ຮ້ອນໃນການຄົ້ນຄວ້າພະຍາດ, ແລະມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະລັກສະນະ pheno-typic.RRBS ແມ່ນວິທີການທີ່ຖືກຕ້ອງ, ມີປະສິດທິພາບແລະປະຫຍັດສໍາລັບການຄົ້ນຄວ້າ DNA methylation.ການເສີມສ້າງພູມສັນຖານຂອງໂປໂມຊັ່ນແລະ CpG ເກາະໂດຍການ cleavage enzymatic (Msp I), ສົມທົບກັບລໍາດັບ Bisulfite, ສະຫນອງການແກ້ໄຂ DNA methylation ສູງ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ການຈັດລໍາດັບ prokaryotic mRNA
ການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ເສີມສ້າງໂປຣໄຟລ໌ທີ່ສົມບູນຂອງການຖອດຂໍ້ຄວາມ mRNA ທັງໝົດພາຍໃນຈຸລັງພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ.ເທັກໂນໂລຍີທີ່ທັນສະໄໝນີ້ເຮັດໜ້າທີ່ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີປະສິດທິພາບ, ເປີດເຜີຍໂປຣໄຟລການສະແດງອອກຂອງ gene intricate, ໂຄງສ້າງຂອງ gene, ແລະກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.ໄດ້ຮັບການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກ, ແລະການພັດທະນາຢາ, ການຈັດລໍາດັບ mRNA ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງການເຄື່ອນໄຫວຂອງຈຸລັງແລະລະບຽບການທາງພັນທຸກໍາ.ການປະມວນຜົນຕົວຢ່າງ prokaryotic mRNA ຂອງພວກເຮົາແມ່ນຖືກປັບແຕ່ງສໍາລັບການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກ prokaryotic, ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຫຼຸດ rRNA ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດທິດທາງ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq X
