ການຈັດລໍາດັບ RNA Prokaryotic
ຄຸນສົມບັດ
● ການປະມວນຜົນຕົວຢ່າງ RNA ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຫຼຸດລົງຂອງ rRNA ຕິດຕາມດ້ວຍການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ RNA ທິດທາງ.
● ການວິເຄາະຂໍ້ມູນທາງຊີວະພາບໂດຍອີງໃສ່ການຈັດລຽງຂອງ genome ອ້າງອີງ
● ການວິເຄາະລວມມີການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະ DEGs ແຕ່ຍັງໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ ແລະການວິເຄາະ sRNA
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກຕົວຢ່າງ ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບສະເພາະ Strand: ເນື່ອງຈາກການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ RNA ເປັນທິດທາງ, ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດຕົວຫນັງສືຕ້ານຄວາມຮູ້ສຶກ.
●ສຳເລັດການວິເຄາະທີ່ປັບແຕ່ງຕາມການຖອດຂໍ້ຄວາມ Prokaryotic: ທໍ່ bioinformatic ປະກອບມີບໍ່ພຽງແຕ່ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງ gene, ແຕ່ຍັງການວິເຄາະໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ລວມທັງການກໍານົດຕົວຂອງ operons, UTRs ແລະຜູ້ສົ່ງເສີມ. ມັນຍັງປະກອບມີການວິເຄາະ sRNAs, ຄື annotation ແລະການຄາດຄະເນຂອງໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແລະເປົ້າຫມາຍ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| rRNA ໝົດຫ້ອງສະໝຸດທິດທາງ | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | RIN≥6.5 |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຂັ້ນຕອນການວິເຄາະທາງຊີວະພາບ
ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການຈັດຮຽງກັບ genome ອ້າງອີງ
● ການປະເມີນຄຸນນະພາບຫ້ອງສະໝຸດ: ຄວາມສຸ່ມການແບ່ງສ່ວນຂອງ RNA, ຂະໜາດຂອງແຊກ ແລະ ການອີ່ມຕົວຕາມລຳດັບ
● ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາລະຫັດທີ່ຄາດຄະເນ
● ການວິເຄາະການສະແດງອອກ: ຄວາມສຳພັນ ແລະການວິເຄາະອົງປະກອບຫຼັກ (PCA)
● ການສະແດງອອກຂອງພັນທຸກໍາທີ່ແຕກຕ່າງ (DEGs)
● ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ມີປະໂຫຍດ ແລະເສີມສ້າງ DEGs
● ການວິເຄາະ sRNA: ການຄາດຄະເນ, ຄໍາອະທິບາຍ, ເປົ້າຫມາຍ, ແລະການຄາດຄະເນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງ
● ການວິເຄາະໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ: ຜູ້ດຳເນີນການ, ຕຳແໜ່ງເລີ່ມຕົ້ນ ແລະສິ້ນສຸດ, ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ໄດ້ແປ (UTS), ຜູ້ສົ່ງເສີມ ແລະການວິເຄາະ SNP/InDel
ການອີ່ມຕົວຕາມລໍາດັບ
ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງ gene codes
ການພົວພັນລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ
ການວິເຄາະ Genes ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (DEGs).
ການວິເຄາະການເສີມຂະຫຍາຍການເຮັດວຽກ
ຄໍາບັນຍາຍ sRNA
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວຂອງ BMKGene ໃນສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນນີ້.
Guan, CP et al. (2018) 'Global Transcriptome Changes of Biofilm-Forming Staphylococcus epidermidis Responding to Total Alkaloids of Sophorea alopecuroides',Polish Journal of Microbiology, 67(2), ໜ້າ. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
