Augalų/gyvūnų viso genomo sekos nustatymas
1. Paslaugos pranašumai
Didelė genomo sekos nustatymo patirtis daugiau nei 1000 rūšių.
Daugiau nei 800 paskelbtų atvejų, kurių kaupiamasis poveikio koeficientas viršija 4000.
Išsami bioinformatinė variacijų iškvietimo ir funkcijų analizės analizė.
2. Paslaugos specifikacijos
| Platforma | biblioteka | Rekomenduojamas sekos gylis | |
| Iliumina | PE 150 | SNP atveju InDel skambina ≥ 10x SV, CNY skambinant ≥ 30 kartų
| |
| Nanoporas
| 8 kb | SV, CNY skambina ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP, InDel, SV, CNY skambinant ≥ 10x |
3. Pavyzdiniai reikalavimai
| Platforma | Konc.(ng/μL)
| Suma (ng)
| Grynumas
| Agarozės gelis
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Išvalykite pagrindinę juostą be jokios arba ribotosskilimas pastebėtas ant gelio. 2. Nėra arba ribotas RNR arba baltymų užterštumas
| ||||
| Iliumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporas
| ≥30 | Priklauso nuo duomenų išeigos 10 μg/ląstelė | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformacijos analizė
5. Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
DNR išskyrimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Duomenų pristatymas
1) Genomo kartografavimo statistika
1 lentelė Žemėlapio rezultato statistika
1 pav. Įdėklo dydžio ir rodmenų aprėpties pasiskirstymas.
2) Variate Detection
2 pav. SNP/INDEL/SV statistika ir anotacija tarp pavyzdžių
3 pav. Vatiacijų pasiskirstymas genomo mastu
3) Funkcinė variacijų anotacija
| 2019 m | Gamtos komunikacijos | Viso genomo pakartotinis sekos nustatymas atskleidžia Brassica napus kilmę ir genetinius lokusus, susijusius su jo gerinimu |
| 2020 m | PNAS | Auksinių žuvelių (Carassius auratus) evoliucinė kilmė ir prijaukinimo istorija |
| 2021 m | Augalų biotechnologijos žurnalas | Dviejų auginamų džiuto rūšių etaloniniai genomai |
| 2021 m | Augalų biotechnologijos žurnalas | Daržovių ir aliejinių sėklų alopoliploido Brassicajuncea genominiai parašai ir genetiniai lokusai, kontroliuojantys gliukozinolatų kaupimąsi |
| 2019 m | Molekulinis augalas | Viso pasaulinio rapsų kolekcijos genomo pakartotinis sekvenavimas atskleidžia jų ekotipo skirtumų genetinį pagrindą |
| 2022 m | Sodininkystės tyrimai | Genomo masto asociacijos analizė suteikia molekulinių įžvalgų apie natūralų arbūzo sėklų dydžio kitimą |
| 2021 m | Eksperimentinės botanikos žurnalas | Viso genomo asociacijos tyrimas nustato GhSAD1 variantus, suteikiančius medvilnės toleranciją šalčiui |
| 2021 m | Eksperimentinės botanikos žurnalas | Viso genomo asociacijos tyrimas ir transkripto palyginimas atskleidžia naujus QTL ir kandidatų genus, kurie kontroliuoja rapsų žiedlapių dydį |
