16S/18S/ITS amplikonų sekvenavimas-NGS
Paslaugos privalumai
● Be izoliacijos ir greitas mikrobų sudėties identifikavimas aplinkos mėginiuose
● Didelė skiriamoji geba aplinkos mėginiuose, kurių sudėtyje yra mažai komponentų
● Naujausias QIIME2 analizės srautas su įvairiomis duomenų bazės, anotacijų, OTU/ASV analizėmis.
● Didelis našumas, didesnis tikslumas
● Taikoma įvairiems mikrobų bendruomenės tyrimams
● BMK turi didelę patirtį su daugiau nei 100 000 mėginių per metus, apimantį dirvožemį, vandenį, dujas, dumblą, išmatas, žarnas, odą, fermentacijos sultinį, vabzdžius, augalus ir kt.
● BMKCloud palengvino duomenų interpretavimą, kuriame yra 45 suasmeninti analizės įrankiai
Paslaugos specifikacijos
| Sekos nustatymasPlatforma | biblioteka | Rekomenduojamas duomenų kiekis | Numatomas apsisukimo laikas |
| „Illumina NovaSeq“ platforma | PE250 | 50K/100K/300K žymos | 30 dienų |
Bioinformatinės analizės
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● OTU grupavimas / triukšmo mažinimas (ASV)
● OTU anotacija
● Alfa įvairovė
● Beta įvairovė
● Tarpgrupinė analizė
● Asociacijų analizė prieš eksperimentinius veiksnius
● Funkcijos genų numatymas
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
DėlDNR ekstraktai:
| Mėginio tipas | Suma | Koncentracija | Grynumas |
| DNR ekstraktai | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Aplinkos pavyzdžiams:
| Mėginio tipas | Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra |
| Dirvožemis | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotubą rezervavimui. |
| Išmatos | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotangelį rezervuoti. |
| Žarnyno turinys | Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktus audinius PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius. |
| Dumblas | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriovamzdelį rezervavimui |
| Vandens telkinys | Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinio vanduo ir pan., surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad membrana būtų praturtinta mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje. |
| Oda | Steriliu medvilniniu tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį. |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1.Rūšių paplitimas
2. Šilumos žemėlapis: rūšių turtingumo klasterizavimas
3.Retų frakcijų kreivė
4.NMDS analizė
5.Lefse analizė
BMK dėklas
Nutukę asmenys, sergantys 2 tipo cukriniu diabetu ir be jo, turi skirtingą žarnyno mikrobų funkcinį pajėgumą ir sudėtį
Paskelbta:Ląstelių šeimininkas ir mikrobas, 2019 m
Sekos nustatymo strategija:
Lieknas ne diabetas (n=633);Nutukęs ne diabetas (n=494);Nutukęs-2 tipo cukrinis diabetas (n=153);
Tikslinis regionas: 16S rDNR V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (NGS pagrindu sukurta amplikonų seka)
DNR ekstraktų pogrupyje buvo atlikta metagenominė seka Illumina Hiseq
Pagrindiniai rezultatai
Šių medžiagų apykaitos ligų mikrobiniai profiliai buvo sėkmingai diferencijuoti.
Lyginant 16S sekos sugeneruotus mikrobų požymius, nustatyta, kad nutukimas yra susijęs su mikrobų sudėties pokyčiais, individualiais požymiais, ypač reikšmingu Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes ir kt. sumažėjimu. Be to, T2D buvo susijęs su Escherichia/shigella padidėjimu .
Nuoroda
Thingholm, LB ir kt.Nutukę asmenys, sergantys 2 tipo cukriniu diabetu ir be jo, turi skirtingą žarnyno mikrobų funkcinį pajėgumą ir sudėtį.Ląstelių šeimininkas ir mikrobas26.2(2019).
