Metagenominis sekvenavimas -NGS
Metagenomas yra mišrios organizmų bendrijos, tokios kaip aplinkos ir žmogaus metagenomos, visos genetinės medžiagos rinkinys. Jame yra tiek kultivuojamų, tiek nekultivuojamų mikroorganizmų genomai. Šautuotojo metagenominė sekvencija su NGS leidžia tirti šiuos sudėtingus genominius kraštovaizdžius, esančius aplinkos mėginiuose, teikiant daugiau nei taksonominį profiliavimą, taip pat pateikiant išsamias įžvalgas apie rūšių įvairovę, gausos dinamiką ir sudėtingas populiacijų struktūras. Be taksonominių tyrimų, šautuvo metagenomika taip pat siūlo funkcinės genomikos perspektyvą, leidžiančią tyrinėti užkoduotus genus ir jų galimą vaidmenį ekologiniuose procesuose. Galiausiai, koreliacijos tinklų tarp genetinių elementų ir aplinkos veiksnių sukūrimas prisideda prie holistinio sudėtingos mikrobų bendrijų ir jų ekologinio fono sąveikos supratimo. Apibendrinant galima teigti, kad metagenominė sekvencija yra pagrindinė priemonė, padedanti išaiškinti įvairių mikrobų bendrijų genominius subtilumus, atskleidžianti daugialypius genetikos ir ekologijos ryšius šiose sudėtingose ekosistemose.
Platformos: „Illumina NovaSeq“ ir „DNBSEQ-T7“
Paslaugų privalumai
●Izoliacijos ir kultivavimo nereikalaujantis metodas mikrobų bendrijos profiliavimui: Suteikia galimybę sekvenuoti genetinę medžiagą iš nekultivuojamų organizmų.
●Didelė raiškaAptikti mažai aptinkamas rūšis aplinkos mėginiuose.
●Išsami bioinformatikos analizė:Dėmesys skiriamas ne tik taksonominei, bet ir bendruomenės funkcinei įvairovei.
●Didelė patirtis:Turėdami sėkmingo metagenomikos projektų įvairiose tyrimų srityse užbaigimo ir daugiau nei 200 000 mėginių apdorojimo patirties, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia didelę patirtį.
Paslaugų specifikacijos
| Sekvenavimo platforma | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| „Illumina NovaSeq“ arba DNBSEQ-T7 | PE150 | 6–20 GB | Q30≥85% |
Paslaugų reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (ng) | Tūris (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Dirvožemis/dumblas: 2–3 g
● Žarnyno turinys (gyvūno): 0,5–2 g
● Žarnyno turinys – vabzdžiai: 0,1–0,25 g
● Augalo paviršius (praturtintos nuosėdos): 0,5–1 g
● Fermentacijos sultinio nuosėdomis praturtintos medžiagos): 0,2–0,5 g
● Išmatos (didelių gyvūnų): 0,5–2 g
● Išmatos (pelės): 3–5 grūdai
● Plaučių alveolių lavažo skystis: filtro popierius
● Makšties tepinėlis: 5–6 tepinėliai
● Odos / lytinių organų tepinėlis / seilių / burnos minkštųjų audinių / ryklės tepinėlis / tiesiosios žarnos tepinėlis: 2–3 tepinėliai
● Paviršiniai mikroorganizmai: 5–6 tamponai
● Vandens telkinys / oras / bioplėvelė: filtro popierius
● Endofitai: 2–3 g
● Dantų apnašos: 0,5–1 g
Paslaugų darbo srautas
Pavyzdžio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Apima šią analizę:
● Sekvenavimo duomenų kokybės kontrolė
● Metagenomo surinkimas ir genų prognozavimas
● Genų anotacija
● Taksonominė alfa įvairovės analizė
● Bendruomenės funkcinė analizė: biologinė funkcija, medžiagų apykaita, atsparumas antibiotikams
● Funkcinės ir taksonominės įvairovės analizė:
Beta įvairovės analizė
Grupių analizė
Koreliacijos analizė: tarp aplinkos veiksnių ir OUT sudėties bei įvairovės
Funkcinė analizė: CARD atsparumas antibiotikams
KEGG metabolinių kelių diferencinė analizė: reikšmingų kelių šilumos žemėlapis
Taksonominio pasiskirstymo alfa įvairovė: ACE indeksas
Taksonominio pasiskirstymo beta įvairovė: PCoA
Sužinokite apie pažangą, kurią palengvino „BMKGene“ metagenomo sekoskaitos paslaugos su „Illumina“, naudodamiesi kuruojama publikacijų kolekcija.
Hai, Q. ir kt. (2023) „Vaivorykštinių upėtakių (Oncorhynchus mykiss), užkrėstų infekcinės hematopoetinės nekrozės virusu, žarnyno turinio pokyčių metagenominė ir metabolominė analizė skirtingose kultivavimo vandens temperatūrose“,Mikrobiologijos ribos, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. ir kt. (2023) „Mikrobų bendrijos, atsparumo genai ir rezistomų rizika skirtingų trofinių būsenų miesto ežeruose: vidiniai ryšiai ir išorinė įtaka“,Pavojingų medžiagų pažangos žurnalas, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. ir kt. (2022) „Metagenominė analizė atskleidė avių prieskrandžio mikroorganizmų sudėties ir funkcijos skirtumus tarp skysčiuose ir kietose medžiagose gyvenančių mikroorganizmų“,Mikrobiologijos ribos, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. ir kt. (2023) „Iš nutukusių Ningxiang kiaulių gauta mikrobiota perprogramuoja karnitino metabolizmą, kad paskatintų raumenų riebalų rūgščių kaupimąsi liesose DLY kiaulėse“,Inovacija, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. ir kt. (2023) „Metagenominės įžvalgos apie galimą tipinių biologiškai / neskaidžių plastikų ir neplastikinių šiukšlių riziką Haihe estuarijos viršutinėje ir apatinėje dalyse, Kinijoje“,Visuotinės aplinkos mokslas, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
