BMKCloud Log in
条形baneris-03

Produktai

Metagenominis sekvenavimas-nanoporas

Metagenomika yra molekulinė priemonė, naudojama mišrioms genominėms medžiagoms, išgaunamoms iš aplinkos mėginių, analizuoti, kuri suteikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausumą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklą su aplinkos veiksniais ir kt. Neseniai pristatytos nanoporų sekos nustatymo platformos. į metagenominius tyrimus.Jo išskirtinis skaitymo ilgio našumas iš esmės pagerino paskesnę metagenominę analizę, ypač metagenomo surinkimą.Naudodamiesi skaitymo ilgio pranašumais, nanopore pagrįstas metagenominis tyrimas gali pasiekti nuolatinį surinkimą, palyginti su metagenomika su šautuvu.Paskelbta, kad nanoporų pagrindu sukurta metagenomika iš mikrobiomų sėkmingai sukūrė užbaigtus ir uždarus bakterijų genomus (Moss, EL ir kt.,Gamtos biotechnologija, 2020)

Platforma:Nanopore PromethION P48


Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

BMK dėklas

Paslaugos privalumai

● Aukštos kokybės surinkimas – didesnis rūšių identifikavimo ir funkcinių genų numatymo tikslumas

● Uždaro bakterijų genomo išskyrimas

● Galingesnis ir patikimesnis pritaikymas įvairiose srityse, pvz., patogeninių mikroorganizmų ar su atsparumu antibiotikams susijusių genų aptikimas

● Lyginamoji metagenomų analizė

Paslaugos specifikacijos

 Platforma

Sekos nustatymas

Rekomenduojami duomenys

Apsisukimo laikas

Nanoporas

ONT

6 G/10 G

65 darbo dienos

Bioinformatinės analizės

● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė

● Metagenomo surinkimas

● Neperteklinis genų rinkinys ir anotacija

● Rūšių įvairovės analizė

● Genetinių funkcijų įvairovės analizė

● Tarpgrupinė analizė

● Asociacijų analizė prieš eksperimentinius veiksnius

nanoporos

Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas

Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas

Pavyzdiniai reikalavimai:   

DėlDNR ekstraktai:

Mėginio tipas

Suma

Koncentracija

Grynumas

DNR ekstraktai

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Aplinkos pavyzdžiams:

Mėginio tipas

Rekomenduojama mėginių ėmimo procedūra

Dirvožemis

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Likusią nudžiūvusią medžiagą reikia pašalinti nuo paviršiaus;Sumalkite didelius gabalus ir perleiskite per 2 mm filtrą;Padalinkite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba cyrotubą rezervavimui.

Išmatos

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Paimkite ir padalykite mėginius į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriotangelį rezervuoti.

Žarnyno turinys

Mėginiai turi būti apdorojami aseptinėmis sąlygomis.Nuplaukite surinktus audinius PBS;Centrifuguokite PBS ir surinkite nuosėdas į EP mėgintuvėlius.

Dumblas

Mėginių kiekis: apytiksl.5 g;Surinkite dumblo mėginį ir padalykite jį į sterilų EP mėgintuvėlį arba kriovamzdelį rezervavimui

Vandens telkinys

Jei mėginys turi ribotą kiekį mikrobų, pvz., vandentiekio vanduo, šulinių vanduo ir kt., Surinkite bent 1 l vandens ir praleiskite per 0,22 μm filtrą, kad praturtintumėte membraną esančiais mikrobais.Laikykite membraną steriliame mėgintuvėlyje.

Oda

Steriliu medvilniniu tamponu arba chirurginiu peiliuku atsargiai nubraukite odos paviršių ir įdėkite į sterilų mėgintuvėlį.

Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas

Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos.Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.

Aptarnavimo darbų eiga

pavyzdžio pristatymas

Mėginio pristatymas

Bibliotekos paruošimas

Bibliotekos statyba

Sekos nustatymas

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Duomenų analizė

Paslaugos po pardavimo

Paslaugos po pardavimo


  • Ankstesnis:
  • Kitas:

  • 1. Šilumos žemėlapis: rūšių turtingumo klasterizavimas32. Funkciniai genai, anotuoti KEGG metabolizmo keliams43.Rūšių koreliacijos tinklas54. CARD atsparumo antibiotikams genų cirkai
    6

    BMK dėklas

    Nanoporinė metagenomika leidžia greitai klinikiškai diagnozuoti bakterinę apatinių kvėpavimo takų infekciją

    Paskelbta:Gamtos biotechnologija, 2019 m

    Techniniai akcentai
    Seka: Nanopore MinION
    Klinikinė metagenomikos bioinformatika: šeimininko DNR išeikvojimas, WIMP ir ARMA analizė
    Greitas aptikimas: 6 valandos
    Didelis jautrumas: 96,6 %

    Pagrindiniai rezultatai

    2006 m. dėl apatinių kvėpavimo takų infekcijos (LR) visame pasaulyje mirė 3 milijonai žmonių.Tipiškas LR1 patogeno aptikimo metodas yra kultivavimas, kurio jautrumas yra mažas, ilgas apsisukimo laikas ir trūksta ankstyvo gydymo antibiotikais nurodymų.Greita ir tiksli mikrobų diagnozė jau seniai buvo neatidėliotinas poreikis.Daktaras Justinas iš Rytų Anglijos universiteto ir jo partneriai sėkmingai sukūrė nanopore pagrįstą metagenominį metodą patogenams aptikti.Pagal jų darbo eigą 99,99% šeimininko DNR gali būti išeikvota.Patogenų ir antibiotikams atsparių genų aptikimas gali būti baigtas per 6 valandas.

    Nuoroda
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. ir O'Grady, J..(2019).Nanoporinė metagenomika leidžia greitai klinikiškai diagnozuoti bakterinę apatinių kvėpavimo takų infekciją.Gamtos biotechnologija, 37(7), 1.

    gauti citatą

    Parašykite savo žinutę čia ir atsiųskite mums

    Siųsk mums savo žinutę: