Produktai

Prokariotų RNR sekos nustatymas

Prokariotinės RNR sekos nustatymas naudoja naujos kartos sekos nustatymą (NGS), kad atskleistų RNR buvimą ir kiekį tam tikru momentu, analizuojant kintantį ląstelių transkriptą.Mūsų įmonės prokariotinės RNR sekos nustatymas yra skirtas prokariotams su etaloniniais genomais, suteikiant jums transkripto profiliavimą, genų struktūros analizę ir kt. Jis buvo plačiai taikomas fundamentinių mokslų tyrimams, vaistų tyrimams ir plėtrai ir kt.

Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma

Susisiekite su mumis

Paslaugos informacija

Paslaugos specifikacijos

Platforma: Illumina NovaSeq platforma, PE150

Bibliotekos tipas: 350 bp įterpti cDNR biblioteką (priklauso nuo piko pasiskirstymo)

Sekos nustatymo strategija: suporuotas galas 150 bp

Rekomenduojamas duomenų kiekis: 2 Gb neapdorotų duomenų/pavyzdžiui

Bioinformatika

(1) Sekvenavimo duomenų kokybės kontrolė: nukleotidų pasiskirstymas, bazinės kokybės pasiskirstymas, rRNR santykio įvertinimas;

(2) Sekos derinimo analizė: išlyginimo rezultatų statistika, sekos prisotinimas, sekos aprėptis;

(3) Etaloninė genomo anotacija (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Išraiškos analizė: ekspresijos pasiskirstymas (su dviem ar daugiau mėginių), raiškos tarp mėginių analizė (Venn analizė, koreliacinė analizė, PCA analizė);

(5) Diferencinė išraiškos analizė (su dviem ar daugiau mėginių);

(6) Genų rinkinio analizė: Venn analizė, klasterių analizė, funkcijų anotacijos analizė (COG, GO, KEGG), funkcijų praturtinimo analizė (GO, KEGG), funkcijų praturtinimo stygų grafikas, Ipath analizė;

(7) sRNR analizė: sRNR numatymas, sRNR anotacija (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNR antrinės struktūros numatymas, sRNR tikslinio geno numatymas;

(8) Nuorašo struktūros analizė: operonų analizė, transkripcijos pradžios ir pabaigos vietų numatymas, UTR anotacija ir analizė, promotorių sekos numatymas, SNP/InDel analizė (SNP/InDel anotacija, SNP/InDel regioninis pasiskirstymas, SNP statistika).