Metagenominis sekvenavimas -NGS
Paslaugos privalumai
● Be izoliacijos ir auginimo mikrobų bendruomenės profiliavimui
● Didelė skiriamoji geba aptinkant mažo gausumo rūšis aplinkos mėginiuose
● „Meta-“ idėja integruoja visas biologines savybes funkciniu, rūšies ir genų lygmeniu, o tai atspindi dinamišką vaizdą, artimesnį tikrovei.
● BMK sukaupia didžiulę įvairių tipų mėginių patirtį ir apdoroja daugiau nei 10 000 mėginių.
Paslaugos specifikacijos
| Platforma | Sekos nustatymas | Rekomenduojami duomenys | Apsisukimo laikas |
| „Illumina NovaSeq 6000“. | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 darbo dienos |
Bioinformatinės analizės
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Metagenomo surinkimas
● Neperteklinis genų rinkinys ir anotacija
● Rūšių įvairovės analizė
● Genetinių funkcijų įvairovės analizė
● Tarpgrupinė analizė
● Asociacijų analizė prieš eksperimentinius veiksnius
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
DėlDNR ekstraktai:
| Mėginio tipas | Suma | Koncentracija | Grynumas |
| DNR ekstraktai | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Aplinkos pavyzdžiams:
| Mėginio tipas | Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra |
| Dirvožemis | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotubą rezervavimui. |
| Išmatos | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotangelį rezervuoti. |
| Žarnyno turinys | Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktus audinius PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius. |
| Dumblas | Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriovamzdelį rezervavimui |
| Vandens telkinys | Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinio vanduo ir pan., surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad membrana būtų praturtinta mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje. |
| Oda | Steriliu medvilniniu tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį. |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1.Histograma: rūšių pasiskirstymas
2. Funkciniai genai, anotuoti KEGG metabolizmo keliams
3. Šilumos žemėlapis: diferencinės funkcijos, pagrįstos santykiniu genų gausumu
4. CARD atsparumo antibiotikams genų cirkai
BMK dėklas
Atsparumo antibiotikams genų ir bakterijų patogenų paplitimas išilgai dirvožemio ir mangrovių šaknų kontinuumo
Paskelbta:Pavojingų medžiagų žurnalas, 2021 m
Sekos nustatymo strategija:
Medžiagos: keturių su mangrovių šaknimis susijusių mėginių fragmentų DNR ekstraktai: nepasodintas dirvožemis, rizosfera, episfera ir endosferos skyriai
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Tikslai: metagenomas
16S rRNR geno V3-V4 sritis
Pagrindiniai rezultatai
Siekiant ištirti atsparumo antibiotikams genų (ARG) plitimą iš dirvožemio į augalus, buvo atliktas metagenominis sekvenavimas ir metabarkodavimo profiliavimas mangrovių sodinukų dirvožemio ir šaknų kontinuume.Metagenominiai duomenys atskleidė, kad 91, 4% atsparumo antibiotikams genų buvo paprastai identifikuojami visuose keturiuose aukščiau paminėtuose dirvožemio skyriuose, o tai rodo nuolatinę madą.16S rRNR amplikono seka sukūrė 29 285 sekas, atstovaujančias 346 rūšims.Derinant su rūšių profiliavimu amplikonų sekos nustatymu, nustatyta, kad ši sklaida nepriklauso nuo su šaknimis susijusios mikrobiotos, tačiau ją gali palengvinti mobilūs genetiniai elementai.Šis tyrimas nustatė ARG ir patogenų srautą iš dirvožemio į augalus per tarpusavyje sujungtą dirvožemio ir šaknų kontinuumą.
Nuoroda
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. ir Shu, L..(2020).Atsparumo antibiotikams genų ir bakterijų patogenų paplitimas dirvožemio ir mangrovių šaknų kontinuume.Pavojingų medžiagų žurnalas, 408, 124985.
