Metagenominis sekvenavimas -NGS
Metagenomas – tai mišrios organizmų bendruomenės, pavyzdžiui, aplinkos ir žmogaus metagenomų, visos genetinės medžiagos rinkinys. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų. Šautuvų metagenominė sekos nustatymas naudojant NGS leidžia ištirti šiuos sudėtingus genominius kraštovaizdžius, įterptus į aplinkos pavyzdžius, teikiant daugiau nei taksonominį profiliavimą, taip pat suteikiant išsamių įžvalgų apie rūšių įvairovę, gausos dinamiką ir sudėtingas populiacijų struktūras. Be taksonominių tyrimų, šautuvų metagenomika taip pat siūlo funkcinę genomikos perspektyvą, leidžiančią ištirti užkoduotus genus ir jų numatomus vaidmenis ekologiniuose procesuose. Galiausiai koreliacijos tinklų tarp genetinių elementų ir aplinkos veiksnių sukūrimas prisideda prie holistinio supratimo apie sudėtingą mikrobų bendruomenių ir jų ekologinio pagrindo sąveiką. Apibendrinant galima pasakyti, kad metagenominė sekos nustatymas yra pagrindinis instrumentas, padedantis atskleisti įvairių mikrobų bendruomenių genominius sudėtingumus, nušviečiant daugialypius genetikos ir ekologijos ryšius šiose sudėtingose ekosistemose.
Platformos: Illumina NovaSeq ir DNBSEQ-T7
Paslaugos privalumai
●Mikrobų bendruomenės profiliavimo išskyrimo ir kultivavimo metodas: leidžia nustatyti genetinės medžiagos iš nekultivuojamų organizmų seką.
●Didelė raiška: Aptikti mažai paplitusias rūšis aplinkos mėginiuose.
●Išsami bioinformatinė analizė:Orientuotasi ne tik į taksonominę įvairovę, bet ir į funkcinę bendruomenės įvairovę.
●Didelė patirtis:Sėkmingai užbaigus daugybę metagenomikos projektų įvairiose tyrimų srityse ir apdorojant daugiau nei 200 000 mėginių, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia daug patirties.
Paslaugos specifikacijos
| Sekvenavimo platforma | Sekos sudarymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| Illumina NovaSeq arba DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85 % |
Paslaugos reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendra suma (ng) | Tūris (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Dirvožemis/dumblas: 2-3g
● Žarnyno turinys-gyvulinis: 0,5-2g
● Žarnyno turinys-vabzdys: 0,1-0,25g
● Augalų paviršius (sodrintos nuosėdos): 0,5-1g
● Fermentacijos sultiniu praturtintos nuosėdos): 0,2-0,5g
● Išmatos (stambiems gyvūnams): 0,5-2g
● Išmatos (pelės): 3-5 grūdeliai
● Plaučių alveolių plovimo skystis: filtravimo popierius
● Makšties tepinėlis: 5-6 tamponai
● Odos / lytinių organų tamponas / seilės / burnos minkštųjų audinių / ryklės tamponas / tiesiosios žarnos tamponas: 2–3 tamponai
● Paviršinis mikroorganizmas: 5-6 tamponai
● Vandens telkinys/oras/bioplėvelė: filtravimo popierius
● Endofitai: 2-3g
● Dantų apnašos: 0,5-1g
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Sekos duomenų kokybės kontrolė
● Metagenomų surinkimas ir genų numatymas
● Genų anotacija
● Taksonominės alfa įvairovės analizė
● Funkcinė bendruomenės analizė: biologinė funkcija, medžiagų apykaita, atsparumas antibiotikams
● Funkcinės ir taksonominės įvairovės analizė:
Beta įvairovės analizė
Tarpgrupinė analizė
Koreliacijos analizė: tarp aplinkos veiksnių ir OUT sudėties bei įvairovės
Funkcinė analizė: CARD atsparumas antibiotikams
Diferencinė KEGG medžiagų apykaitos takų analizė: reikšmingų kelių šilumos žemėlapis
Taksonominio pasiskirstymo alfa įvairovė: AKF indeksas
Taksonominio pasiskirstymo beta įvairovė: PCoA
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene metagenomų sekos nustatymo paslaugos su Illumina per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Hai, Q. ir kt. (2023) „Vaivorykštinio upėtakio (Oncorhynchus mykiss), užkrėsto infekciniu hematopoetinės nekrozės virusu, žarnyno turinio pokyčių metagenominė ir metabolominė analizė esant skirtingoms kultūros vandens temperatūroms“,Mikrobiologijos ribos, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. ir kt. (2023) „Mikrobų bendruomenės, atsparumo genai ir atsparumo rizika skirtingų trofinių būsenų miesto ežeruose: vidiniai ryšiai ir išorinis poveikis“,Žurnalas „Hazardous Materials Advances“., 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. ir kt. (2022) „Metagenominė analizė atskleidė avių didžiojo prieskrandžio mikroorganizmų, susijusių su skysčiais ir kietosiomis medžiagomis, sudėties ir funkcijų skirtumus“,Mikrobiologijos ribos, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. ir kt. (2023) „Nutukusios Ningsiango kiaulės mikrobiota keičia karnitino metabolizmą, kad skatintų riebalų rūgščių nusėdimą liesose DLY kiaulėse“Inovacija, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. ir kt. (2023 m.) „Metagenominės įžvalgos apie galimą tipiškų biologiškai / neskaidžių plastikų ir neplastikinių šiukšlių riziką Haihe žiočių aukštupyje ir žemupyje, Kinijoje“,Bendrosios aplinkos mokslas, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
