Prokariotų RNR sekos nustatymas
Savybės
● RNR mėginių apdorojimas apėmė rRNR išeikvojimą, po kurio sekė kryptingas RNR bibliotekos paruošimas.
● Bioinformatinė analizė, pagrįsta sulyginimu su etaloniniu genomu
● Analizė apima genų ekspresiją ir DEG, taip pat transkripto struktūros ir sRNR analizę
Paslaugų privalumai
●Griežta kokybės kontrolėVisuose etapuose – nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekvenavimo ir bioinformatikos – įgyvendiname pagrindinius kontrolės taškus. Ši kruopšti stebėsena užtikrina nuolat aukštos kokybės rezultatus.
●Specifiniai sekos duomenysdėl kryptingo RNR bibliotekos paruošimo, leidžiančio identifikuoti antisensinius transkriptus.
●Išsami analizė, pritaikyta prokariotinėms transkriptomomsBioinformatinis procesas apima ne tik genų raiškos analizę, bet ir transkripto struktūros analizę, įskaitant operonų, UTR ir promotorių identifikavimą. Jis taip pat apima sRNR analizę, būtent antrinės struktūros ir taikinių anotaciją ir prognozavimą.
●Pagalba po pardavimoMūsų įsipareigojimas galioja ir po projekto užbaigimo, nes teikiame 3 mėnesių garantinio aptarnavimo laikotarpį. Šiuo laikotarpiu teikiame projekto stebėsenos paslaugas, padedame šalinti triktis ir teikiame klausimų bei atsakymų sesijas, kad išspręstume visus su rezultatais susijusius klausimus.
Reikalavimai mėginiams ir pristatymas
| Biblioteka | Sekavimo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| rRNR išeikvota kryptinė biblioteka | Illumina PE150 | 1–2 Gb | Q30≥85% |
Pavyzdžio reikalavimai:
| Koncentracija (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8–2,0 OD260/230 = 1,0–2,5 Gelyje matomas ribotas arba visai nematyti baltymų ar DNR užterštumo. | RIN≥6,5 |
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (nerekomenduojama naudoti alavo folijos)
Mėginio ženklinimas: Grupuoti + kartoti, pvz., A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilizuojantys mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir transportuoti kambario temperatūroje.
Paslaugų darbo srautas
Pavyzdžio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Bioinformatinės analizės darbo eiga
Apima šią analizę:
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Suderinimas su etaloniniu genomu
● Bibliotekos kokybės vertinimas: RNR fragmentacijos atsitiktinumas, įterpimo dydis ir sekoskaitos sodrumas
● Numatomų koduojančių genų funkcinė anotacija
● Išraiškos analizė: koreliacijos ir pagrindinių komponentų analizė (PCA)
● Diferencinė genų raiška (DEG)
● DEG funkcinis anotavimas ir praturtinimas
● sRNR analizė: prognozavimas, anotavimas, taikinio ir antrinės struktūros prognozavimas
● Transkripto struktūros analizė: operonai, pradžios ir pabaigos pozicijos, netransliuojamas regionas (UTS), promotorius ir SNP/InDel analizė
Sekvenavimo sodrumas
Koduojančių genų funkcinė anotacija
Koreliacija tarp mėginių
Diferencialinių ekspresuotų genų (DEG) analizė
Funkcinio praturtinimo analizė
sRNR anotacija
Šiame išskirtiniame leidinyje susipažinkite su BMKGene „Nanopore“ viso ilgio mRNR sekoskaitos paslaugų teikiamais privalumais.
Guan, CP ir kt. (2018) „Bioplėvelę formuojančio Staphylococcus epidermidis pasauliniai transkriptomo pokyčiai, reaguojant į bendrą Sophorea alopecuroides alkaloidus“,Lenkijos mikrobiologijos žurnalas, 67 (2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
