Prisijungti prie BMKCloud

Produktai

DNR/RNR sekvenavimas – nanoporų sekvenatorius

DNR/RNR sekoskaita – nanoporų sekvenceris, iliustracija

ONT sekvenavimas yra vienos molekulės realaus laiko elektrinio signalo sekvenavimo technologija, pagrįsta nanoporomis. Kiekvienos platformos sekvenavimo principas yra tas pats. Dvigrandė DNR/RNR prisijungia prie bioplėvelėje įterpto nanoporinio baltymo ir išsivynioja, veikiama motorinio baltymo. Veikiant įtampos skirtumui abiejose bioplėvelės pusėse, DNR/RNR grandinės tam tikru greičiu praeina per nanoporos kanalo baltymą. Dėl skirtingų DNR/RNR grandinės bazių cheminių savybių skirtumų, kai viena bazė arba DNR molekulė praeina per nanoporos kanalą, pasikeičia skirtingi elektriniai signalai. Aptikus ir atitinkant šiuos signalus, galima apskaičiuoti atitinkamus bazių tipus ir atlikti sekos aptikimą realiuoju laiku.

Susisiekite su mumis

Paslaugos informacija

Demonstracijos rezultatas

Paslaugos informacija Funkcijos

Platforma	Bibliotekos dydis	Teorinis duomenų išeiga (vienai ląstelei)	Vienos bazės tikslumas	Paraiškos
Nanopora	8 kb, 10 kb, 20 kb, itin ilgas, kDNR-PGR	70–90 GB/ląstelė	85–92 %	SV iškvietimas, De novo, viso ilgio sekvenavimas, Iso-Seq, genų anotacija, DNR metilinimo aptikimas

Paslaugų privalumai

● Daugiau nei 5 metų patirtis dirbant su „PacBio“ sekvenavimo platforma, įgyvendinta tūkstančiai projektų su įvairiomis rūšimis.
● BMKGENE yra oficialus „Oxford Nanopore“ partneris, turintis dvigubos platformos RNR/DNR sertifikatą.
● Yra pagrindiniai sekvencerių modeliai su visa įranga ir pakankamu sekvenavimo našumu.
● Remiantis „Nanopore“ platforma, tarptautiniu mastu pripažintuose žurnaluose paskelbta daugiau nei 10 „Denovo“ gyvūnų ir augalų tyrimų.

Imties reikalavimai

Mėginio tipas

Suma

Koncentracija (Qubit®)

Tūris

Grynumas

Kiti

Genominė DNR

Priklauso nuo duomenų reikalavimų

≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,2;

OD260/230≥1,5；

Skaidrus pikas ties 260 nm, be užterštumo

Koncentraciją reikia matuoti naudojant „Qubit“ ir „Qubit/Nanopore ≤ 2“

Bendra RNR

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,5;

OD260/230 = 0,5–2,5, be užterštumo

RIN vertė ≥7,5

Paslaugų darbo eiga

Mėginio paruošimas

Bibliotekos statyba

Sekvenavimas

Duomenų analizė

Projekto įgyvendinimas

Ankstesnis: „Illumina“ iš anksto sukurtos bibliotekos

Toliau: Specifinio lokuso amplifikuoto fragmento sekvenavimas (SLAF-Seq)

DNR mėginio duomenų kokybės vertinimas

1 lentelė. Švarių duomenų statistika.

BMKID	neapdorotas sekos numeris	neapdorotaSumBase	švarus sekos numeris	švariojiSumBase	švarusN50Len	švarusN90Len	švarus vidutinis ilgis	cleanMaxLen	švarios vidutinės kokybės
DNR_BMK01	1 218 239	26.37	1 121 736	25,90	28 014	15 764	23 090	143 181	9

RNR mėginio duomenų kokybės vertinimas

1 lentelė. Švarių duomenų statistika.

Failo pavadinimas	Kliento ID	Skaitymo numeris	Bazinis skaičius	N50	Vidutinis ilgis	Maksimalus ilgis	Vidutinis Q balas
RNR_BMK001	C2	8 947 708	4 047 230 083	398	452	129 227	Q12