-
Metagenominis sekvenavimas -NGS
Metagenomas – tai mišrios organizmų bendruomenės, pavyzdžiui, aplinkos ir žmogaus metagenomų, visos genetinės medžiagos rinkinys. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų. Šautuvų metagenominė sekos nustatymas naudojant NGS leidžia ištirti šiuos sudėtingus genominius kraštovaizdžius, įterptus į aplinkos pavyzdžius, teikiant daugiau nei taksonominį profiliavimą, taip pat suteikiant išsamių įžvalgų apie rūšių įvairovę, gausos dinamiką ir sudėtingas populiacijų struktūras. Be taksonominių tyrimų, šautuvų metagenomika taip pat siūlo funkcinę genomikos perspektyvą, leidžiančią ištirti užkoduotus genus ir jų numatomus vaidmenis ekologiniuose procesuose. Galiausiai koreliacijos tinklų tarp genetinių elementų ir aplinkos veiksnių sukūrimas prisideda prie holistinio supratimo apie sudėtingą mikrobų bendruomenių ir jų ekologinio pagrindo sąveiką. Apibendrinant galima pasakyti, kad metagenominė sekos nustatymas yra pagrindinis instrumentas, padedantis atskleisti įvairių mikrobų bendruomenių genominius sudėtingumus, nušviečiant daugialypius genetikos ir ekologijos ryšius šiose sudėtingose ekosistemose.
Platformos: Illumina NovaSeq ir DNBSEQ-T7
-
Metagenominis sekvenavimas-TGS
Metagenomas yra mišrios organizmų bendruomenės, pavyzdžiui, aplinkos ir žmogaus metagenomų, genetinės medžiagos rinkinys. Jame yra ir kultivuojamų, ir nekultivuojamų mikroorganizmų genomų. Metagenominė sekos nustatymas leidžia ištirti šiuos sudėtingus genominius kraštovaizdžius, įterptus į ekologinius pavyzdžius, teikiant daugiau nei taksonominį profiliavimą. Tai taip pat siūlo funkcinę genomikos perspektyvą, tiriant užkoduotus genus ir jų numatomus vaidmenis aplinkos procesuose. Nors metagenominiuose tyrimuose buvo plačiai naudojami tradiciniai šautuvų metodai su Illumina sekos nustatymu, Nanopore ir PacBio ilgai skaitytos sekos atsiradimas pakeitė sritį. „Nanopore“ ir „PacBio“ technologijos pagerina paskesnę bioinformatinę analizę, ypač metagenomų surinkimą, užtikrindamos nuolatinį surinkimą. Ataskaitos rodo, kad nanopore ir PacBio pagrįsta metagenomika sėkmingai sukūrė užbaigtus ir uždarus bakterijų genomus iš sudėtingų mikrobiomų (Moss, EL ir kt., Nature Biotech, 2020). „Nanopore“ skaitytuvų integravimas su „Illumina“ skaitytuvais suteikia strateginį klaidų taisymo metodą, sumažinant Nanopore būdingą žemą tikslumą. Šis sinergetinis derinys išnaudoja kiekvienos sekos nustatymo platformos pranašumus ir siūlo patikimą sprendimą, kaip įveikti galimus apribojimus ir padidinti metagenominės analizės tikslumą bei patikimumą.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia ir PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ir 18S rRNR genai kartu su vidiniu transkribuotu tarpikliu (ITS) yra pagrindiniai molekuliniai pirštų atspaudų žymenys dėl labai konservuotų ir hiperkintamų regionų derinio, todėl jie yra neįkainojami įrankiai prokariotiniams ir eukariotiniams organizmams apibūdinti. Šių regionų amplifikacija ir sekos nustatymas suteikia galimybę be izoliacijos tirti mikrobų sudėtį ir įvairovę įvairiose ekosistemose. Nors Illumina seka paprastai taikoma trumpiems hiperkintamiems regionams, tokiems kaip 16S ir ITS1 V3-V4, buvo įrodyta, kad geresnę taksonominę anotaciją galima pasiekti nustatant viso 16S, 18S ir ITS ilgio seką. Dėl šio visapusiško požiūrio gaunamas didesnis tiksliai klasifikuotų sekų procentas ir pasiekiamas toks skyros lygis, kuris apima ir rūšių identifikavimą. PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekos nustatymo platforma išsiskiria tuo, kad teikia itin tikslius ilgus skaitymus (HiFi), apimančius viso ilgio amplikonus, konkuruodama su Illumina sekos nustatymo tikslumu. Ši galimybė leidžia tyrėjams įgyti neprilygstamą pranašumą – panoraminį genetinio kraštovaizdžio vaizdą. Išplėstinė aprėptis žymiai padidina rūšių anotacijos skiriamąją gebą, ypač bakterijų ar grybelių bendruomenėse, leidžiančią geriau suprasti mikrobų populiacijų sudėtingumą.
-
16S/18S/ITS amplikonų sekos nustatymas-NGS
Amplikonų sekos nustatymas naudojant Illumina technologiją, konkrečiai nukreiptas į 16S, 18S ir ITS genetinius žymenis, yra galingas būdas išsiaiškinti filogeniją, taksonomiją ir rūšių gausą mikrobų bendruomenėse. Šis metodas apima namų tvarkymo genetinių žymenų hiperkintamų regionų sekos nustatymą. Iš pradžių kaip molekulinį pirštų atspaudą pristatėWoeses ir kt1977 m. šis metodas sukėlė revoliuciją mikrobiomų profiliavime, nes įgalino analizes be izoliacijos. Atlikdami 16S (bakterijų), 18S (grybų) ir vidinio transkribuoto tarpiklio (ITS, grybų) seką, mokslininkai gali nustatyti ne tik gausias rūšis, bet ir retas bei neatpažintas rūšis. Plačiai naudojamas kaip pagrindinis įrankis, amplikonų sekos nustatymas tapo priemone nustatant skirtingas mikrobų kompozicijas įvairiose aplinkose, įskaitant žmogaus burną, žarnas, išmatas ir ne tik.
-
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinis sekvenavimas
Bakterijų ir grybelių viso genomo pakartotinio sekos nustatymo projektai yra labai svarbūs siekiant tobulinti mikrobų genomiką, leidžiantį užbaigti ir palyginti mikrobų genomus. Tai palengvina fermentacijos inžineriją, pramoninių procesų optimizavimą ir antrinių metabolizmo būdų tyrimą. Be to, grybelių ir bakterijų pakartotinė sekos nustatymas yra labai svarbus norint suprasti prisitaikymą prie aplinkos, optimizuoti padermes ir atskleisti genetinės evoliucijos dinamiką, turinčią didelę reikšmę medicinai, žemės ūkiui ir aplinkos mokslui.
-
Prokariotų RNR sekos nustatymas
RNR sekos nustatymas leidžia atlikti išsamų visų RNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis. Ši pažangiausia technologija yra galingas įrankis, atskleidžiantis sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais. Plačiai naudojamas fundamentiniuose tyrimuose, klinikinėje diagnostikoje ir vaistų kūrime, RNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą. Mūsų prokariotinės RNR mėginių apdorojimas yra pritaikytas prokariotiniams transkriptams, įskaitant rRNR išeikvojimą ir krypties bibliotekos paruošimą.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskripto sekvenavimas
Naudodama Illumina sekos nustatymo technologiją, BMKGENE metatranskripto sekos nustatymo paslauga atskleidžia dinamišką įvairių mikrobų, apimančių nuo eukariotų iki prokariotų ir virusų, genų ekspresiją natūralioje aplinkoje, pavyzdžiui, dirvožemyje, vandenyje, jūroje, išmatose ir žarnyne. Mūsų visapusiška paslauga suteikia tyrėjams galimybę įsigilinti į sudėtingų mikrobų bendruomenių visus genų ekspresijos profilius. Be taksonominės analizės, mūsų metatranskripto sekos nustatymo paslauga palengvina funkcinio praturtinimo tyrimą, atskleidžiant skirtingai išreikštus genus ir jų vaidmenis. Atraskite daugybę biologinių įžvalgų naršydami sudėtingus genų ekspresijos, taksonominės įvairovės ir funkcinės dinamikos kraštovaizdžius šiose įvairiose aplinkos nišose.
-
De novo grybelio genomo surinkimas
BMKGENE siūlo universalius grybų genomų sprendimus, tenkinančius įvairius tyrimų poreikius ir pageidaujamą genomo išsamumą. Naudojant vien trumpo nuskaitymo Illumina sekos nustatymą, galima sukurti genomo juodraštį. Trumpi skaitymai ir ilgo skaitymo sekos nustatymas naudojant Nanopore arba Pacbio yra derinami, kad būtų tobulesnis grybelio genomas su ilgesniais kontigais. Be to, Hi-C sekos integravimas dar labiau padidina galimybes, leidžiančias pasiekti pilną chromosomos lygio genomą.
-
De novo bakterijų genomo surinkimas
Teikiame pilną bakterijų genomo surinkimo paslaugą, garantuojame 0 tarpų. Tai įmanoma integruojant ilgo skaitymo sekos nustatymo technologijas, tokias kaip Nanopore ir PacBio surinkimui ir trumpo skaitymo sekos nustatymą su Illumina surinkimo patvirtinimui ir ONT nuskaitymo klaidų taisymui. Mūsų paslauga teikia visą bioinformatinę darbo eigą nuo surinkimo, funkcinės anotacijos ir pažangios bioinformatinės analizės, siekiant konkrečių tyrimų tikslų. Ši paslauga leidžia sukurti tikslius etaloninius genomus įvairiems genetiniams ir genominiams tyrimams. Be to, jis sudaro pagrindą tokioms taikomoms programoms kaip padermių optimizavimas, genų inžinerija ir mikrobų technologijų kūrimas, užtikrinant patikimus ir be spragų genominius duomenis, labai svarbius mokslinėms įžvalgoms ir biotechnologinėms naujovėms tobulinti.
