ສະເພາະ-locus ຂະຫນາດໃຫຍ່ຂະຫນາດໃຫຍ່ (SLAF-SEQ)
ກະແສໄຟຟ້າ
ໂຄງການວິຊາການ
ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ
●ການຕັ້ງເປົ້າຫມາຍໃນ NovaseQ ກັບ PE150.
●ການກະກຽມຫໍພະຫໍທີ່ມີ barcoding ສອງເທົ່າ, ເຮັດໃຫ້ສະລອຍນ້ໍາຫຼາຍກວ່າ 1000 ຕົວຢ່າງ.
is ເຕັກນິກນີ້ສາມາດໃຊ້ກັບຫຼືໂດຍບໍ່ມີການອ້າງອີງທີ່ມີຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖື, ມີທໍ່ສົ່ງຊີວະພາບທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບແຕ່ລະກໍລະນີ:
ກັບການອ້າງອີງ Genome: SNP ແລະການຄົ້ນພົບ Idel
ຖ້າບໍ່ມີການອ້າງອີງ Genome: ກຸ່ມການສະກົດຈິດຕົວຢ່າງແລະການຄົ້ນພົບ SNP
●ໃນໃນຊິລິໂຄຂັ້ນຕອນຂອງການອອກແບບກ່ອນກໍານົດການປະສົມປະສານຂອງ enzyme ແມ່ນຖືກຄັດເລືອກເພື່ອຊອກຫາສິ່ງທີ່ສ້າງເປັນເອກະພາບຂອງປ້າຍ Slaf ຕາມ Genome.
●ໃນລະຫວ່າງການທົດລອງກ່ອນ, ມີການປະສົມປະສານຂອງ 26me ໃນ 3 ຕົວຢ່າງເພື່ອສ້າງລາຍໄດ້ 9 ຢ່າງທີ່ໃຊ້ໃນການຈໍາຫນ່າຍການປະສົມປະສານຂອງ Enzyme ທີ່ດີທີ່ສຸດ.
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາສູງ: ການປະສົມລະບົບລະບົບມັດລະຫັດມັດສອງເທົ່າທີ່ສູງ, ແລະຂະຫຍາຍການສະເພາະຂອງສະຫະລັດແລະຮັບປະສິດທິພາບນັ້ນເຊິ່ງຕ້ອງມີຂໍ້ກໍານົດກ່ຽວກັບຄໍາຖາມທີ່ຫຼາກຫຼາຍຂອງຄໍາຖາມທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.
● ການເພິ່ງພາອາວຸດໃນ Genome: ມັນສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ກັບຊະນິດພັນທີ່ມີຫຼືບໍ່ມີການອ້າງອີງ genome.
●ການອອກແບບໂຄງການທີ່ຍືດຫຍຸ່ນໄດ້: Single-Enzyme, EXYMEME, Dual-Enzyme, ENDESTION, ແລະປະເພດຕ່າງໆຂອງ enzymes ທັງຫມົດສາມາດເລືອກໄດ້ເພື່ອຕອບສະຫນອງເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ ໄດ້ໃນຊິລິໂຄການອອກແບບກ່ອນກໍານົດແມ່ນດໍາເນີນເພື່ອຮັບປະກັນການອອກແບບ enzyme ທີ່ດີທີ່ສຸດ.
● ປະສິດທິພາບສູງໃນການຍ່ອຍອາຫານ enzymation: ການປະຊຸມຂອງໃນຊິລິໂຄການອອກແບບກ່ອນແລະການທົດລອງກ່ອນການອອກແບບທີ່ມີການອອກແບບທີ່ດີທີ່ສຸດພ້ອມດ້ວຍການແຈກຢາຍປ້າຍໂຄສະນາ (1 Slaf Tag / 4kb) ແລະຫຼຸດຜ່ອນລໍາດັບຊ້ໍາ (<5%).
●ຄວາມຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງທີມງານຂອງພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການຄວາມຮັ່ງມີໃຫ້ກັບທຸກໆໂຄງການ, ໂດຍມີການບັນທຶກການປິດໂຄງການທີ່ມີປະເທດຫຼາຍກວ່າ 5000 ຊະນິດໃນພືດ, ສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນໍ້ານົມ, ສັດປີກ, ແລະສິ່ງມີຊີວິດ, ແລະສັດນ້ໍາ, ແລະສິ່ງທີ່ມີຊີວິດ, ແລະສິ່ງທີ່ມີຊີວິດ, ແລະສັດນ້ໍາ, ແລະສິ່ງທີ່ມີຊີວິດ, ແລະສິ່ງທີ່ມີຊີວິດ, ແລະສັດນ້ໍາ
● ການເຮັດວຽກ bioinformatic ຂອງຕົນເອງ: BMKGENE ໄດ້ພັດທະນາວຽກງານການເຮັດວຽກ biinformatoric ສໍາລັບ slaf-seq ເພື່ອຮັບປະກັນຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືແລະຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງຜົນຜະລິດສຸດທ້າຍ.
ຂໍ້ສະເພາະຂອງການບໍລິການ
| ປະເພດຂອງການວິເຄາະ | ຂະຫນາດປະຊາກອນທີ່ແນະນໍາ | ຍຸດທະສາດການລຽງລໍາດັບ | |
| ຄວາມເລິກຂອງ tag sequencing | ຈໍານວນ tag | ||
| ແຜນທີ່ພັນທຸກໍາ | 2 ພໍ່ແມ່ແລະ> 150 ລູກຫລານ 150 ຄົນ | ພໍ່ແມ່: 20x wg Offsping: 10x | ຂະຫນາດ Genome: <400 MB: WGS ແນະນໍາ <1GB: Tags 100GB 1-2GB :: 200k Tags > 2GB: ປ້າຍ 300K ແທັກ MAX 500K |
| ການສຶກສາສະມາຄົມທີ່ມີຊີວິດຊີວາ (GWAS) | ≥200ຕົວຢ່າງ | 10X | |
| ວິວັດທະນາການພັນທຸກໍາ | ≥30ຕົວຢ່າງ, ກັບ> 10 ຕົວຢ່າງຈາກແຕ່ລະລໍາຍ່ອຍ | 10X | |
ຄວາມຕ້ອງການດ້ານການບໍລິການ
ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ≥ 5 ng / μL
ຈໍານວນທັງຫມົດ≥ 80 ng
nanodrop od260 / 280 = 1.6-2.5
Agrosose Gel: ບໍ່ມີການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການປົນເປື້ອນຈໍາກັດ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ພາຊະນະ: 2 ml centrifuge ທໍ່
(ສໍາລັບຕົວຢ່າງສ່ວນໃຫຍ່, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ຮັກສາໃນເອທານອນ)
ປ້າຍຕົວຢ່າງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການຕິດສະຫຼາກແລະທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບແບບຟອມຂໍ້ມູນຕົວຢ່າງ.
ການຂົນສົ່ງ: ນ້ໍາກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຈໍາເປັນຕ້ອງໃສ່ຖົງໃສ່ໃນຖົງທໍາອິດແລະຖືກຝັງໄວ້ໃນນ້ໍາກ້ອນແຫ້ງ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກ
ຕົວຢ່າງ QC
ການທົດລອງທົດລອງ
ການທົດລອງ slaf -
ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ
ລໍາດັບຄວາມປອດໄພ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫລັງການຂາຍ
ປະກອບມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
- ລໍາດັບຂໍ້ມູນ QC
- ການພັດທະນາ TAG Slaf
ການສ້າງແຜນທີ່ເພື່ອອ້າງອີງ genome
ໂດຍບໍ່ມີການອ້າງອີງ genome: clustering
- ການວິເຄາະຂອງປ້າຍ Slaf: ສະຖິຕິ, ການແຈກຢາຍໃນທົ່ວ genome
- ເຄື່ອງຫມາຍການຄົ້ນພົບ Marker: SNP, OFL, SNP, SNV, CV, CV ການໂທແລະຄໍາບັນທຶກ
ການແຈກຢາຍຂອງປ້າຍ Slaf ໃສ່ໂຄໂມໂຊມ:
ການແຈກຢາຍ snps ໃສ່ໂຄໂມໂຊມ:
ຄໍາບັນຍາຍ snp
| ປີ | ວາລະ | IF | ໃບຕາດິນ | ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ |
| 2022 | ການສື່ສານແບບທໍາມະຊາດ | 17.694 | ພື້ນຖານ Genomic ຂອງ giga-chromosomes ແລະ giga-genome ຂອງຕົ້ນໄມ້ peony PaEonia ostii | Slaf-GWAS |
