Nereferencinis mRNR sekos nustatymas-Illumina
funkcijos
● Nepriklausomai nuo bet kokio etaloninio genomo,
● Duomenys gali būti naudojami nuorašų struktūrai ir išraiškai analizuoti
● Nustatykite kintamųjų iškirpimo vietas
Paslaugos privalumai
● BMKCloud pagrįstas rezultatų pristatymas: rezultatai pateikiami kaip duomenų failas ir interaktyvi ataskaita per BMKCloud platformą, kuri leidžia patogiai skaityti sudėtingus analizės rezultatus ir pritaikyti duomenų gavybą standartinės bioinformatinės analizės pagrindu.
● Paslaugos po pardavimo: Po pardavimo paslaugos galioja 3 mėnesius po projekto užbaigimo, įskaitant projekto stebėjimą, trikčių šalinimą, rezultatų klausimus ir atsakymus ir kt.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
Nukleotidai:
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥6,5; Gyvūnams: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
Audinys: Svoris (sausas): ≥1 g
*Audiniams, kurių svoris mažesnis nei 5 mg, rekomenduojame siųsti greitai užšaldytą (skystame azotu) audinių mėginį.
Ląstelių suspensija: ląstelių skaičius = 3 × 107
*Rekomenduojame siųsti šaldytą ląstelių lizatą.Jei tų ląstelių skaičius mažesnis nei 5×105, rekomenduojama greitai užšaldyti skystame azote.
Kraujo mėginiai:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol ir 2 ml kraujo (TRIzol: Kraujas = 3: 1)
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Sudėtis:
2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Siuntimas:
1. Sausas ledas: Mėginiai turi būti supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
2.RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatika
1.mRNR(denovo) Surinkimo principas
Trinity skaitiniai yra suskaidomi į mažesnes dalis, žinomas kaip K-mer.Tada šie K-merai naudojami kaip sėklos, kurias reikia išplėsti į kontigus, o tada sudedamąsias dalis, remiantis kontigų persidengimu.Galiausiai, De Bruijn buvo pritaikytas atpažinti komponentų nuorašus.
mRNR (De novo) Trejybės apžvalga
2.mRNR (De novo) Genų ekspresijos lygio pasiskirstymas
RNA-Seq gali pasiekti labai jautrų genų ekspresijos įvertinimą.Paprastai aptinkamas transkriptų ekspresijos FPKM diapazonas svyruoja nuo 10^-2 iki 10^6
mRNR (De novo) FPKM tankio pasiskirstymas kiekviename mėginyje
3. mRNR (De novo) GO sodrinimo DEG analizė
GO (genų ontologijos) duomenų bazė yra struktūrizuota biologinių anotacijų sistema, kurioje yra standartinis genų ir genų produktų funkcijų žodynas.Jame yra keli lygiai, kur žemesnis lygis, tuo konkretesnės funkcijos.
mRNR (De novo) GO DEG klasifikacija antrame lygyje
BMK dėklas
Sacharozės metabolizmo transkripto analizė svogūnams brinkstant ir vystantis svogūnams (Allium cepa L.)
Paskelbta: augalų mokslo ribos，2016 m
Sekos nustatymo strategija
Illumina HiSeq2500
Pavyzdžių rinkinys
Šiame tyrime buvo naudojama Utah Yellow Sweet Spain veislė "Y1351".Paimtų mėginių skaičius buvo
15-ą dieną po svogūnėlio (2 cm skersmens ir 3–4 g svorio) išbrinkimo (DAS), 30-ąją DAS (5 cm skersmens ir 100–110 g svorio) ir maždaug 3 dieną 40-ąją DAS (7 cm skersmens ir 260–300 gramų).
Pagrindiniai rezultatai
1. Venno diagramoje iš viso buvo aptikta 146 DEG visose trijose vystymosi stadijų porose
2. „Angliavandenių pernašą ir metabolizmą“ reprezentavo tik 585 unigenai (ty 7 % anotuoto COG).
3. Sėkmingai GO duomenų bazėje anotuoti Unigenes buvo suskirstyti į tris pagrindines kategorijas trims skirtingiems svogūnėlių vystymosi etapams.„Biologinio proceso“ pagrindinėje kategorijoje daugiausia buvo „medžiagų apykaitos procesas“, po kurio sekė „ląstelinis procesas“.Pagrindinėje „molekulinės funkcijos“ kategorijoje dvi labiausiai atstovaujamos kategorijos buvo „rišimasis“ ir „katalizinis aktyvumas“.
 Ortologinių grupių (COG) klasterių klasifikacijos histograma |  Genų ontologijos (GO) klasifikacijos histograma unigenams, gautiems iš svogūnėlių trimis vystymosi etapais |
 Venno diagrama, rodanti genus, skirtingai išreikštus bet kuriais dviem svogūnų svogūnėlių vystymosi etapais |
Nuoroda
Zhang C, Zhang H, Zhan Z ir kt.Sacharozės metabolizmo transkripto analizė svogūnų (Allium cepa L.) svogūnėlių brinkimo ir vystymosi metu [J].Augalų mokslo sienos, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
