page_head_bg

Produktai

Metagenominė seka (NGS)

Metagenomas reiškia mišrios organizmų bendruomenės, tokios kaip aplinkos metagenomas, žmogaus metagenomas ir kt., visos genetinės medžiagos rinkinį. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų.Metagenominis sekos nustatymas yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išskirtoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

Atvejo analizė

Paslaugos privalumai

ØBe izoliacijos ir kultivavimo mikrobų bendruomenės profiliavimui

ØDidelė skiriamoji geba aptinkant mažo gausumo rūšis aplinkos mėginiuose

Ø„Meta-“ idėja sujungia visas biologines savybes funkciniu, rūšies ir genų lygmeniu, o tai atspindi dinamišką vaizdą, artimesnį tikrovei.

ØBMK sukaupia didžiulę įvairių tipų mėginių patirtį ir apdoroja daugiau nei 10 000 mėginių.

Paslaugos specifikacijos

Sekos nustatymasPlatforma

biblioteka

Rekomenduojamas duomenų kiekis

Numatomas apsisukimo laikas

„Illumina NovaSeq 6000“.

PE250

50K/100K/300K žymos

30 dienų

Bioinformatinės analizės

üNeapdorotų duomenų kokybės kontrolė

üMetagenomų surinkimas

üNeperteklinis genų rinkinys ir anotacija

üRūšių įvairovės analizė

üGenetinės funkcijos įvairovės analizė

üTarpgrupinė analizė

üAsociacijos analizė prieš eksperimentinius veiksnius

2

Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas

Pavyzdiniai reikalavimai:

DėlDNR ekstraktai:

Mėginio tipas

Suma

Koncentracija

Grynumas

DNR ekstraktai

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Aplinkos pavyzdžiams:

Mėginio tipas

Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra

Dirvožemis

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotube rezervacijai.

Išmatos

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotaną rezervavimui.

Žarnyno turinys

Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktą audinį PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius.

Dumblas

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP vamzdelį arba kriotaną rezervavimui

Vandens telkinys

Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinio vanduo ir pan., surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad praturtintumėte membraną esančiais mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje.

Oda

Steriliu vatos tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį.

Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas

Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Reikalingas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.

Aptarnavimo darbų eiga

logo_02

Mėginio pristatymas

logo_04

Bibliotekos statyba

logo_05

Sekos nustatymas

logo_06

Duomenų analizė

logo_07

Paslaugos po pardavimo


  • Ankstesnis:
  • Kitas:

  • 1.Histograma: rūšių pasiskirstymas

    3

    2. Funkciniai genai, anotuoti KEGG metabolizmo keliams

    4

    3. Šilumos žemėlapis: diferencinės funkcijos, pagrįstos santykiniu genų gausumu54. CARD atsparumo antibiotikams genų cirkai

    6

    BMK dėklas

    Atsparumo antibiotikams genų ir bakterijų patogenų paplitimas išilgai dirvožemio ir mangrovių šaknų kontinuumo

    Paskelbta:Pavojingų medžiagų žurnalas, 2021 m

    Sekos nustatymo strategija:

    Medžiagos: keturių su mangrovių šaknimis susijusių mėginių fragmentų DNR ekstraktai: nepasodintas dirvožemis, rizosfera, episfera ir endosferos skyriai
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Tikslai: metagenomas
    16S rRNR geno V3-V4 sritis

    Pagrindiniai rezultatai

    Siekiant ištirti atsparumo antibiotikams genų (ARG) plitimą iš dirvožemio į augalus, buvo atliktas metagenominis sekvenavimas ir metabarkodavimo profiliavimas mangrovių sodinukų dirvožemio ir šaknų kontinuume.Metagenominiai duomenys atskleidė, kad 91, 4% atsparumo antibiotikams genų paprastai buvo identifikuojami visuose keturiuose aukščiau paminėtuose dirvožemio skyriuose, o tai rodo nuolatinę madą.16S rRNR amplikono seka sukūrė 29 285 sekas, atstovaujančias 346 rūšims.Derinant su rūšių profiliavimu amplikonų sekos nustatymu, nustatyta, kad ši sklaida nepriklauso nuo su šaknimis susijusios mikrobiotos, tačiau ją gali palengvinti mobilūs genetiniai elementai.Šis tyrimas nustatė ARG ir patogenų srautą iš dirvožemio į augalus per tarpusavyje sujungtą dirvožemio ir šaknų kontinuumą.

    Nuoroda

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. ir Shu, L..(2020).Atsparumo antibiotikams genų ir bakterijų patogenų paplitimas išilgai dirvožemio ir mangrovių šaknų kontinuumo.Pavojingų medžiagų žurnalas, 408, 124985.

    gauti citatą

    Parašykite savo žinutę čia ir atsiųskite mums

    Siųskite mums savo žinutę: