CircRNR sekvenavimas – Illumina
Savybės
● rRNR kiekio sumažinimas, po kurio atliekamas kryptingas bibliotekos paruošimas, leidžiantis gauti grandinėms būdingus sekoskaitos duomenis.
● Bioinformatinis darbo eiga leidžia numatyti cirkRNR ir kiekybiškai įvertinti raišką.
Paslaugų privalumai
●Platus patyrimasEsame apdoroję daugiau nei 20 000 įvairių tipų mėginių, todėl kiekvienam projektui pritaikome didelę patirtį.
●Griežta kokybės kontrolėVisuose etapuose – nuo mėginių paruošimo iki bibliotekos paruošimo, sekvenavimo ir bioinformatikos – įgyvendiname pagrindinius kontrolės taškus. Mūsų kruopšti stebėsena užtikrina nuolat aukštos kokybės rezultatų gavimą.
●Išsamesnės RNR bibliotekos:Mūsų ikibibliotekiniame paruošime vietoj linijinio RNR išeikvojimo naudojame rRNR išeikvojimo metodą, užtikrindami, kad sekoskaitos duomenys apimtų ne tik cirRNR, bet ir mRNR bei lncRNR, o tai leidžia atlikti bendrą šių duomenų rinkinių analizę.
●Papildoma konkurencinių endogeninių RNR (ceRNR) tinklų analizė: Suteikiamos gilesnės įžvalgos apie ląstelių reguliavimo mechanizmus.
● Pagalba po pardavimoSuprantame, kaip svarbu būti šalia, todėl teikiame 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį po projekto užbaigimo. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, pagalbą šalinant triktis ir teikiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Reikalavimai mėginiams ir pristatymas
| Biblioteka | Platforma | Rekomenduojami duomenys | Duomenų kokybės kontrolė |
| rRNR išeikvota kryptinė biblioteka | Illumina PE150 | 16–20 Gb | Q30≥85% |
Pavyzdžio reikalavimai:
Nukleotidai:
| Koncentracija (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelyje matomas ribotas arba visai nematyti baltymų ar DNR užterštumo. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S / 18S ≥ 1,0; ribotas arba joks bazinis pakilimas |
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapas arba sėkla: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 450 mg
Vidaus organai arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 600 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1,5 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 9 g
Vėžiagyviai: 450 mg
● Visas kraujas:2 vamzdeliai
● Ląstelės: 106 ląstelės
● Serumas ir plazma6 ml
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (nerekomenduojama naudoti alavo folijos)
Mėginio ženklinimas: Grupuoti + kartoti, pvz., A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilizuojantys mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir transportuoti kambario temperatūroje.
Paslaugų darbo srautas
Eksperimento planas
Pavyzdžio pristatymas
RNR ekstrakcija
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Bioinformatika
- Duomenų kokybės kontrolė
- Genomo suderinimas
- CircRNR identifikavimas
- CircRNR raiška
- Diferencinės raiškos analizė
cirkRNR prognozė: chromosomų pasiskirstymas
Diferencijuotai ekspresuojamos cirRNR – ugnikalnio grafikas
Diferencijuotai ekspresuojamos cirRNR – hierarchinė klasterizacija
CirRNR šeimininko genų funkcinis praturtinimas
Sužinokite apie tyrimų pažangą, kurią palengvina BMKGene cirkRNR sekoskaitos paslaugos, naudodamiesi kuruojamų publikacijų kolekcija.
Wang, X. ir kt. (2021) „CPSF4 reguliuoja cirkRNR formavimąsi ir mikroRNR sukeltą genų nutildymą hepatocelulinėje karcinomoje“,Onkogenas2021 40:25, 40(25), p. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. ir kt. (2023) „X oo reaguojantis transkriptomas atskleidžia žiedinės RNR133 vaidmenį atsparume ligoms, reguliuojant OsARAB ekspresiją ryžiuose“,Fitopatologijos tyrimai, 5(1), p. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. ir kt. (2023) „CPSF3 moduliuoja žiedinių ir linijinių transkriptų pusiausvyrą hepatocelulinėje karcinomoje“. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. ir kt. (2023) „Išsamus cirRNR įvertinimas cirozinės kardiomiopatijos atveju prieš ir po kepenų transplantacijos“,Tarptautinė imunofarmakologija, 114, p. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
