Metagenominis sekos-TGS
Metagenomas yra mišrios organizmų bendruomenės, tokios kaip aplinkos ir žmogaus metagenomos, genetinės medžiagos kolekcija. Jame yra tiek kultivuojamų, tiek nekultūrinių mikroorganizmų genomai. Metagenominis sekos nustatymas leidžia ištirti šiuos sudėtingus genomo peizažus, įterptus į ekologinius mėginius, pateikiant daugiau nei taksonominį profiliavimą. Tai taip pat siūlo funkcinę genomikos perspektyvą tyrinėjant užkoduotus genus ir jų tariamą vaidmenį aplinkos procesuose. Nors tradiciniai šautuvo metodai, naudojant „Illumina“ seką, buvo plačiai naudojami metagenominiuose tyrimuose, laukas pakeitė nanoporo ir „Pacbio“ ilgalaikio sekos nustatymo atsiradimą. „Nanopore“ ir „Pacbio“ technologijos sustiprina paskesnę bioinformatinę analizę, ypač metagenomų surinkimą, užtikrinant nuolatinius rinkinius. Ataskaitose nurodoma, kad nanoporų pagrindu ir Pacbio pagrindu sukurta metagenomika sėkmingai sukūrė išsamius ir uždarus bakterijų genomus iš sudėtingų mikrobiomų (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). „Nanopore“ skaitymo integravimas į „Illumina Reads“ suteikia strateginį klaidų taisymo metodą, sušvelninant „Nanopore“ būdingą mažą tikslumą. Šis sinergetinis derinys panaudoja kiekvienos sekos platformos stipriąsias puses ir siūlo patikimą sprendimą įveikti galimus apribojimus ir padidinti metagenominės analizės tikslumą ir patikimumą.
Platforma: „Nanopore Prometion 48“, „Illumia“ ir „Pacbio Revio“
Aptarnavimo funkcijos
● Ilgas skaitymo sekos nustatymas „Nanopore P48“ (10KB bibliotekoje); „Pacbio Revio“ (8KB biblioteka)
● Klaidų taisymas: „Illumina NovaSeq“ sekos nustatymas (PE150 biblioteka)
Aptarnavimo pranašumai
●Aukštos kokybės metagenomų rinkinys:Su mažiau kontigų, kurių tęstinumas yra didesnis.
●Didesnis tikslumas:Rūšių identifikavimas ir funkcinis genų prognozavimas.
●Patobulintas surinkimas: Bakterijų genomo izoliacijos palengvinimas ir lyginamoji metagenomo analizė.
●Išsami bioinformatikos analizė:Mūsų analizė yra sutelkta ne tik į taksonominę įvairovę, bet ir į bendruomenės funkcinę įvairovę.
●Didelė patirtis: Mūsų komanda suteikia daug patirties kiekvienam projektui, nes sėkmingai baigia kelis metagenomikos projektus įvairiose tyrimų srityse ir apdorojant daugiau nei 200 000 pavyzdžių, mūsų komanda suteikia daug patirties kiekvienam projektui.
Aptarnavimo specifikacijos
| Sekos platforma | Sekos strategija | Rekomenduojami duomenys |
| „Illumina NovaSeq“ | PE150 | 6 GB |
| „Nanopore P48“ | 10 kb | 6/10 GB |
| „Pacbio Revio“ | 8 kb | 10/20 GB |
Imties reikalavimai
| Koncentracija (ng/µl) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) | |
| „Illumina PE150“ biblioteka | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb biblioteka | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| „Pacbio 8 KB“ biblioteka | ≥50 | 10 µg/ląstelė | ≥20 |
Aptarnavimo darbo srautas
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Duomenų kokybės kontrolė seka
● Metagenomo surinkimas ir genų prognozė
● Genų anotacija
● Taksonominė alfa įvairovės analizė
● Bendruomenės funkcinė analizė: biologinė funkcija, metabolinis, atsparumas antibiotikams
● Funkcinės ir taksonominės įvairovės analizė:
Beta įvairovės analizė
Tarp grupių analizė
Koreliacijos analizė: tarp aplinkos veiksnių ir kompozicijos bei įvairovės
Nereikalingas genų rinkinio pasiskirstymas:
Gene anotacija: Kegg kelias
Geno anotacija: eggnog
Genų anotacija: cazy angliavandeniai
Rūšių koreliacijos tinklas:
Naršykite „Bmkgene“ „Metagenomics Sequencing Service“ palengvintus pasiekimus su „Nanopore + Illumina“ su šiuo rodomu leidiniu:
Jin, H. ir kt. (2023 m.) „Aukštos kokybės genomo žmogaus žarnyno mikrobiomo genomo rinkinys, gamtos mikrobiologija 2023 8: 1, 8 (1), p. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
