-
Vieno branduolio RNR sekos nustatymas
Vienos ląstelės fiksavimo ir individualios bibliotekos kūrimo technikos pažanga, derinant su didelio našumo sekos nustatymu, leidžia atlikti genų ekspresijos tyrimus kiekvienoje ląstelėje.Tai leidžia atlikti gilesnę ir išsamesnę sudėtingų ląstelių populiacijų sistemos analizę, kurioje iš esmės išvengiama jų heterogeniškumo maskavimo, atsižvelgiant į visų ląstelių vidurkį.
Tačiau kai kurios ląstelės nėra tinkamos gaminti vienaląstę suspensiją, todėl reikalingi kiti mėginio paruošimo būdai – branduolio ekstrahavimas iš audinių, tai yra, branduolys yra tiesiogiai ekstrahuojamas iš audinių ar ląstelės ir ruošiamas į vieno branduolio suspensiją, skirtą vienaląstelei. ląstelių sekos nustatymas.
BMK teikia 10× Genomics ChromiumTM pagrįstą vienos ląstelės RNR sekos nustatymo paslaugą.Ši paslauga buvo plačiai naudojama tiriant su ligomis susijusius tyrimus, tokius kaip imuninių ląstelių diferenciacija, naviko heterogeniškumas, audinių vystymasis ir kt.
Erdvinis transkripto lustas: 10 × genomika
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma
-
Augalų/gyvūnų viso genomo sekos nustatymas
Viso genomo pakartotinė sekos nustatymas, taip pat žinomas kaip WGS, leidžia atskleisti tiek įprastas, tiek retas viso genomo mutacijas, įskaitant vieno nukleotido polimorfizmą (SNP), įterpimo ištrynimą (InDel), struktūros variaciją (SV) ir kopijų skaičiaus pokytį (CNV). ).SV sudaro didesnę variacijų bazės dalį nei SNP ir turi didesnį poveikį genomui, o tai daro didelę įtaką gyviems organizmams.Ilgai skaitomas pakartotinis sekos nustatymas leidžia tiksliau identifikuoti didelius fragmentus ir sudėtingus variantus, nes ilgai skaitydami daug lengviau pereiti chromosomas per sudėtingas sritis, tokias kaip tandeminiai pasikartojimai, GC / AT turtingi regionai ir hiperkintami regionai.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 erdvinis transkriptas
Erdvinė transkriptomika yra mokslo naujovių priešakyje, suteikianti tyrėjams galimybę gilintis į sudėtingus genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą.Tarp įvairių platformų BMKGene sukūrė BMKManu S1000 erdvinį transkripto lustą, turintįpadidinta raiška5 µM, pasiekiant tarpląstelinį diapazoną ir įgalinantkelių lygių raiškos nustatymai.S1000 lustas, turintis maždaug 2 milijonus dėmių, naudoja mikrošulinėlius, sluoksniuotus rutuliukais, užpildytais erdviniu brūkšniniu kodu užfiksuotais fiksavimo zondais.cDNR biblioteka, praturtinta erdviniais brūkšniniais kodais, paruošiama iš S1000 lusto ir vėliau sekvenuojama Illumina NovaSeq platformoje.Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą.Unikali BMKManu S1000 lusto savybė yra jo universalumas, siūlantis kelių lygių raiškos nustatymus, kuriuos galima tiksliai suderinti su įvairiais audiniais ir detalumo lygiais.Dėl šio pritaikomumo lustas yra puikus pasirinkimas įvairiems erdvinės transkriptomikos tyrimams, užtikrinant tikslų erdvinį grupavimą su minimaliu triukšmu.
Naudodami BMKManu S1000 lustą ir kitas erdvinės transkriptomikos technologijas, mokslininkai gali geriau suprasti erdvinį ląstelių organizavimą ir sudėtingas molekulines sąveikas, vykstančias audiniuose, suteikdami neįkainojamų įžvalgų apie mechanizmus, kuriais grindžiami biologiniai procesai įvairiose srityse, įskaitant onkologijos, neurologijos, vystymosi biologijos, imunologijos ir botanikos studijos.
Platforma: BMKManu S1000 lustas ir Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium erdvinis transkriptas
Erdvinė transkriptomika yra pažangiausia technologija, leidžianti tyrėjams ištirti genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą.Viena galinga platforma šioje srityje yra 10x Genomics Visium kartu su Illumina sekos nustatymu.10X Visium principas slypi specializuotame mikroschemoje su nustatyta fiksavimo zona, kurioje dedamos audinių sekcijos.Šioje fiksavimo srityje yra brūkšniniu kodu pažymėtų dėmių, kurių kiekviena atitinka unikalią erdvinę vietą audinyje.Atvirkštinės transkripcijos proceso metu iš audinio užfiksuotos RNR molekulės yra paženklintos unikaliais molekuliniais identifikatoriais (UMI).Šios brūkšninio kodo dėmės ir UMI leidžia tiksliai sudaryti erdvinius žemėlapius ir kiekybiškai įvertinti genų ekspresiją vienos ląstelės skiriamąja geba.Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą.Naudodami šią erdvinės transkriptomikos technologiją, mokslininkai gali įgyti gilesnį supratimą apie erdvinį ląstelių organizavimą ir sudėtingas molekulines sąveikas, vykstančias audiniuose, suteikdami neįkainojamų įžvalgų apie mechanizmus, kuriais grindžiami biologiniai procesai įvairiose srityse, įskaitant onkologiją, neuromokslą, vystymosi biologiją, imunologiją. , ir botanikos studijos.
Platforma: 10X Genomics Visium ir Illumina NovaSeq
-
Viso ilgio mRNR sekos nustatymas-nanoporas
Nors NGS pagrįsta mRNR sekos nustatymas yra universali priemonė genų ekspresijos kiekybiniam įvertinimui, jos priklausomybė nuo trumpų skaitymų riboja jo veiksmingumą atliekant sudėtingas transkripto analizes.Kita vertus, nanoporų sekos nustatymas naudoja ilgai skaitytą technologiją, leidžiančią nustatyti viso ilgio mRNR transkriptų seką.Šis metodas palengvina išsamų alternatyvaus sujungimo, genų suliejimo, poliadenilinimo ir mRNR izoformų kiekybinio įvertinimo tyrimą.
Nanoporų sekos nustatymas priklauso nuo nanoporų vienos molekulės realaus laiko elektros signalų.Dvigubos grandinės DNR, vadovaujama motorinių baltymų, jungiasi prie nanoporų baltymų, įterptų į bioplėvelę, ir išsivynioja, kai ji praeina per nanoporų kanalą esant įtampos skirtumui.Skirtingi elektriniai signalai, kuriuos sukuria skirtingos DNR grandinės bazės, aptinkami ir klasifikuojami realiuoju laiku, o tai palengvina tikslią ir nuolatinę nukleotidų seką.Šis novatoriškas metodas įveikia trumpo skaitymo apribojimus ir suteikia dinamišką platformą sudėtingai genomo analizei, įskaitant sudėtingus transkriptominius tyrimus.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Viso ilgio mRNR sekos nustatymas - PacBio
Nors NGS pagrįsta mRNR sekos nustatymas yra universali priemonė genų ekspresijai nustatyti, jos priklausomybė nuo trumpų skaitymų riboja jos naudojimą sudėtingose transkriptominėse analizėse.Kita vertus, PacBio sekvenavimas (Iso-Seq) naudoja ilgai skaitomą technologiją, leidžiančią nustatyti viso ilgio mRNR transkriptų seką.Šis metodas palengvina išsamų alternatyvaus sujungimo, genų suliejimo ir poliadenilinimo tyrimą, nors tai nėra pagrindinis pasirinkimas nustatant genų ekspresiją, nes reikia daug duomenų.
PacBio sekos nustatymo technologija remiasi vienos molekulės, realaus laiko (SMRT) sekos nustatymu, suteikiančiu aiškų pranašumą fiksuojant viso ilgio mRNR nuorašus.Šis naujoviškas metodas apima nulinio režimo bangolaidžių (ZMW) naudojimą, mikropagrindinius šulinius, kurie leidžia realiu laiku stebėti DNR polimerazės aktyvumą sekos nustatymo metu.Šiuose ZMW PacBio DNR polimerazė sintezuoja papildomą DNR grandinę, sukurdama ilgus skaitymus, apimančius visus mRNR nuorašus.PacBio veikimas Circular Consensus sekvenavimo (CCS) režimu padidina tikslumą pakartotinai nustatant tos pačios molekulės seką.Sugeneruotų HiFi skaitymų tikslumas yra panašus į NGS, o tai dar labiau prisideda prie išsamios ir patikimos sudėtingų transkriptinių savybių analizės.Platforma: PacBio Sequel II
-
Eukariotinės mRNR sekos nustatymas-Illumina
mRNR sekos nustatymas suteikia galimybę atlikti išsamų visų mRNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis.Ši pažangiausia technologija yra galingas įrankis, atskleidžiantis sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais.Plačiai taikomas atliekant fundamentinius tyrimus, klinikinę diagnostiką ir vaistų kūrimą, mRNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferencinis mRNR sekos nustatymas-Illumina
mRNR sekos nustatymas suteikia galimybę atlikti išsamų visų mRNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis.Ši pažangiausia technologija yra galingas įrankis, atskleidžiantis sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais.Plačiai taikomas atliekant fundamentinius tyrimus, klinikinę diagnostiką ir vaistų kūrimą, mRNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Ilgas nekoduojantis sekvenavimas-Illumina
Ilgos nekoduojančios RNR (lncRNR) yra RNR, ilgesnės nei 200 nukleotidų, kurios turi minimalų kodavimo potencialą ir yra pagrindiniai nekoduojančios RNR elementai.Šios RNR, esančios branduolyje ir citoplazmoje, atlieka lemiamą vaidmenį epigenetiniame, transkripcijos ir potranskripcijos reguliavime, pabrėždamos jų reikšmę formuojant ląstelių ir molekulinius procesus.LncRNR sekos nustatymas yra galingas ląstelių diferenciacijos, ontogenezės ir žmogaus ligų įrankis.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Mažos RNR sekos nustatymas-Illumina
Mažos RNR (sRNR) molekulės, paprastai trumpesnės nei 200 nukleotidų, apima mikroRNR (miRNR), mažas trukdančias RNR (siRNR) ir su piwi sąveikaujančias RNR (piRNR).Tarp jų, maždaug 20–24 nukleotidų ilgio miRNR yra ypač svarbios dėl jų pagrindinio reguliavimo vaidmens įvairiuose ląstelių procesuose.Dėl specifinių audinių ir stadijų ekspresijos modelių miRNR pasižymi dideliu išsaugojimu įvairiose rūšyse.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
cirRNR sekos nustatymas-Illumina
Circular RNR sekos nustatymas (circRNA-seq) skirtas profiliuoti ir analizuoti žiedines RNR, RNR molekulių klasę, kurios sudaro uždaras kilpas dėl nekanoninių sujungimo įvykių, suteikiant šioms RNR didesnį stabilumą.Nors buvo įrodyta, kad kai kurios cirRNR veikia kaip mikroRNR kempinės, išskiriančios mikroRNR ir neleidžiančios joms reguliuoti tikslinių mRNR, kitos cirkRNR gali sąveikauti su baltymais, moduliuoti genų ekspresiją arba atlikti vaidmenį ląstelių procesuose.cirRNR ekspresijos analizė suteikia įžvalgų apie šių molekulių reguliavimo vaidmenis ir jų reikšmę įvairiems ląstelių procesams, vystymosi stadijoms ir ligų sąlygoms, padedant giliau suprasti RNR reguliavimo sudėtingumą genų ekspresijos kontekste.
-
Visa transkripto seka – Illumina
Visas transkripto sekos nustatymas siūlo išsamų požiūrį į įvairių RNR molekulių profiliavimą, apimantį ir koduojančias (mRNR), ir nekoduojančias RNR (lncRNR, cirRNR ir miRNR).Šis metodas tam tikru momentu užfiksuoja visą konkrečių ląstelių transkriptą, leidžiantį visapusiškai suprasti ląstelių procesus.Taip pat žinomas kaip „bendras RNR sekos nustatymas“, juo siekiama atskleisti sudėtingus reguliavimo tinklus transkripto lygiu, leidžiančius atlikti išsamią analizę, pvz., konkuruojančią endogeninę RNR (ceRNR) ir bendrą RNR analizę.Tai žymi pradinį žingsnį link funkcinio apibūdinimo, ypač atskleidžiant reguliavimo tinklus, susijusius su cirRNR-miRNR-mRNR sąveika.
