„Illumina“ iš anksto sukurtos bibliotekos
Savybės
●Platformos:„Illumina NovaSeq 6000“ ir „NovaSeq X Plus“
●Sekavimo režimai:PE150 ir PE250
●Bibliotekų kokybės kontrolė prieš sekvenavimą
●Sekvenavimo duomenų kokybės kontrolė ir pristatymas:QC ataskaitos ir neapdorotų duomenų pateikimas „fastq“ formatu po Q30 rodmenų demultipleksavimo ir filtravimo
Paslaugų privalumai
●Sekvenavimo paslaugų universalumas:Klientas gali pasirinkti sekvenavimą pagal juostą, srauto elementą arba pagal reikiamą duomenų kiekį (dalinis juostų sekvenavimas).
●Didelė patirtis dirbant su „Illumina“ sekvenavimo platforma:su tūkstančiais užbaigtų projektų su įvairiomis rūšimis.
●Sekvenavimo kokybės kontrolės ataskaitos pateikimas:su kokybės rodikliais, duomenų tikslumu ir bendru sekoskaitos projekto našumu.
●Subrendusio sekoskaitos procesas:su trumpu apyvartos laiku.
●Griežta kokybės kontrolėTaikome griežtus kokybės kontrolės reikalavimus, siekdami užtikrinti nuolat aukštos kokybės rezultatus.
Pavyzdinės platformos
| Platforma | Srauto ląstelė | Sekos režimas | Vienetas | Numatoma produkcija |
| NovaSeq X | 10B (8 eismo juostos) | PE150 | Viena juosta Dalinė juosta | 375 GB / juosta |
| 25B (8 eismo juostos) | PE150 | Viena juosta Dalinė juosta | 1000 Gb/juosta | |
| NovaSeq 6000 | SP srauto ląstelė (2 juostos) | PE250 | Srauto ląstelė Viena juosta Dalinė juosta | 325–400 mln. nuskaitymų / juosta |
| S4 srauto ląstelė (4 juostos) | PE150 | Srauto ląstelė Viena juosta Dalinė juosta | ~800 Gb / juosta |
Imties reikalavimai
| Duomenų kiekis (X) | Koncentracija (kPGR/nM) | Tūris | |
| Dalinis eismo juostų išdėstymas
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 GB < X ≤ 50 GB | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 GB < X ≤ 100 GB | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 GB | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Eismo juostų sekos nustatymas | Už juostą | ≥ 1,5 nM / bibliotekos telkinys | ≥ 25 μl / bibliotekos telkinys |
Be koncentracijos ir bendro kiekio, taip pat reikalingas tinkamas smailės vaizdas.
Pastaba: Mažos įvairovės bibliotekų juostų sekvenavimui reikalingas „PhiX“ papildymas, kad būtų užtikrintas patikimas bazių identifikavimas.
Rekomenduojame pateikti iš anksto sujungtas bibliotekas kaip pavyzdžius. Jei jums reikia, kad BMKGENE atliktų bibliotekų sujungimą, žr.
bibliotekos reikalavimai daliniam juostų sekoskaitos nustatymui.
Bibliotekos dydis (didžiausias žemėlapis)
Pagrindinis pikas turėtų būti 300–450 bp ribose.
Bibliotekos turėtų turėti vieną pagrindinę smailę, be adapterio užteršimo ir be pradmenų dimerų.
Jei jūsų mėginiai neatitinka pradinės medžiagos reikalavimų, susisiekite su mumis.
Paslaugų darbo eiga
Bibliotekos kokybės kontrolė
Sekvenavimas
Duomenų kokybės kontrolė
Projekto įgyvendinimas
Bibliotekos kokybės ataskaita
Prieš sekvenavimą, bibliotekos kiekio ir fragmentacijos įvertinimą pateikiama bibliotekos kokybės ataskaita.
Sekvenavimo kokybės kontrolės ataskaita
1 lentelė. Sekvenavimo duomenų statistika.
| Pavyzdžio ID | BMKID | Neapdoroti skaitymai | Neapdoroti duomenys (bp) | Švarūs rodmenys (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
1 pav. Kokybės pasiskirstymas pagal rodmenis kiekviename imtyje
2 pav. Bazinio turinio pasiskirstymas
3 pav. Nuskaityto turinio pasiskirstymas sekoskaitos duomenyse
