Viso ilgio mRNR sekoskaita -PacBio
Savybės
● kDNR sintezė iš poli-A mRNR, po kurios atliekamas bibliotekos paruošimas
● Sekvenavimas CCS režimu, generuojant HiFi rodmenis
● Viso ilgio transkriptų sekoskaita
● Analizei nereikia etaloninio genomo; tačiau jis gali būti naudojamas
● Bioinformatinė analizė leidžia analizuoti transkriptus izoformą lncRNR, genų susiliejimus, poliadenilinimą ir genų struktūrą.
Paslaugų privalumai
●Didelis tikslumasHiFi nuskaito tikslumu >99,9 % (Q30), palyginamu su NGS
● Alternatyvių sujungimų analizėVisų transkriptų sekvenavimas leidžia identifikuoti ir apibūdinti izoformas
●Plati patirtisTurėdama daugiau nei 1100 „PacBio“ viso ilgio transkriptomų projektų ir daugiau nei 2300 mėginių apdorojimo patirtį, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia didelę patirtį.
●Pagalba po pardavimoMūsų įsipareigojimas galioja ir po projekto užbaigimo, nes teikiame 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, padedame šalinti triktis ir teikiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Reikalavimai mėginiams ir pristatymas
| Biblioteka | Sekavimo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| PoliA praturtinta mRNR CCS biblioteka | PacBio tęsinys II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Pavyzdžio reikalavimai:
Nukleotidai:
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapas arba sėkla: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 300 mg
Vidaus organai arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 450 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 6 g
Vėžiagyviai: 300 mg
● Pilno kraujo1 tūbelė
● Ląstelės: 106 ląstelės
| Koncentracija (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelyje matomas ribotas arba visai nematyti baltymų ar DNR užterštumo. | Augalams: RIN≥7,5; Gyvūnams: RIN≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ribotas arba joks bazinis pakilimas |
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Konteineris: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (nerekomenduojama naudoti alavo folijos)
Mėginio ženklinimas: Grupuoti + kartoti, pvz., A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilizuojantys mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir transportuoti kambario temperatūroje.
Paslaugų darbo srautas
Eksperimento planas
Pavyzdžio pristatymas
RNR ekstrakcija
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Apima šią analizę:
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
● Susiliejusios transkripto analizė
● Alternatyvių sujungimų analizė
● „Universal Single-Copy Orthologs“ (BUSCO) lyginamoji analizė
● Naujų transkriptų analizė: koduojančių sekų (CDS) numatymas ir funkcinė anotacija
● ilgosios nekoduojančios RNR analizė: ilgosios nekoduojančios RNR ir taikinių prognozavimas
● Mikropalydovų identifikavimas (SSR)
BUSCO analizė
Alternatyvių sujungimų analizė
Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
Naujų transkriptų funkcinė anotacija
Šiame išskirtiniame leidinyje susipažinkite su BMKGene „Nanopore“ viso ilgio mRNR sekoskaitos paslaugų teikiamais privalumais.
Ma, Y. ir kt. (2023) „PacBio ir ONT RNR sekoskaitos metodų lyginamoji analizė Nemopilema Nomurai nuodams identifikuoti“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. ir kt. (2019) „Populus stiebo transkriptomo vystymosi dinamika“, „Augalų biotechnologijos žurnalas“, 17(1), p. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ir kt. (2022) „Dinaminiai askorbo rūgšties kiekio pokyčiai Actinidia latifolia (askorbatais turtingo vaisiaus) vaisių vystymosi ir nokimo metu ir susiję molekuliniai mechanizmai“, „International Journal of Molecular Sciences“, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ir kt. (2022) „Efektyvus biosintezės kelio genų, dalyvaujančių bioaktyviuose polifilinuose Paris polyphylla, prognozavimas“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), p. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ir kt. (2023) „Tuta absoluta (Meyrick) transkriptomo ir citochromo P450 genų kombinuota PacBio Iso-Seq ir Illumina RNR-Seq analizė“, Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ir kt. (2019) „Transkriptomo sudėtingumo tyrimas naudojant „PacBio“ vienos molekulės realaus laiko analizę kartu su „Illumina“ RNR sekoskaita, siekiant geriau suprasti ricinolio rūgšties biosintezę Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), p. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
