BMKCloud Log in
条形baneris-03

Produktai

Specifinio lokuso sustiprintų fragmentų sekos nustatymas (SLAF-Seq)

Didelio našumo genotipų nustatymas, ypač didelio masto populiacijose, yra esminis genetinių asociacijų tyrimų žingsnis, suteikiantis genetinį pagrindą funkciniams genų atradimams, evoliucinei analizei ir kt. Vietoj gilaus viso genomo pakartotinio sekos nustatymo, sumažintas reprezentacinio genomo sekos nustatymas (RRGS) ).Paprastai tai pasiekiama ištraukiant restrikcijos fragmentą tam tikro dydžio diapazone, kuris vadinamas sumažinto reprezentavimo biblioteka (RRL).Specifinio lokuso amplifikuotų fragmentų sekos nustatymas (SLAF-Seq) yra savarankiškai sukurta SNP genotipų nustatymo strategija su etaloniniu genomu arba be jo.
Platforma: „Illumina NovaSeq“ platforma


Paslaugos informacija

Demonstraciniai rezultatai

Teminiai leidiniai

Paslaugos informacija

Techninė schema

111

Darbo eiga

流程图

Paslaugos privalumai

Didelis žymenų atradimo efektyvumas- Didelio našumo sekos nustatymo technologija padeda SLAF-Seq atrasti šimtus tūkstančių žymų visame genome.

Maža priklausomybė nuo genomo- Jis gali būti taikomas rūšims su etaloniniu genomu arba be jo.

Lankstus schemos dizainas- Vieno fermento, dviejų fermentų, kelių fermentų virškinimo ir įvairių tipų fermentai gali būti parinkti taip, kad atitiktų skirtingus tyrimo tikslus ar rūšis.Norint užtikrinti optimalų fermento dizainą, naudojamas išankstinis įvertinimas in silico.

Efektyvus fermentinis virškinimas- Buvo atliktas išankstinis eksperimentas, siekiant optimizuoti sąlygas, todėl formalus eksperimentas yra stabilus ir patikimas.Fragmentų surinkimo efektyvumas gali siekti daugiau nei 95%.

Tolygiai paskirstytos SLAF žymos- SLAF žymenys yra tolygiai pasiskirstę visose chromosomose ir pasiekia vidutiniškai 1 SLAF 4 kb.

Veiksmingas pasikartojimų vengimas- SLAF-Seq duomenų pasikartojanti seka sumažinama iki mažesnės nei 5%, ypač tose rūšyse, kuriose daug pasikartojimų, pavyzdžiui, kviečiai, kukurūzai ir kt.

Didelė patirtis-Daugiau nei 2000 uždarytų SLAF-Seq projektų, skirtų šimtams rūšių, apimančių augalus, žinduolius, paukščius, vabzdžius, vandens organizmus ir kt.

Savarankiškai sukurta bioinformatinė darbo eiga- BMKGENE sukūrė integruotą SLAF-Seq bioinformatinę darbo eigą, kad būtų užtikrintas galutinio rezultato patikimumas ir tikslumas.

 

Paslaugos specifikacijos

 

Platforma

Konc. (ng/gl)

Iš viso (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Tomas>15μl)

1,6-2,5

Pastaba: Išankstiniam eksperimentui bus atlikti trys mėginiai, kurių kiekvienas turi tris fermentų schemas.

Rekomenduojama sekos strategija

Sekos gylis: 10X/Tag

Genomo dydis

Rekomenduojamos SLAF žymės

< 500 Mb

100K arba WGS

500 Mb - 1 Gb

100 tūkst

1 Gb - 2 Gb

200 tūkst

Milžiniški arba sudėtingi genomai

300–400 tūkst

 

Programos

 

Rekomenduojamas

Gyventojų skalė

 

Sekos nustatymo strategija ir gylis

 

Gylis

 

Žymės numeris

 

GWAS

 

Mėginio skaičius ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Pagal

genomo dydis

 

Genetinė evoliucija

 

Kiekvieno atskiri asmenys

pogrupis ≥ 10;

bendras mėginys ≥ 30

 

10X

 

Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas

Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis

Daugumos mėginių rekomenduojame nelaikyti etanolyje.

Mėginių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktoje pavyzdinės informacijos formoje.

Siuntimas: sausas ledas: mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.

Paslaugos darbo eiga

QC pavyzdys
Pilotinis eksperimentas
SLAF eksperimentas
Bibliotekos paruošimas
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo

QC pavyzdys

Pilotinis eksperimentas

SLAF-eksperimentas

Bibliotekos paruošimas

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Paslaugos po pardavimo


  • Ankstesnis:
  • Kitas:

  • 1. Žemėlapio rezultato statistika

    vaizdas1

    A1

    2. SLAF žymenų kūrimas

    A2

    3. Variacijos anotacija

    A3

    Metai

    Žurnalas

    IF

    Pavadinimas

    Programos

    2022 m

    Gamtos komunikacijos

    17.694

    Medžio bijūnų giga-chromosomų ir giga-genomo genominis pagrindas

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015 m

    Naujasis fitologas

    7.433

    Prijaukinimo pėdsakai įtvirtina agronominės svarbos genominius regionus

    sojos pupelės

    SLAF-GWAS

    2022 m

    Išplėstinių tyrimų žurnalas

    12.822

    Viso genomo Gossypium barbadense dirbtinės introgresijos į G. hirsutum

    atskleidžia geresnius lokusus, kad tuo pačiu pagerintų medvilnės pluošto kokybę ir derlių

    bruožai

    SLAF-Evoliucinė genetika

    2019 m

    Molekulinis augalas

    10.81

    Populiacijos genomo analizė ir De Novo asamblėja atskleidžia Weedy kilmę

    Ryžiai kaip evoliucinis žaidimas

    SLAF-Evoliucinė genetika

    2019 m

    Gamtos genetika

    31.616

    Paprastojo karpio Cyprinus carpio genomo seka ir genetinė įvairovė

    SLAF-Linkage žemėlapis

    2014 m

    Gamtos genetika

    25.455

    Kultivuojamų žemės riešutų genomas leidžia suprasti ankštinių augalų kariotipus, poliploidus

    evoliucija ir pasėlių prijaukinimas.

    SLAF-Linkage žemėlapis

    2022 m

    Augalų biotechnologijos žurnalas

    9.803

    ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, apimančią sėklų morfologijos kelionę autostopu

    ir aliejaus kiekis sojų pupelių prijaukinimo metu

    SLAF-Marker kūrimas

    2022 m

    Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas

    6.208

    Kviečių-Leymus mollis 2Ns (2D) identifikavimas ir DNR žymenų kūrimas

    Disominis chromosomų pakeitimas

    SLAF-Marker kūrimas

    gauti citatą

    Parašykite savo žinutę čia ir atsiųskite mums

    Siųsk mums savo žinutę: