Viso ilgio mRNR sekvenavimas – nanoporos
Savybės
● Poli-A mRNR surinkimas, po kurio seka kDNR sintezė ir bibliotekos paruošimas
● Viso ilgio transkriptų sekoskaita
● Bioinformatinė analizė, pagrįsta sulyginimu su etaloniniu genomu
● Bioinformatinė analizė apima ne tik ekspresiją genų ir izoformų lygmeniu, bet ir ilgosios nekoduojančios RNR (lncRNR), genų susiliejimų, poliadenilinimo ir genų struktūros analizę.
Paslaugų privalumai
●Išraiškos kiekybinis įvertinimas izoformų lygmenyje: leidžia atlikti išsamią ir tikslią raiškos analizę, atskleidžiant pokyčius, kurie gali būti užmaskuoti analizuojant visą genų raišką
●Sumažinti duomenų poreikiai:Palyginti su naujos kartos sekvenavimu (NGS), nanoporų sekvenavimui reikalingi mažesni duomenų reikalavimai, todėl naudojant mažesnius duomenis galima pasiekti tokį patį genų ekspresijos kiekybinio įvertinimo prisotinimo lygį.
●Didesnis išraiškos kiekybinio įvertinimo tikslumastiek genų, tiek izoformų lygmeniu
●Papildomos transkriptominės informacijos identifikavimas: alternatyvus poliadenilinimas, susiliejimo genai ir lcnRNR bei jų taikiniai genai
●Plati patirtisMūsų komanda kiekvienam projektui atsineša didžiulę patirtį – esame atlikę daugiau nei 850 viso ilgio „Nanopore“ transkriptomų projektų ir apdoroję daugiau nei 8000 mėginių.
●Pagalba po pardavimoMūsų įsipareigojimas galioja ir po projekto užbaigimo, nes teikiame 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, padedame šalinti triktis ir teikiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Reikalavimai mėginiams ir pristatymas
| Biblioteka | Sekavimo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| Praturtintas poli A | Nanoporinis PromethION 48 | 6/12 GB | Vidutinis kokybės balas: Q10 |
Pavyzdžio reikalavimai:
Nukleotidai:
| Koncentracija (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelyje matomas ribotas arba visai nematyti baltymų ar DNR užterštumo. | Augalams: RIN≥7,0; Gyvūnams: RIN≥7,5; 5,0 ≥ 28S / 18S ≥ 1,0; ribotas arba joks bazinis pakilimas |
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapas arba sėkla: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 300 mg
Vidaus organai arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 450 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 6 g
Vėžiagyviai: 300 mg
● Pilno kraujo1 tūbelė
● Ląstelės: 106 ląstelės
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (nerekomenduojama naudoti alavo folijos)
Mėginio ženklinimas: Grupuoti + kartoti, pvz., A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilizuojantys mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir transportuoti kambario temperatūroje.
Paslaugų darbo srautas
Nukleotidai:
Pavyzdžio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Paslaugų darbo srautas
Audinys:
Eksperimento planas
Pavyzdžio pristatymas
RNR ekstrakcija
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
● Neapdorotų duomenų apdorojimas
● Nuorašo identifikavimas
● Alternatyvus sujungimas
● Ekspresijos kiekybinis įvertinimas genų ir izoformų lygmenimis
● Diferencinės raiškos analizė
● Funkcijų anotavimas ir praturtinimas (DEG ir DET)
Alternatyvi splaisingo analizė
Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
lncRNR prognozavimas
Naujų genų anotacija
DET klasterizavimas
Baltymų-baltymų tinklai DEG
Sužinokite apie BMKGene „Nanopore“ viso ilgio mRNR sekoskaitos paslaugų pasiekimus per kuruojamą publikacijų kolekciją.
Gong, B. ir kt. (2023) „Sekrecinės kinazės FAM20C, kaip onkogeno, epigenetinis ir transkripcijos aktyvavimas gliomoje“, „Journal of Genetics and Genomics“, 50(6), p. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. ir kt. (2023) „Pilno ilgio limfocitų, reaguojančių į IFN-γ, transkriptomo sekvenavimas atskleidžia Th1 atžvilgiu iškreiptą imuninį atsaką plekšnėje (Paralichthys olivaceus)“, Žuvų ir vėžiagyvių imunologija, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. ir kt. (2023) „PacBio ir ONT RNR sekoskaitos metodų lyginamoji analizė Nemopilema Nomurai nuodams identifikuoti“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. ir kt. (2023) „Nano-sekvenavimo analizė atskleidžia skirtingą funkcinę tendenciją tarp egzosomų ir mikrovesiklių, gautų iš hUMSC“, Kamieninių ląstelių tyrimai ir terapija, 14(1), p. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
