ຜະລິດຕະພັນ

ການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດຽວ

ການພັດທະນາເຕັກນິກການຈັບພາບຈຸລັງດ່ຽວ ແລະ ການສ້າງຫ້ອງສະໝຸດແບບກຳນົດເອງ, ບວກກັບການຈັດລຳດັບຜົນຜະລິດສູງ, ໄດ້ປະຕິວັດການສຶກສາການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບຈຸລັງ. ຄວາມກ້າວໜ້ານີ້ຊ່ວຍໃຫ້ມີການວິເຄາະທີ່ເລິກເຊິ່ງ ແລະ ຄົບຖ້ວນກວ່າຂອງປະຊາກອນຈຸລັງທີ່ສັບສົນ, ເອົາຊະນະຂໍ້ຈຳກັດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການສະເລ່ຍການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນທຸກໆຈຸລັງ ແລະ ຮັກສາຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ແທ້ຈິງພາຍໃນປະຊາກອນເຫຼົ່ານີ້. ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລຳດັບ RNA ຈຸລັງດ່ຽວ (scRNA-seq) ມີຂໍ້ໄດ້ປຽບທີ່ບໍ່ສາມາດປະຕິເສດໄດ້, ມັນພົບກັບສິ່ງທ້າທາຍໃນບາງເນື້ອເຍື່ອທີ່ການສ້າງການລະງັບຈຸລັງດ່ຽວພິສູດໄດ້ວ່າມີຄວາມຫຍຸ້ງຍາກ ແລະ ຕ້ອງການຕົວຢ່າງສົດ. ທີ່ BMKGene, ພວກເຮົາແກ້ໄຂອຸປະສັກນີ້ໂດຍການສະເໜີການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດ່ຽວ (snRNA-seq) ໂດຍໃຊ້ເຕັກໂນໂລຊີ 10X Genomics Chromium ທີ່ທັນສະໄໝ. ວິທີການນີ້ຂະຫຍາຍຂອບເຂດຂອງຕົວຢ່າງທີ່ຮອງຮັບການວິເຄາະ transcriptome ໃນລະດັບຈຸລັງດ່ຽວ.

ການແຍກນິວເຄຼຍສ໌ແມ່ນສຳເລັດຜ່ານຊິບ 10X Genomics Chromium ທີ່ມີນະວັດຕະກໍາ, ເຊິ່ງມີລະບົບ microfluidics ແປດຊ່ອງທາງທີ່ມີການເຊື່ອມຕໍ່ສອງເທົ່າ. ພາຍໃນລະບົບນີ້, ລູກປັດເຈວທີ່ປະກອບມີບາໂຄດ, ໄພຣເມີ, ເອນໄຊມ໌, ແລະ ນິວເຄຼຍສ໌ດຽວຖືກຫຸ້ມຫໍ່ຢູ່ໃນຢອດນໍ້າມັນຂະໜາດນາໂນລິດ, ປະກອບເປັນລູກປັດເຈວໃນອີມັນຊັນ (GEM). ຫຼັງຈາກການສ້າງ GEM, ການແຍກເຊວ ແລະ ການປ່ອຍບາໂຄດຈະເກີດຂຶ້ນພາຍໃນແຕ່ລະ GEM. ຕໍ່ມາ, ໂມເລກຸນ mRNA ຜ່ານການຖອດລະຫັດແບບປີ້ນກັບກັນເຂົ້າໄປໃນ cDNA, ເຊິ່ງປະກອບມີບາໂຄດ 10X ແລະ ຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMIs). ຫຼັງຈາກນັ້ນ, cDNA ເຫຼົ່ານີ້ຈະຖືກນຳໄປໃຊ້ກັບການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະໝຸດລຳດັບມາດຕະຖານ, ເຊິ່ງອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ການສຳຫຼວດຮູບແບບການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບເຊວດຽວຢ່າງແຂງແຮງ ແລະ ຄົບຖ້ວນ.

ແພລດຟອມ: ແພລດຟອມ 10× Genomics Chromium ແລະ Illumina NovaSeq

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາຂໍ້ມູນຂ່າວສານ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ໂຄງການດ້ານວິຊາການ

ການແຍກນິວເຄຼຍສ໌ແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍ 10× Genomics Chromium™, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍລະບົບ microfluidics ແປດຊ່ອງທາງທີ່ມີຈຸດຕັດກັນສອງຊັ້ນ. ໃນລະບົບນີ້, ລູກປັດເຈວທີ່ມີບາໂຄດ ແລະ ໄພຣເມີ, ເອນໄຊມ໌ ແລະ ນິວເຄຼຍສ໌ດຽວຖືກຫຸ້ມຫໍ່ຢູ່ໃນຢອດນ້ຳມັນຂະໜາດນາໂນລິດ, ເພື່ອສ້າງ Gel Bead-in-Emulsion (GEM). ເມື່ອ GEM ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນແລ້ວ, ການແຍກເຊວ ແລະ ການປ່ອຍບາໂຄດຈະຖືກປະຕິບັດໃນແຕ່ລະ GEM. mRNA ແມ່ນຖືກຖອດລະຫັດກັບກັນເຂົ້າໄປໃນໂມເລກຸນ cDNA ທີ່ມີບາໂຄດ 10× ແລະ UMI, ເຊິ່ງຂຶ້ນກັບການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະໝຸດລຳດັບມາດຕະຖານ.

ຄຸນສົມບັດ

● ການກະກຽມການລະງັບນິວເຄຼຍສ໌ດ່ຽວຈາກເນື້ອເຍື່ອແຊ່ແຂງ

● ການສ້າງເຈວບີດໃນອີມັນຊັນ (GEM) ຕາມດ້ວຍການສັງເຄາະ cDNA

● ແຕ່ລະລູກປັດໃນ GEM ເຕັມໄປດ້ວຍໄພຣເມີທີ່ປະກອບດ້ວຍ 4 ສ່ວນຄື:

ຫາງ poly(dT) ສຳລັບການກະກຽມ mRNA ແລະການສັງເຄາະ cDNA,

ຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMI) ເພື່ອແກ້ໄຂຄວາມລຳອຽງໃນການຂະຫຍາຍ

ບາໂຄດ 10 ອັນ

ລຳດັບການຜູກມັດຂອງ primer sequencing 1 ການອ່ານບາງສ່ວນ

ຂໍ້ດີ

ການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດຽວຫຼີກລ່ຽງຂໍ້ຈຳກັດຂອງການຈັດລຳດັບ RNA ຈຸລັງດຽວ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້:

● ການນໍາໃຊ້ຕົວຢ່າງແຊ່ແຂງ ແລະ ບໍ່ພຽງແຕ່ຈໍາກັດຕົວຢ່າງສົດເທົ່ານັ້ນ

● ຄວາມກົດດັນຕໍ່າຂອງຈຸລັງແຊ່ແຂງເມື່ອທຽບກັບການປິ່ນປົວດ້ວຍເອນໄຊມ໌ຂອງຈຸລັງສົດ, ເຊິ່ງສະທ້ອນໃຫ້ເຫັນໃນຂໍ້ມູນການຖອດລະຫັດໃນຮູບແບບຂອງຍີນທີ່ເກີດຈາກຄວາມກົດດັນໜ້ອຍກວ່າ

● ບໍ່ຈຳເປັນຕ້ອງກຳຈັດເມັດເລືອດແດງອອກກ່ອນ

● ເສັ້ນຜ່າສູນກາງເຊວທີ່ບໍ່ຈຳກັດ

● ຕົວຢ່າງຈຳນວນຫຼວງຫຼາຍທີ່ມີສິດໄດ້ຮັບການວິເຄາະ, ລວມທັງເນື້ອເຍື່ອປະເພດສະລັບສັບຊ້ອນ ແລະ ແຕກຫັກງ່າຍ ເຊິ່ງມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະເກີດການຈັບຕົວກັນເປັນກ້ອນ ຫຼື ຖືກທຳລາຍໃນລະຫວ່າງການແຍກຕົວຂອງເນື້ອເຍື່ອ

ຕົວຢ່າງທີ່ບໍ່ສາມາດວິເຄາະໄດ້ໂດຍການຈັດລຳດັບ RNA ຂອງຈຸລັງດ່ຽວ ແລະ ມີສິດໄດ້ຮັບການຈັດລຳດັບ RNA ຂອງນິວເຄຼຍດ່ຽວ:

ຈຸລັງ / ເນື້ອເຍື່ອ	ເຫດຜົນ
ເນື້ອເຍື່ອແຊ່ແຂງທີ່ບໍ່ສົດ	ບໍ່ສາມາດໄດ້ຮັບອົງການຈັດຕັ້ງໃໝ່ ຫຼື ອົງການຈັດຕັ້ງທີ່ບັນທຶກໄວ້ດົນນານ
ຈຸລັງກ້າມຊີ້ນ, ເມກາຄາຣີໂອໄຊຕ໌, ໄຂມັນ…	ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຂອງເຊວໃຫຍ່ເກີນໄປທີ່ຈະເຂົ້າໄປໃນເຄື່ອງມື
ຕັບ…	ບອບບາງເກີນໄປທີ່ຈະແຕກຫັກ, ບໍ່ສາມາດແຍກແຍະຈຸລັງດ່ຽວໄດ້
ເຊວປະສາດ, ສະໝອງ…	ມີຄວາມອ່ອນໄຫວຫຼາຍຂຶ້ນ, ງ່າຍຕໍ່ການຄຽດ, ຈະປ່ຽນແປງຜົນການຈັດລຳດັບ
ຕັບອ່ອນ, ຕ່ອມໄທຣອຍ…	ອຸດົມໄປດ້ວຍເອນໄຊມ໌ພາຍໃນຮ່າງກາຍ, ສົ່ງຜົນກະທົບຕໍ່ການຜະລິດຂອງລະບົບລະງັບຈຸລັງດ່ຽວ

ນິວເຄຼຍສ໌ດ່ຽວ vs ຈຸລັງດ່ຽວ

ນິວເຄຼຍສ໌ດ່ຽວ	ເຊວດຽວ
ເສັ້ນຜ່າສູນກາງເຊວທີ່ບໍ່ຈຳກັດ	ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຂອງເຊວ: 10-40 μm
ວັດສະດຸສາມາດເປັນເນື້ອເຍື່ອແຊ່ແຂງໄດ້	ວັດສະດຸຕ້ອງເປັນເນື້ອເຍື່ອສົດ
ຄວາມກົດດັນຕໍ່າຂອງຈຸລັງທີ່ແຊ່ແຂງ	ການປິ່ນປົວດ້ວຍເອນໄຊມ໌ອາດຈະເຮັດໃຫ້ເກີດປະຕິກິລິຍາຄວາມກົດດັນຂອງເຊລ
ບໍ່ຈຳເປັນຕ້ອງກຳຈັດເມັດເລືອດແດງອອກ	ເມັດເລືອດແດງຈຳເປັນຕ້ອງຖືກກຳຈັດອອກ
ນິວເຄຼຍສະແດງອອກເຖິງຊີວະຂໍ້ມູນ	ຈຸລັງທັງໝົດສະແດງຂໍ້ມູນທາງຊີວະພາບ

ລາຍລະອຽດສະເພາະ

ຕົວຢ່າງຄວາມຕ້ອງການ

ຫໍສະໝຸດ

ຍຸດທະສາດການຈັດລຳດັບ

ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນຳ

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ

ເນື້ອເຍື່ອສັດ ≥ 200 ມກ

ເນື້ອເຍື່ອພືດ ≥ 400 ມກ

ຫ້ອງສະໝຸດ cDNA ຂອງ Genomics 10x

ອີລູມິນຽມ PE150

ການອ່ານ PE 100K ຕໍ່ເຊວ

(100-200 ກິກະໄບ)

ສັງເກດເຫັນ 700-1200 ນິວເຄຼຍສ໌/μl ແລະ ຄວາມສົມບູນຂອງນິວເຄຼຍສ໌ພາຍໃຕ້ກ້ອງຈຸລະທັດ

ສຳລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບຄຳແນະນຳໃນການກະກຽມຕົວຢ່າງ ແລະ ຂັ້ນຕອນການບໍລິການ, ກະລຸນາຕິດຕໍ່ກັບຜູ້ຊ່ຽວຊານ BMKGENE

ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການ

ກ່ອນໜ້ານີ້: ການຈັດລຳດັບຈີໂນມທັງໝົດຂອງພືດ/ສັດ

ຕໍ່ໄປ: ການວິເຄາະຄວາມກ່ຽວຂ້ອງທົ່ວຈີໂນມ

ປະກອບມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:

● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ: ຈຳນວນຈຸລັງ, ການກວດຫາພັນທຸກໍາ, ການລະບຸຈຸລັງຢ່າງຖືກຕ້ອງ, ໂມເລກຸນ RNA ແລະ ການວັດແທກປະລິມານການສະແດງອອກ

● ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:

ການຈັດກຸ່ມຈຸລັງ ແລະ ການໝາຍເຫດປະກອບກຸ່ມ

ການວິເຄາະການສະແດງອອກແບບແຕກຕ່າງ: ການກຳນົດ DEGs ໃນກຸ່ມ

ຄຳອະທິບາຍປະກອບໜ້າທີ່ ແລະ ການເສີມສ້າງ DEG ຂອງກຸ່ມ

● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ:

ການລວມກັນຂອງຂໍ້ມູນ

ການວິເຄາະການສະແດງອອກແບບແຕກຕ່າງ: ການກຳນົດ DEGs ໃນກຸ່ມຕ່າງໆ

ຄຳອະທິບາຍປະກອບໜ້າທີ່ ແລະ ການເສີມສ້າງ DEG ຂອງກຸ່ມ

● ການວິເຄາະຂັ້ນສູງ:

ການວິເຄາະວົງຈອນຂອງຈຸລັງ

ການວິເຄາະແບບຈຳລອງເວລາ

ການວິເຄາະການສື່ສານຂອງເຊວ (CellPhoneDB)

ການວິເຄາະການເສີມສ້າງຊຸດພັນທຸກໍາ (GSEA)

ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ

ການຈັດກຸ່ມຈຸລັງ:

ການວິເຄາະການສະແດງອອກແບບດິຟເຟີເຣນຊຽລ: DEGs ກຸ່ມ

ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ

ການວິເຄາະການສະແດງອອກແບບດິຟເຟີເຣນຊຽລ: ກຸ່ມ DEGs

ການວິເຄາະຂັ້ນສູງ:

ການວິເຄາະແບບຈຳລອງເວລາ:

ການວິເຄາະວົງຈອນຂອງຈຸລັງ:

ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ໄດ້ຮັບການຊ່ວຍເຫຼືອຈາກການບໍລິການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດຽວຂອງ BMKGene ໂດຍ 10X Chromium ໃນສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນເຫຼົ່ານີ້:

Wang, L. ແລະ ອື່ນໆ. (2021) 'ການວິເຄາະ transcriptomic ຈຸລັງດ່ຽວສະແດງໃຫ້ເຫັນພູມສັນຖານພູມຕ້ານທານຂອງປອດໃນການຮ້າຍແຮງຂຶ້ນຂອງພະຍາດຫືດທີ່ຕ້ານທານກັບສະເຕີຣອຍ',ລາຍງານການປະຊຸມຂອງສະພາວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດຂອງສະຫະລັດອາເມລິກາ, 118(2), ໜ້າ e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. ແລະ ອື່ນໆ (2022) 'ເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບທົ່ວໂລກສຳລັບການສະແດງອອກຂອງ gene ທີ່ບໍ່ປົກກະຕິ ແລະ ສັນຍານການເຜົາຜານອາຫານທີ່ຜິດປົກກະຕິໃນຈຸລັງພູມຕ້ານທານໃນສະພາບແວດລ້ອມຈຸລະພາກຂອງພະຍາດ Graves ແລະ ພະຍາດຕ່ອມໄທຣອຍອັກເສບ Hashimoto's',ຂອບເຂດໃນພູມຄຸ້ມກັນວິທະຍາ, 13, ຫນ້າ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການຖອດລະຫັດຈຸລັງດຽວເປີດເຜີຍຄວາມແຕກຕ່າງ ແລະ ການຕອບສະໜອງຂອງພູມຕ້ານທານຂອງເມັດເລືອດຂາວຫຼັງຈາກການສັກຢາວັກຊີນດ້ວຍ Edwardsiella tarda ທີ່ບໍ່ມີການເຄື່ອນໄຫວໃນປາ flounder (Paralichthys olivaceus)',ການລ້ຽງສັດນ້ຳ, 566, ໜ້າ 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການປິ່ນປົວດ້ວຍແສງໄດນາມິກຊ່ວຍປັບປຸງຜົນໄດ້ຮັບຂອງຕົວຍັບຍັ້ງຈຸດກວດພູມຕ້ານທານຜ່ານການປັບປຸງພູມຕ້ານທານຕ້ານເນື້ອງອກໃນຄົນເຈັບທີ່ເປັນມະເຮັງກະເພາະອາຫານ',ມະເຮັງກະເພາະອາຫານ, 26(5), ໜ້າ 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.