BMKCloud Log in
条形baneris-03

Produktai

10x Genomics Visium erdvinis transkriptas

Erdvinė transkriptomika yra pažangiausia technologija, leidžianti tyrėjams ištirti genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą.Viena galinga platforma šioje srityje yra 10x Genomics Visium kartu su Illumina sekos nustatymu.10X Visium principas slypi specializuotame mikroschemoje su nustatyta fiksavimo zona, kurioje dedamos audinių sekcijos.Šioje fiksavimo srityje yra brūkšniniu kodu pažymėtų dėmių, kurių kiekviena atitinka unikalią erdvinę vietą audinyje.Atvirkštinės transkripcijos proceso metu iš audinio užfiksuotos RNR molekulės yra paženklintos unikaliais molekuliniais identifikatoriais (UMI).Šios brūkšninio kodo dėmės ir UMI leidžia tiksliai sudaryti erdvinius žemėlapius ir kiekybiškai įvertinti genų ekspresiją vienos ląstelės skiriamąja geba.Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą.Naudodami šią erdvinės transkriptomikos technologiją, mokslininkai gali įgyti gilesnį supratimą apie erdvinį ląstelių organizavimą ir sudėtingas molekulines sąveikas, vykstančias audiniuose, suteikdami neįkainojamų įžvalgų apie mechanizmus, kuriais grindžiami biologiniai procesai įvairiose srityse, įskaitant onkologiją, neuromokslą, vystymosi biologiją, imunologiją. , ir botanikos studijos.

Platforma: 10X Genomics Visium ir Illumina NovaSeq


  • FOB kaina:0,5–9 999 USD / vnt
  • Minimalus užsakymo kiekis:100 vienetų / vienetų
  • Tiekimo galimybė:10 000 vienetų / vienetų per mėnesį
  • Paslaugos informacija

    Bioinformatika

    Demonstraciniai rezultatai

    Teminiai leidiniai

    funkcijos

    ● Rezoliucija: 100 µM

    ● Taško skersmuo: 55 µM

    ● Vietų skaičius: 4992

    ● Fotografavimo sritis: 6,5 x 6,5 mm

    ● Kiekviena brūkšniniu kodu pažymėta vieta yra užpildyta pradmenimis, sudarytais iš 4 sekcijų:

    - poli(dT) uodega, skirta mRNR pradėjimui ir cDNR sintezei

    - Unikalus molekulinis identifikatorius (UMI), skirtas ištaisyti stiprinimo šališkumą

    - Erdvinis brūkšninis kodas

    - Dalinio nuskaitymo 1 sekos nustatymo pradmenų surišimo seka

    ● Pjūvių dažymas H&E

    Privalumai

    Vieno langelio paslauga: integruoja visus patirtimi ir įgūdžiais pagrįstus veiksmus, įskaitant krio pjūvį, dažymą, audinių optimizavimą, erdvinį brūkšninį kodą, bibliotekos paruošimą, sekos nustatymą ir bioinformatiką.

    ● Aukštos kvalifikacijos techninė komanda: turintis patirties dirbant su daugiau nei 250 audinių tipų ir daugiau nei 100 rūšių, įskaitant žmones, peles, žinduolius, žuvis ir augalus.

    Realaus laiko atnaujinimas apie visą projektą: visiškai kontroliuojant eksperimento eigą.

    Visapusiška standartinė bioinformatika:paketą sudaro 29 analizės ir 100+ aukštos kokybės figūrų.

    Individualizuota duomenų analizė ir vizualizacija: galima įvairiems tyrimų užklausoms.

    Pasirenkama jungties analizė su vienos ląstelės mRNR sekos nustatymu

    Specifikacijos

    Pavyzdiniai reikalavimai

    biblioteka

    Sekos nustatymo strategija

    Rekomenduojami duomenys

    Kokybės kontrolė

    UŠT įterpti krio mėginiai, FFPE mėginiai

    (Optimalus skersmuo: apytiksliai 6x6x6 mm3)

    3 blokai vienam mėginiui

    10X Visium cDNR biblioteka

    Illumina PE150

    50 000 PE nuskaito vienoje vietoje

    (60Gb)

    NIN>7

    Norėdami gauti daugiau informacijos apie pavyzdžių paruošimo gaires ir aptarnavimo darbo eigą, nedvejodami kreipkitės į a

    Paslaugos darbo eiga

    Mėginio paruošimo etape atliekamas pradinis masinis RNR ekstrahavimo bandymas, siekiant užtikrinti, kad būtų galima gauti aukštos kokybės RNR.Audinių optimizavimo etape pjūviai dažomi ir vizualizuojami bei optimizuojamos mRNR išsiskyrimo iš audinio pralaidumo sąlygos.Tada optimizuotas protokolas taikomas kuriant biblioteką, po to seka ir analizuojami duomenys.

    Visa paslaugų darbo eiga apima atnaujinimus realiuoju laiku ir klientų patvirtinimus, kad būtų palaikomas atsakingas grįžtamojo ryšio ciklas ir užtikrinamas sklandus projekto vykdymas.

    图片4

  • Ankstesnis:
  • Kitas:

  • 10x (9)

     

    Apima šią analizę:

     Duomenų kokybės kontrolė:

    o Duomenų išvestis ir kokybės balo paskirstymas

    o Genų aptikimas vienoje vietoje

    o audinių padengimas

     Vidinio mėginio analizė:

    o Genų turtingumas

    o Taškinis klasterizavimas, įskaitant sumažintų matmenų analizę

    o Diferencinė raiškos analizė tarp klasterių: žymenų genų identifikavimas

    o Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas

     Tarpgrupinė analizė

    o abiejų mėginių (pvz., sergančių ir kontrolinių) dėmių pakartotinis derinimas ir pakartotinis grupavimas

    o Kiekvieno klasterio žymenų genų identifikavimas

    o Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas

    o Diferencinė to paties klasterio išraiška tarp grupių

    Vidinės imties analizė

    Taškų grupavimas

    10x (10)

     

    Žymėjimo genų identifikavimas ir erdvinis pasiskirstymas

     

    10x (12)

    10x (11)

     

    Tarpgrupinė analizė

    Duomenų derinys iš abiejų grupių ir pakartotinio klasterio

    10x (13)

     

     

    Naujų klasterių žymenų genai

    图片5

    Ištirkite pažangą, kurią palengvino BMKGene erdvinės transkriptomikos paslauga, kurią teikia „10X Visium“ Šiuose populiariuose leidiniuose:

    Chen, D. ir kt.(2023) „mthl1, galimas žinduolių adhezijos GPCR Drosophila homologas, dalyvauja priešnavikinėse reakcijose į musių onkogenines ląsteles“, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120

    Chen, Y. ir kt.(2023) „STEEL leidžia didelės raiškos erdvinio ir laiko transkriptominių duomenų apibrėžimą“, Briefings in Bioinformatics, 24(2), p. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.

    Liu, C. ir kt.(2022) „Orchidėjų žiedų vystymosi organogenezės erdvėlaikis atlasas“, Nucleic Acids Research, 50(17), p. 9724–9737.doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.

    Wang, J. ir kt.(2023) „Erdvinės transkriptomikos ir vieno branduolio RNR sekos integravimas atskleidžia galimas terapines gimdos lejomiomos strategijas“, Tarptautinis biologijos mokslų žurnalas, 19(8), p. 2515–2530.doi: 10.7150 / IJBS.83510.

    gauti citatą

    Parašykite savo žinutę čia ir atsiųskite mums

    Siųsk mums savo žinutę: