Produktai

Evoliucinė genetika

Evoliucinė genetika yra supakuota sekos nustatymo paslauga, skirta pateikti išsamią tam tikrų medžiagų evoliucinės informacijos interpretaciją, pagrįstą genetiniais variantais, įskaitant SNP, InDels, SV ir CNV.Jame pateikiama visa esminė analizė, reikalinga populiacijų evoliuciniams pokyčiams ir genetiniams ypatumams apibūdinti, tokiems kaip populiacijų struktūra, genetinė įvairovė, filogeniniai ryšiai ir kt. Taip pat pateikiami genų srauto tyrimai, kurie leidžia įvertinti efektyvų populiacijos dydį, divergencijos laiką.

Susisiekite su mumis

Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

Atvejo analizė

Paslaugos privalumai

Takagi ir kt.,Augalų žurnalas, 2013 m

● Rūšių skirtumo laiko ir greičio įvertinimas remiantis nukleotidų ir aminorūgščių lygio svyravimais
● Patikimesnio filogenetinio ryšio tarp rūšių atskleidimas iki minimumo sumažinant konvergentinės ir lygiagrečios evoliucijos įtaką
● Genetinių pokyčių ir fenotipų sąsajų kūrimas siekiant atskleisti su savybėmis susijusius genus
● genetinės įvairovės įvertinimas, atspindintis rūšių evoliucinį potencialą
● Greitesnis apdorojimo laikas
● Didelė patirtis: BMK sukaupė didžiulę patirtį su populiacija ir evoliucija susijusiuose projektuose daugiau nei 12 metų, apimančių šimtus rūšių ir kt., ir prisidėjo prie daugiau nei 80 aukšto lygio projektų, publikuotų Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal ir kt.

Paslaugos specifikacijos

Medžiagos:

Paprastai rekomenduojamos bent trys subpopuliacijos (pvz., porūšiai arba štamai).Kiekvienoje subpopuliacijoje turi būti ne mažiau kaip 10 individų (augalai ＞15, retoms rūšims galima sumažinti).

Sekos nustatymo strategija:

* WGS gali būti naudojamas rūšims, turinčioms aukštos kokybės etaloninį genomą, o SLAF-Seq galima naudoti rūšims su etaloniniu genomu arba be jo, arba prastos kokybės etaloniniam genomui.

Taikoma genomo dydžiui	WGS	SLAF-žymės (×10 000)
≤ 500 Mb	10×/asmeniui	WGS yra labiau rekomenduojamas
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformatinės analizės

● Evoliucinė analizė

● Atrankinis šlavimas

● Genų srautas

● Demografinė istorija

● Divergencijos laikas

Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas

Pavyzdiniai reikalavimai:

Rūšis	Audinys	WGS-NGS	SLAF
Gyvūnas	Visceralinis audinys	0,5-1 g	0,5 g
	Raumenų audinys
	Žinduolių kraujas	1,5 ml	1,5 ml
	Naminių paukščių / žuvų kraujas
Augalas	Šviežias Lapas	1-2 g	0,5-1 g
	Žiedlapis / Stiebas
	Šaknis/Sėkla
Ląstelės	Kultivuojama ląstelė

gDNR

Koncentracija
(ng/ul)

Suma

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Aptarnavimo darbų eiga

Eksperimento dizainas

Mėginio pristatymas

Bibliotekos statyba

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Paslaugos po pardavimo

Ankstesnis: Masinė segreganto analizė

Kitas: Metabolizmas

*Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant BMKGENE

1. Evoliucijos analizė apima filogenetinio medžio konstravimą, populiacijos struktūrą ir PCA, pagrįstą genetinėmis variacijomis.

Filogenetinis medis atspindi taksonominius ir evoliucinius ryšius tarp rūšių, turinčių bendrą protėvį.
PCA siekiama vizualizuoti subpopuliacijų artumą.
Populiacijos struktūra rodo genetiškai skirtingų subpopuliacijų buvimą alelių dažnių požiūriu.

3-1filogenetinis medis 3-2PCA 3-3Gyventojų struktūra

Chen ir kt.al.,PNAS, 2020 m

2.Atrankinis šlavimas

Atrankinis nuvalymas reiškia procesą, kurio metu parenkama palanki svetainė ir padidinamas susietų neutralių svetainių dažnis, o sumažinamas nesusietų svetainių dažnis, todėl sumažėja regionų.

Genomo masto aptikimas selektyviose nuskaitymo srityse apdorojamas apskaičiuojant visų SNP populiacijos genetinį indeksą (π，Fst, Tajima's D) stumdomame lange (100 Kb) tam tikru žingsniu (10 Kb).

Nukleotidų įvairovė (π)
4 Nukleotidų įvairovė (π)

Tajima D
5Tajima's-D

Fiksavimo indeksas (Fst)

6 Fiksavimo indeksas (Fst)

Wu ir kt.al.,Molekulinis augalas, 2018 m

3.Genų srautas

7 Genų srautas

Wu ir kt.al.,Molekulinis augalas, 2018 m

4.Demografinė istorija

8Demografinė istorija

Zhang ir kt.al.,Gamtos ekologija ir evoliucija, 2021 m

5.Nukrypimo laikas

9Divergencijos laikas

Zhang ir kt.al.,Gamtos ekologija ir evoliucija, 2021 m

BMK dėklas

Genominių variacijų žemėlapis suteikia įžvalgų apie vasarinio pekino kopūsto (Brassica rapa ssp. Pekinensis) selekcijos genetinį pagrindą

Paskelbta: Molekulinis augalas, 2018 m

Sekos nustatymo strategija:

Pakartotinis sekos nustatymas: sekos gylis: 10×

Pagrindiniai rezultatai

Šiame tyrime 194 pekininiai kopūstai buvo apdoroti pakartotiniam sekos nustatymui, kurių vidutinis gylis buvo 10 ×, o tai davė 1 208 499 SNP ir 416 070 InDels.Šių 194 linijų filogenetinė analizė parodė, kad šias linijas galima suskirstyti į tris ekotipus – pavasarį, vasarą ir rudenį.Be to, populiacijos struktūra ir PCA analizė parodė, kad vasariniai kininiai kopūstai buvo kilę iš rudeninių kopūstų Šandonge, Kinijoje.Vėliau jie buvo pristatyti Korėjoje ir Japonijoje, sukryžminti su vietinėmis linijomis, o kai kurios vėlyvos jų veislės buvo atvežtos į Kiniją ir galiausiai tapo vasariniais pekininiais kopūstais.

Viso genomo skenavimas vasarinių pekino kopūstų ir rudeninių kopūstų atrankos metu atskleidė 23 genominius lokusus, kurie buvo stipriai atrinkti, iš kurių du sutapo su varžtų laiką kontroliuojančia sritimi, pagrįsta QTL kartografavimu.Nustatyta, kad šiuose dviejuose regionuose yra pagrindiniai genai, reguliuojantys žydėjimą, BrVIN3.1 ir BrFLC1.Transkripto tyrimas ir transgeniniai eksperimentai dar labiau patvirtino, kad šie du genai yra susiję su varžtų trukme.

Pekino kopūstų populiacijos struktūros analizė

PB-viso ilgio-RNR-alternatyvus sujungimas

Genetinė informacija apie pekino kopūstų pasirinkimą

Nuoroda

Tongbingas ir kt.„Genominių variacijų žemėlapis suteikia įžvalgų apie vasarinio pekino kopūsto (Brassica rapa ssp.pekinensis) atrankos genetinį pagrindą.Molekuliniai augalai,11(2018): 1360-1376.