● ຫ້ອງສະໝຸດຄູ່ເພື່ອຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນ: ການຫຼຸດ rRNA ຕິດຕາມດ້ວຍການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ PE150 ແລະການຄັດເລືອກຂະໜາດຕາມດ້ວຍການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ SE50
● ສໍາເລັດການວິເຄາະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານຂອງ mRNA, lncRNA, circRNA, ແລະ miRNA ໃນບົດລາຍງານ bioinformatics ແຍກຕ່າງຫາກ
● ການວິເຄາະຮ່ວມກັນຂອງການສະແດງອອກ RNA ທັງໝົດໃນບົດລາຍງານລວມ, ລວມທັງການວິເຄາະເຄືອຂ່າຍ ceRNA.
●ການວິເຄາະຄວາມເລິກຂອງເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບ: ການວິເຄາະເຄືອຂ່າຍ ceRNA ຖືກເປີດໃຊ້ໂດຍການຈັດລໍາດັບຮ່ວມກັນຂອງ mRNA, lncRNA, circRNA, ແລະ miRNA ແລະໂດຍຂະບວນການເຮັດວຽກທາງຊີວະພາບທີ່ຄົບຖ້ວນ.
●ຄໍາບັນຍາຍທີ່ສົມບູນແບບ: ພວກເຮົາໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນເພື່ອເຮັດໜ້າທີ່ອະທິບາຍຄວາມແຕກຕ່າງກັນຂອງ Genes ສະແດງອອກ (DEGs) ແລະປະຕິບັດການວິເຄາະການເສີມສ້າງທີ່ສອດຄ້ອງກັນ, ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຂະບວນການຂອງເຊນລູລາ ແລະໂມເລກຸນທີ່ຕິດພັນກັບການຕອບສະໜອງການຖອດຂໍ້ຄວາມ.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍບັນທຶກການຕິດຕາມການປິດຢ່າງສໍາເລັດຜົນຫຼາຍກວ່າ 2100 ໂຄງການ transcriptome ຢູ່ໃນໂດເມນການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ, ທີມງານຂອງພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນໃຫ້ກັບທຸກໆໂຄງການ.
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກການກະກຽມຕົວຢ່າງ ແລະຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
rRNA ໝົດ | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
ເລືອກຂະໜາດແລ້ວ | Illumina SE50 | 10-20M ອ່ານ |
Nucleotides:
Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງທີ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ຊີວະວິທະຍາ
ພາບລວມການສະແດງອອກ RNA
genes ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ການວິເຄາະ ceRNA
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າຂອງການຄົ້ນຄວ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດຂອງ BMKGene ໂດຍຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Dai, Y. et al. (2022) 'ການສະແດງອອກທີ່ສົມບູນຂອງ mRNAs, lncRNAs ແລະ miRNAs ໃນພະຍາດ Kashin-Beck ທີ່ລະບຸໂດຍ RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), ໜ້າ 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'ການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບເຕັມຄວາມຍາວຂອງຄວາມຕ້ານທານຄວາມໜາວຂອງ Apis cerana ໃນພູເຂົາຊາງໄບໃນຊ່ວງລະດູໜາວ.', Gene, 830, ໜ້າ 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'ການວິເຄາະແບບປະສົມປະສານຂອງໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກ lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ເປີດເຜີຍຄວາມເຂົ້າໃຈໃໝ່ກ່ຽວກັບກົນໄກທີ່ມີທ່າແຮງໃນການຕອບສະໜອງຕໍ່ຮາກເຫງົ້າໃນຖົ່ວດິນ', BMC Genomics, 23(1), ໜ້າ 1-12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'ການຈັດລຽງລຳດັບ RNA ທັງໝົດຊີ້ໃຫ້ເຫັນກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຮັກສາຄຸນນະພາບຫຼັງການເກັບກ່ຽວໃນຜັກກາດນາດ້ວຍການສາຍແສງ LED ສີແດງ', Postharvest Biology and Technology, 188, p. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.