| ປີ 2015 | phytologist ໃຫມ່ | 7.433 | ພື້ນທີ່ທາງດ້ານຫນ້າພາຍໃນປະເທດສະມໍ Genomic ຂອງຄວາມສໍາຄັນດ້ານ agronman ທີ່ມີຄວາມສໍາຄັນໃນ ຖົ່ວເຫລືອງ | Slaf-GWAS |
| 2022 | ວາລະສານຄົ້ນຄ້ວາຂັ້ນສູງ | 12.822 | Genome Genome-Geridicialial of Gossypium Barbadense ເຂົ້າໄປໃນ G. Hirsutum ເປີດເຜີຍ Loci ທີ່ດີກວ່າສໍາລັບການປັບປຸງຄຸນນະພາບແລະຜົນຜະລິດຝ້າຍພ້ອມກັນພ້ອມກັນ ສິນຄ້າ | ການຮັກສາພັນທຸກໍາ |
| ປີ 2019 | ໂຮງເລໂມເລກະ | 10.81 | ການວິເຄາະຂອງປະຊາກອນແລະປະຊາກອນ Genomic ແລະສະພາແຫ່ງ De Novo ເປີດເຜີຍຕົ້ນກໍາເນີດຂອງ Weedy ເຂົ້າເປັນເກມວິວັດທະນາການ | ການຮັກສາພັນທຸກໍາ |
| ປີ 2019 | ພັນທຸກໍາທໍາມະຊາດ | 31.616 | ລໍາດັບແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາຂອງພື້ນທີ່ທໍາມະດາ, Cyprinus Carpio | ແຜນທີ່ການເຊື່ອມໂຍງ |
| ປີ 2014 | ພັນທຸກໍາທໍາມະຊາດ | 25.455 | genome ຂອງຖົ່ວດິນທີ່ປູກຝັງໄດ້ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈໃນ Karyotypes legume, polyploid ວິວັດທະນາການແລະການປູກພືດພາຍໃນປະເທດ. | ແຜນທີ່ການເຊື່ອມໂຍງ |
| 2022 | ວາລະສານເຕັກໂນໂລຢີຊີວະພາບຂອງພືດ | 9.803 | ການກໍານົດຂອງ ST1 ສະແດງໃຫ້ເຫັນການຄັດເລືອກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການດຶງດູດຂອງວິທະຍາໄລຍະພາບຂອງແກ່ນ ແລະເນື້ອໃນຂອງນ້ໍາມັນໃນລະຫວ່າງການລ້ຽງຖົ່ວເຫລືອງ | ການພັດທະນາຫມາຍເຖິງເຄື່ອງຫມາຍ |
| 2022 | ວາລະສານສາກົນຂອງວິທະຍາສາດໂມເລກຸນ | 6.208 | ການພັດທະນາເຄື່ອງຫມາຍແລະ DNA ເຄື່ອງຫມາຍສໍາລັບເຂົ້າສາລີ-leymus mollis 2ns (2D) ການທົດແທນໂຄຣໂມໂຊມທີ່ບໍ່ພໍໃຈ | ການພັດທະນາຫມາຍເຖິງເຄື່ອງຫມາຍ |
| ປີ | ວາລະ | IF | ໃບຕາດິນ | ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ |
| 2023 | ຊາຍແດນໃນວິທະຍາສາດພືດ | 6.735 | ການສ້າງແຜນທີ່ຂອງ QTL ແລະການວິເຄາະສົ່ງຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບເນື້ອໃນນ້ໍາຕານໃນລະຫວ່າງການສຸກຫມາກຂອງ pyrus pyriifolia | ແຜນທີ່ພັນທຸກໍາ |
| 2022 | ວາລະສານເຕັກໂນໂລຢີຊີວະພາບຂອງພືດ | 8.154 | ການກໍານົດຂອງ ST1 ສະແດງໃຫ້ເຫັນການຄັດເລືອກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຄັດເລືອກຄວາມຫຍຸ້ງຍາກໃນການລັກສະນະຂອງພືດພັນແລະເນື້ອໃນຂອງນ້ໍາມັນໃນລະຫວ່າງການລ້ຽງຖົ່ວເຫລືອງ
| SNP Calling |
| 2022 | ຊາຍແດນໃນວິທະຍາສາດພືດ | 6.623 | ການສ້າງຕັ້ງສະມາຄົມທີ່ກວ້າງຂວາງ - ທົ່ວໄປຂອງ pheenypes ທີ່ບໍ່ພຽງແຕ່ຢູ່ໃນສະພາບແວດລ້ອມໄພແຫ້ງແລ້ງ.
| gwas |
