-
Chromatino imunoprecipitacijos sekvenavimas (ChIP-seq)
ChIP-Seq suteikia genomo masto DNR taikinių profiliavimą histono modifikavimui, transkripcijos faktoriams ir kitiems su DNR susijusiems baltymams.Jis sujungia chromatino imuninio nusodinimo (ChIP) selektyvumą, kad būtų atkurti specifiniai baltymo-DNR kompleksai, ir naujos kartos sekos (NGS) galia, skirta didelio našumo atkurtos DNR sekos nustatymui.Be to, kadangi baltymo-DNR kompleksai išgaunami iš gyvų ląstelių, surišimo vietas galima palyginti skirtinguose ląstelių tipuose ir audiniuose arba skirtingomis sąlygomis.Taikoma įvairi: nuo transkripcijos reguliavimo iki vystymosi būdų iki ligų mechanizmų ir ne tik.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Viso genomo bisulfito sekos nustatymas
DNR metilinimas penktoje citozino padėtyje (5 mC) turi esminės įtakos genų ekspresijai ir ląstelių aktyvumui.Nenormalūs metilinimo modeliai buvo susiję su keliomis sąlygomis ir ligomis, tokiomis kaip vėžys.WGBS tapo auksiniu standartu tiriant genomo masto metilinimą vienos bazės skiriamąja geba.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Transpozazei prieinamo chromatino tyrimas su didelio našumo sekos nustatymu (ATAC-seq)
ATAC-seq yra didelio našumo sekos nustatymo metodas, skirtas analizuoti genomo masto chromatino prieinamumą, kuris yra svarbus pasaulinei epigenetinei genų ekspresijos kontrolei.Sekvenavimo adapteriai įterpiami į atviras chromatino sritis hiperaktyvia Tn5 transpozaze.Po PGR amplifikacijos sukuriama sekos sudarymo biblioteka.Visas atviras chromatino sritis galima gauti tam tikromis erdvės ir laiko sąlygomis, neapsiribojant tik transkripcijos faktoriaus surišimo vietomis arba tam tikra histono modifikuota sritimi.
-
Sumažinto bisulfito sekos nustatymas (RRBS)
DNR metilinimo tyrimai visada buvo karšta ligų tyrimų tema ir yra glaudžiai susiję su genų ekspresija ir fenotipiniais bruožais.RRBS yra tikslus, efektyvus ir ekonomiškas DNR metilinimo tyrimo metodas.Protoriaus ir CpG salų regionų praturtinimas fermentiniu skilimu (Msp I) kartu su bisulfito sekos nustatymu užtikrina didelės skiriamosios gebos DNR metilinimo aptikimą.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
