Hi-C pagrįstas genomo surinkimas
Paslaugos privalumai
„Hi-C“ apžvalga
(Lieberman-Aiden E ir kt.,Mokslas, 2009)
● Nereikia konstruoti genetinės populiacijos kontiginiam inkaravimui;
● Didesnis žymeklio tankis, dėl kurio didesnis kontigų tvirtinimo koeficientas viršija 90 %;
● Įgalina esamų genomo rinkinių vertinimą ir korekcijas;
● Trumpesnis apsisukimo laikas ir didesnis genomo surinkimo tikslumas;
● Didelė patirtis su daugiau nei 1000 Hi-C bibliotekų, sukurtų daugiau nei 500 rūšių;
● Daugiau nei 100 sėkmingų atvejų, kurių sukauptas paskelbtas poveikio koeficientas viršija 760;
● Hi-C pagrįstas genomo surinkimas poliploidiniam genomui, ankstesniame projekte pasiektas 100% inkaravimo greitis;
● Vidiniai patentai ir programinės įrangos autorių teisės, skirtos Hi-C eksperimentams ir duomenų analizei;
● Savarankiškai sukurta vizualizuotų duomenų derinimo programinė įranga, leidžianti rankiniu būdu perkelti blokus, apversti, atšaukti ir perdaryti.
Paslaugos specifikacijos
|
Bibliotekos tipas
|
Platforma | Skaityti ilgis | Rekomenduoti strategiją |
| Sveiki-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatinės analizės
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Hi-C bibliotekos kokybės kontrolė
● Hi-C pagrįstas genomo surinkimas
● Įvertinimas po surinkimo
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
| Gyvūnas | Grybelis | Augalai
|
| Užšaldytas audinys: 1–2 g vienoje bibliotekoje Ląstelės: 1 x 10^7 langeliai vienoje bibliotekoje | Užšaldytas audinys: 1 g vienoje bibliotekoje | Užšaldytas audinys: 1–2 g vienoje bibliotekoje
|
| *Labai rekomenduojame Hi-C eksperimentui atsiųsti bent 2 alikvotas dalis (po 1 g). | ||
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Daugumos mėginių rekomenduojame nelaikyti etanolyje.
Mėginių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktoje pavyzdinės informacijos formoje.
Siuntimas: sausas ledas: mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
DNR išskyrimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
*Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant Biomarker Technologies
1.Hi-C sąveikos šilumos žemėlapisCamptotheca acuminatagenomo.Kaip parodyta žemėlapyje, sąveikos intensyvumas neigiamai koreliuoja su linijiniu atstumu, o tai rodo labai tikslų chromosomų lygio surinkimą.(Inkaravimo koeficientas: 96,03 %)
Kang M ir kt.,Gamtos komunikacijos, 2021 m
2.Hi-C palengvino inversijų tarpGossypium hirsutumL. TM-1 A06 irG. medelynasChr06
Yang Z ir kt.,Gamtos komunikacijos, 2019 m
3. Maniokos genomo SC205 surinkimas ir dvialelinė diferenciacija.Hi-C šilumos žemėlapis aiškiai suskaidytas į homologines chromosomas.
Hu W ir kt.,Molekulinis augalas, 2021 m
4. Hi-C šilumos žemėlapis ant dviejų Ficus rūšių genomo rinkinio:F.microcarpa(inkaravimo koeficientas: 99,3%) irF.hispida (inkaravimo koeficientas: 99,7 %)
Zhang X ir kt.,Ląstelė, 2020 m
BMK dėklas
Banjano medžio ir apdulkintojo vapsvos genomai suteikia įžvalgų apie figų ir vapsvų koevoliuciją
Paskelbta: Ląstelė, 2020 m
Sekos nustatymo strategija:
F. microcarpa genomas: apytiksliai.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenomas: apytiksliai.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenomas: apytiksliai.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Pagrindiniai rezultatai
1. Naudojant PacBio sekvenavimą, Hi-C ir jungčių žemėlapį, buvo sukurti du banjano medžio genomai ir vienas apdulkintojo vapsvos genomas.
(1)F. microcarpagenomas: buvo nustatytas 426 Mb (97,7 % apskaičiuoto genomo dydžio) rinkinys su 908 Kb kontiginiu N50, BUSCO balu 95,6 %.Iš viso Hi-C prie 13 chromosomų buvo pritvirtinta 423 Mb sekos.Genomo anotacija davė 29 416 baltymus koduojančių genų.
(2)F. Hispidagenomas: 360 Mb rinkinys (97,3% apskaičiuoto genomo dydžio) buvo derlius su 492 Kb kontiginiu N50 ir 97,4% BUSCO balu.Iš viso 359 Mb sekos Hi-C buvo pritvirtintos prie 14 chromosomų ir labai identiškos didelio tankio jungčių žemėlapiui.
(3)Eupristina verticillatagenomas: buvo nustatytas 387 Mb rinkinys (numatomas genomo dydis: 382 Mb), kurio kontig N50 buvo 3,1 Mb ir BUSCO balas 97,7%.
2. Lyginamoji genomikos analizė atskleidė daugybę struktūrinių skirtumų tarp dviejųFikusasgenomus, kurie suteikė neįkainojamą genetinį išteklį adaptyvios evoliucijos tyrimams.Šis tyrimas pirmą kartą suteikė įžvalgų apie figų ir vapsvų koevoliuciją genomo lygiu.
 Circos diagrama apie dviejų genominių savybiųFikusasgenomai, įskaitant chromosomas, segmentinius dubliavimus (SD), transpozonus (LTR, TE, DNR TE), genų ekspresiją ir sintezę |  Y chromosomos ir lyties nustatymo kandidato geno identifikavimas |
Zhang, X. ir kt.„Baniano medžio ir apdulkintojo vapsvos genomai suteikia įžvalgų apie figų ir vapsvų koevoliuciją“.183.4 langelis (2020).
