-
ການຈັດລໍາດັບ RNA ນິວເຄລຍດຽວ
ການພັດທະນາຂອງການບັນທຶກຈຸລັງດຽວແລະເຕັກນິກການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ກໍາຫນົດເອງ, ບວກໃສ່ກັບລໍາດັບຜ່ານສູງ, ໄດ້ປະຕິວັດການສຶກສາການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບຈຸລັງ. ບາດກ້າວບຸກທະລຸນີ້ຊ່ວຍໃຫ້ມີການວິເຄາະເລິກ ແລະ ຄົບຖ້ວນກວ່າຂອງປະຊາກອນຈຸລັງທີ່ສັບສົນ, ເອົາຊະນະຂໍ້ຈຳກັດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການສະແດງອອກຂອງ gene ໂດຍສະເລ່ຍຕໍ່ເຊລທັງໝົດ ແລະ ຮັກສາມູນເຊື້ອທີ່ແທ້ຈິງພາຍໃນປະຊາກອນເຫຼົ່ານີ້. ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລໍາດັບ RNA ເຊນດຽວ (scRNA-seq) ມີຂໍ້ດີທີ່ບໍ່ສາມາດປະຕິເສດໄດ້, ມັນພົບກັບສິ່ງທ້າທາຍໃນບາງເນື້ອເຍື່ອທີ່ການສ້າງ suspension ຈຸລັງດຽວພິສູດໄດ້ຍາກແລະຕ້ອງການຕົວຢ່າງສົດ. ທີ່ BMKGene, ພວກເຮົາແກ້ໄຂອຸປະສັກນີ້ໂດຍການສະເຫນີການຈັດລໍາດັບ RNA ນິວເຄລຍດຽວ (snRNA-seq) ໂດຍໃຊ້ເທກໂນໂລຍີ 10X Genomics Chromium ທີ່ທັນສະໄຫມ. ວິທີນີ້ຂະຫຍາຍຂອບເຂດຂອງຕົວຢ່າງທີ່ເໝາະສົມກັບການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມໃນລະດັບເຊລດຽວ.
ການໂດດດ່ຽວຂອງນິວເຄລຍແມ່ນສໍາເລັດໂດຍຜ່ານຊິບ 10X Genomics Chromium ນະວັດຕະກໍາ, ປະກອບດ້ວຍລະບົບ microfluidics ແປດຊ່ອງທີ່ມີການຂ້າມສອງເທົ່າ. ພາຍໃນລະບົບນີ້, gel beads ປະກອບດ້ວຍ barcodes, primers, enzymes, ແລະ nucleus ດຽວຖືກຫຸ້ມຢູ່ໃນນ້ໍາຂະຫນາດ nanoliter, ປະກອບເປັນ Gel Bead-in-Emulsion (GEM). ປະຕິບັດຕາມການສ້າງ GEM, ຈຸລັງ lysis ແລະການປ່ອຍ barcode ເກີດຂື້ນພາຍໃນແຕ່ລະ GEM. ຕໍ່ມາ, ໂມເລກຸນ mRNA ໄດ້ຮັບການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບປີ້ນກັບ cDNAs, ຮວມເອົາບາໂຄດ 10X ແລະຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMIs). cDNAs ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນຂຶ້ນກັບການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດຕາມລໍາດັບມາດຕະຖານ, ອໍານວຍຄວາມສະດວກໃນການສໍາຫຼວດທີ່ເຂັ້ມແຂງແລະທີ່ສົມບູນແບບຂອງໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບຈຸລັງດຽວ.
ເວທີ: 10× Genomics Chromium ແລະ Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics ແມ່ນເຕັກໂນໂລຢີທີ່ທັນສະ ໄໝ ທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສືບສວນຮູບແບບການສະແດງອອກຂອງ gene ພາຍໃນເນື້ອເຍື່ອໃນຂະນະທີ່ຮັກສາສະພາບການທາງກວ້າງຂອງພວກມັນ. ຫນຶ່ງໃນເວທີທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນໂດເມນນີ້ແມ່ນ 10x Genomics Visium ບວກໃສ່ກັບລໍາດັບ Illumina. ຫຼັກການຂອງ 10X Visium ແມ່ນຢູ່ໃນຊິບພິເສດທີ່ມີພື້ນທີ່ການຈັບພາບທີ່ກໍານົດໄວ້ບ່ອນທີ່ພາກສ່ວນເນື້ອເຍື່ອຖືກວາງໄວ້. ພື້ນທີ່ການຈັບພາບນີ້ມີຈຸດທີ່ມີບາໂຄດ, ແຕ່ລະຈຸດທີ່ສອດຄ້ອງກັບສະຖານທີ່ທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ເປັນເອກະລັກພາຍໃນເນື້ອເຍື່ອ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂມເລກຸນ RNA ທີ່ຈັບໄດ້ຈາກເນື້ອເຍື່ອຈະຖືກຕິດສະຫຼາກດ້ວຍຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMIs) ໃນລະຫວ່າງຂະບວນການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບປີ້ນກັບກັນ. ຈຸດ barcoded ແລະ UMIs ເຫຼົ່ານີ້ເຮັດໃຫ້ການສ້າງແຜນທີ່ທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ຊັດເຈນແລະປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນຄວາມລະອຽດຂອງຈຸລັງດຽວ. ການປະສົມປະສານຂອງຕົວຢ່າງ barcoded spatially ແລະ UMIs ຮັບປະກັນຄວາມຖືກຕ້ອງແລະຄວາມສະເພາະຂອງຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນ. ໂດຍການນໍາໃຊ້ເຕັກໂນໂລຢີ Spatial Transcriptomics ນີ້, ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດເຂົ້າໃຈຢ່າງເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບອົງການຈັດຕັ້ງທາງກວ້າງຂອງຈຸລັງແລະປະຕິສໍາພັນໂມເລກຸນທີ່ສັບສົນທີ່ເກີດຂື້ນພາຍໃນເນື້ອເຍື່ອ, ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ບໍ່ມີຄ່າກ່ຽວກັບກົນໄກທີ່ຕິດພັນກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບໃນຫຼາຍຂົງເຂດ, ລວມທັງ oncology, neuroscience, ຊີວະວິທະຍາການພັດທະນາ, immunology. , ແລະການສຶກສາດ້ານພືດສາດ.
ເວທີ: 10X Genomics Visium ແລະ Illumina NovaSeq
-
ຄວາມຍາວເຕັມ mRNA Sequencing-Nanopore
ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລໍາດັບ mRNA ທີ່ອີງໃສ່ NGS ແມ່ນເຄື່ອງມືທີ່ຫຼາກຫຼາຍສໍາລັບການກໍານົດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍ, ການອີງໃສ່ການອ່ານສັ້ນໆຈໍາກັດປະສິດທິພາບຂອງມັນໃນການວິເຄາະການຖ່າຍທອດທີ່ສັບສົນ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ການຈັດລໍາດັບ nanopore ໃຊ້ເທກໂນໂລຍີອ່ານຍາວ, ເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂອງ mRNA transcripts ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ວິທີການນີ້ອໍານວຍຄວາມສະດວກໃນການສໍາຫຼວດທີ່ສົມບູນແບບຂອງ splicing ທາງເລືອກ, gene fusions, poly-adenylation, ແລະປະລິມານຂອງ mRNA isoforms.
Nanopore sequencing, ວິທີການທີ່ອີງໃສ່ nanopore ໂມເລກຸນດຽວສັນຍານໄຟຟ້າທີ່ໃຊ້ເວລາທີ່ແທ້ຈິງ, ໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບໃນເວລາທີ່ແທ້ຈິງ. ນໍາພາໂດຍທາດໂປຼຕີນຈາກມໍເຕີ, DNA ສອງສາຍຜູກມັດກັບໂປຣຕີນ nanopore ທີ່ຝັງຢູ່ໃນ biofilm, unwinding ເມື່ອມັນຜ່ານຊ່ອງທາງ nanopore ພາຍໃຕ້ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງແຮງດັນ. ສັນຍານໄຟຟ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ຜະລິດໂດຍພື້ນຖານທີ່ແຕກຕ່າງກັນກ່ຽວກັບສາຍ DNA ໄດ້ຖືກກວດພົບແລະຈັດປະເພດໃນເວລາທີ່ແທ້ຈິງ, ອໍານວຍຄວາມສະດວກການຈັດລໍາດັບ nucleotide ທີ່ຖືກຕ້ອງແລະຕໍ່ເນື່ອງ. ວິທີການປະດິດສ້າງນີ້ເອົາຊະນະຂໍ້ຈໍາກັດການອ່ານສັ້ນແລະສະຫນອງເວທີແບບເຄື່ອນໄຫວສໍາລັບການວິເຄາະ genomic intricate, ລວມທັງການສຶກສາ transcriptomic ສະລັບສັບຊ້ອນ, ມີຜົນໄດ້ຮັບທັນທີທັນໃດ.
ເວທີ: Nanopore PromethION 48
-
ການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ -PacBio
ໃນຂະນະທີ່ NGS-based mRNA sequencing ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ຫຼາກຫຼາຍສໍາລັບການກໍານົດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene, ການເອື່ອຍອີງຂອງມັນກັບການອ່ານສັ້ນຈໍາກັດການນໍາໃຊ້ຂອງມັນໃນການວິເຄາະ transcriptomic ສະລັບສັບຊ້ອນ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, PacBio sequencing (Iso-Seq) ໃຊ້ເທກໂນໂລຍີອ່ານຍາວ, ເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂອງ mRNA transcripts ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ວິທີການນີ້ສ້າງຄວາມສະດວກໃນການຄົ້ນຄວ້າທີ່ສົມບູນແບບຂອງ splicing ທາງເລືອກ, gene fusions, ແລະ poly-adenylation. ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມີທາງເລືອກອື່ນສໍາລັບການກໍານົດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene ເນື່ອງຈາກຈໍານວນຂໍ້ມູນທີ່ຕ້ອງການ. ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ PacBio ອີງໃສ່ການຈັດລໍາດັບໂມເລກຸນດຽວ, ເວລາຈິງ (SMRT), ສະຫນອງປະໂຫຍດທີ່ແຕກຕ່າງໃນການຈັບຂໍ້ຄວາມ mRNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ວິທີການປະດິດສ້າງນີ້ກ່ຽວຂ້ອງກັບການໃຊ້ waveguides zero-mode waveguides (ZMWs) ແລະ microfabricated wells ທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ການສັງເກດເວລາທີ່ແທ້ຈິງຂອງກິດຈະກໍາ DNA polymerase ໃນລະຫວ່າງການຈັດລໍາດັບ. ພາຍໃນ ZMWs ເຫຼົ່ານີ້, PacBio's DNA polymerase ສັງເຄາະສາຍພັນ DNA ທີ່ສົມບູນ, ສ້າງການອ່ານຍາວທີ່ກວມເອົາທັງຫມົດຂອງ mRNA transcripts. ການເຮັດວຽກຂອງ PacBio ໃນໂຫມດ Circular Consensus sequencing (CCS) ປັບປຸງຄວາມຖືກຕ້ອງໂດຍການຈັດລໍາດັບໂມເລກຸນດຽວກັນຊ້ຳໆ. ການອ່ານ HiFi ທີ່ສ້າງຂຶ້ນມີຄວາມຖືກຕ້ອງທຽບເທົ່າກັບ NGS, ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການວິເຄາະທີ່ສົມບູນແບບ ແລະເຊື່ອຖືໄດ້ຂອງລັກສະນະການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ຊັບຊ້ອນ.
ເວທີ: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA sequencing, ເປັນເທກໂນໂລຍີອະເນກປະສົງ, ເສີມສ້າງໂປຣໄຟລ໌ທີ່ສົມບູນແບບຂອງ mRNA transcripts ທັງຫມົດພາຍໃນຈຸລັງພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ. ດ້ວຍຄໍາຮ້ອງສະຫມັກທີ່ກວ້າງຂວາງຂອງມັນ, ເຄື່ອງມືທີ່ທັນສະ ໄໝ ນີ້ເປີດເຜີຍໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງ gene intricate, ໂຄງສ້າງ gene, ແລະກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບທີ່ຫຼາກຫຼາຍ. ໄດ້ຮັບການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກ, ແລະການພັດທະນາຢາ, ການຈັດລໍາດັບ mRNA ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງການເຄື່ອນໄຫວຂອງຈຸລັງແລະລະບຽບການທາງພັນທຸກໍາ, ເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມຢາກຮູ້ຢາກເຫັນກ່ຽວກັບທ່າແຮງຂອງມັນໃນຂົງເຂດຕ່າງໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
mRNA Sequencing-NGS ທີ່ອີງໃສ່ການບໍ່ອ້າງອີງ
ການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ເສີມສ້າງໂປຣໄຟລ໌ທີ່ສົມບູນຂອງການຖອດຂໍ້ຄວາມ mRNA ທັງໝົດພາຍໃນຈຸລັງພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ. ເທັກໂນໂລຍີທີ່ທັນສະໄໝນີ້ເຮັດໜ້າທີ່ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີປະສິດທິພາບ, ເປີດເຜີຍໂປຣໄຟລການສະແດງອອກຂອງ gene intricate, ໂຄງສ້າງຂອງ gene, ແລະກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບທີ່ຫຼາກຫຼາຍ. ໄດ້ຮັບການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກ, ແລະການພັດທະນາຢາ, ການຈັດລໍາດັບ mRNA ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງການເຄື່ອນໄຫວຂອງຈຸລັງແລະລະບຽບການທາງພັນທຸກໍາ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດຍາວ (lncRNAs) ແມ່ນຍາວກວ່າ 200 nucleotides ທີ່ມີທ່າແຮງການເຂົ້າລະຫັດຫນ້ອຍທີ່ສຸດ ແລະເປັນອົງປະກອບຫຼັກພາຍໃນ RNA ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ. ພົບເຫັນຢູ່ໃນແກນແລະ cytoplasm, RNAs ເຫຼົ່ານີ້ມີບົດບາດສໍາຄັນໃນລະບຽບ epigenetic, transcriptional, ແລະ post-transcriptional, underscoring ຄວາມສໍາຄັນຂອງເຂົາເຈົ້າໃນຮູບຮ່າງຂອງຂະບວນການ cellular ແລະໂມເລກຸນ. ການຈັດລໍາດັບ LncRNA ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງເຊນ, Ontogenesis, ແລະພະຍາດຂອງມະນຸດ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq
-
ລຳດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ-Illumina
ໂມເລກຸນ RNA (sRNA) ຂະຫນາດນ້ອຍ, ປະກອບມີ microRNAs (miRNAs), RNAs ແຊກແຊງຂະຫນາດນ້ອຍ (siRNAs), ແລະ piwi-interacting RNAs (piRNAs). ໃນບັນດາສິ່ງເຫຼົ່ານີ້, miRNAs, ປະມານ 18-25 nucleotides ຍາວ, ເປັນທີ່ຫນ້າສັງເກດໂດຍສະເພາະສໍາລັບບົດບາດກົດລະບຽບທີ່ສໍາຄັນໃນຂະບວນການ cellular ຕ່າງໆ. ດ້ວຍຮູບແບບການສະແດງອອກສະເພາະຂອງເນື້ອເຍື່ອ ແລະຂັ້ນຕອນສະເພາະ, miRNAs ສະແດງໃຫ້ເຫັນການອະນຸລັກສູງໃນທົ່ວຊະນິດຕ່າງໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Circular RNA sequencing (circRNA-seq) ແມ່ນເພື່ອ profile ແລະວິເຄາະ RNAs ວົງ, ຫ້ອງຮຽນຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ປະກອບເປັນ loops ປິດເນື່ອງຈາກເຫດການ splicing ທີ່ບໍ່ແມ່ນ canonical, ການສະຫນອງ RNA ນີ້ມີຄວາມຫມັ້ນຄົງເພີ່ມຂຶ້ນ. ໃນຂະນະທີ່ບາງ circRNAs ໄດ້ຖືກສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າເປັນ microRNA sponges, sequestering microRNAs ແລະປ້ອງກັນບໍ່ໃຫ້ພວກເຂົາຄວບຄຸມ mRNAs ເປົ້າຫມາຍຂອງພວກເຂົາ, circRNAs ອື່ນໆອາດຈະພົວພັນກັບທາດໂປຼຕີນ, modulate gene expression, ຫຼືມີບົດບາດໃນຂະບວນການ cellular. ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງ circRNA ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບບົດບາດກົດລະບຽບຂອງໂມເລກຸນເຫຼົ່ານີ້ແລະຄວາມສໍາຄັນຂອງມັນໃນຂະບວນການຂອງເຊນຕ່າງໆ, ຂັ້ນຕອນຂອງການພັດທະນາແລະສະພາບຂອງພະຍາດ, ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນຄວາມເຂົ້າໃຈຢ່າງເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບຄວາມສັບສົນຂອງກົດລະບຽບ RNA ໃນສະພາບການສະແດງອອກຂອງ gene.
-
ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດ - Illumina
ການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດສະເໜີວິທີການທີ່ສົມບູນໃນການສ້າງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ການເຂົ້າລະຫັດ (mRNA) ແລະ RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ (lncRNA, circRNA, ແລະ miRNA). ເທັກນິກນີ້ບັນທຶກການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດຂອງເຊລສະເພາະໃນເວລາໃດນຶ່ງ, ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມເຂົ້າໃຈທັງໝົດກ່ຽວກັບຂະບວນການຂອງເຊນ. ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າ "ການຈັດລໍາດັບ RNA ທັງໝົດ", ມັນມີຈຸດປະສົງເພື່ອເປີດເຜີຍເຄືອຂ່າຍລະບຽບການທີ່ສັບສົນໃນລະດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ຊ່ວຍໃຫ້ການວິເຄາະໃນຄວາມເລິກເຊັ່ນ RNA endogenous (ceRNA) ແລະການວິເຄາະ RNA ຮ່ວມກັນ. ນີ້ຫມາຍເຖິງບາດກ້າວເບື້ອງຕົ້ນໄປສູ່ການກໍານົດລັກສະນະທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ໂດຍສະເພາະໃນການແກ້ໄຂເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການໂຕ້ຕອບ ceRNA ທີ່ອີງໃສ່ circRNA-miRNA-mRNA.
