Specifinio lokuso amplifikuoto fragmento sekvenavimas (SLAF-Seq)
Darbo eiga
Paslauga turi tam tikrą išankstinį projektavimą in silico, siekiant užtikrinti optimalų fermentų pasirinkimą ruošiant biblioteką.
Techninė schema
Paslaugų funkcijos
● Sekvenavimas naudojant „NovaSeq“ su PE150.
● Bibliotekos paruošimas naudojant dvigubą brūkšninį kodavimą, leidžiantį sujungti daugiau nei 1000 mėginių.
● Nepriklausomai nuo etaloninio genomo:
Su etaloniniu genomu: SNP ir InDel atradimas
Be etaloninio genomo: mėginių grupavimas ir SNP atradimas
● Įin silicoPriešprojektiniame etape tikrinami keli restrikcijos fermentų deriniai, siekiant rasti tuos, kurie užtikrina tolygų SLAF žymų pasiskirstymą visame genome.
● Išankstinio eksperimento metu 3 mėginiuose išbandomi trys fermentų deriniai, siekiant sukurti 9 SLAF bibliotekas, o ši informacija naudojama optimaliam restrikcijos fermentų deriniui projektui parinkti.
Paslaugų privalumai
●Didelio genetinio žymens atradimasIntegruojame didelio našumo dvigubo brūkšninio kodo sistemą, leidžiančią vienu metu sekvenuoti dideles populiacijas ir atlikti lokusui būdingą amplifikaciją, didinančią efektyvumą, užtikrinant, kad žymų numeriai atitiktų įvairius tyrimų klausimų reikalavimus.
● Maža priklausomybė nuo genomoJis gali būti taikomas rūšims su etaloniniu genomu arba be jo.
●Lankstus schemos dizainasGalima pasirinkti vieno fermento, dviejų fermentų, kelių fermentų virškinimą ir įvairių tipų fermentus, kad būtų patenkinti skirtingi tyrimų tikslai ar rūšys.
● Didelis efektyvumas fermentiniame virškinimeLaidumasin silicoIšankstinis projektavimas ir išankstinis eksperimentas užtikrina optimalų dizainą su tolygiu SLAF žymų pasiskirstymu chromosomoje (1 SLAF žymė / 4Kb) ir sumažintu pasikartojančių sekų skaičiumi (<5%).
●Platus patyrimasKiekvienam projektui pritaikome didelę patirtį – esame įgyvendinę daugiau nei 5000 SLAF-Seq projektų, susijusių su šimtais rūšių, įskaitant augalus, žinduolius, paukščius, vabzdžius ir vandens organizmus.
● Savarankiškai sukurtas bioinformatikos darbo srautasSukūrėme integruotą bioinformatikos darbo eigą, skirtą SLAF-Seq, siekdami užtikrinti galutinės rezultato patikimumą ir tikslumą.
Paslaugų specifikacijos
| Analizės tipas | Rekomenduojama populiacijos skalė | Sekavimo strategija | |
| Žymų sekos nustatymo gylis | Žymės numeris | ||
| Genetiniai žemėlapiai | 2 tėvai ir >150 palikuonių | Tėvai: 20 kartų didesnės nei WGS Palikuonis: 10 kartų | Genomo dydis: <400 Mb: rekomenduojama WGS <1 GB: 100 tūkst. žymų 1–2 GB: 200 tūkst. žymų >2 GB: 300 tūkst. žymų Maksimaliai 500 tūkst. žymų |
| Viso genomo asociacijos tyrimai (GWAS) | ≥200 mėginių | 10 kartų | |
| Genetinė evoliucija | ≥30 mėginių, iš kurių >10 mėginių iš kiekvieno pogrupio | 10 kartų | |
Paslaugų reikalavimai
Koncentracija ≥ 5 ng/µl
Bendras kiekis ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5
Agarozės gelis: nėra arba ribotas skaidymasis ar užteršimas
Rekomenduojamas pavyzdžio pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis
(Daugumos mėginių nerekomenduojame konservuoti etanolyje)
Mėginio ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktai mėginio informacijos formai.
Siuntimas: Sausas ledas: Mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir užkasti sausame lede.
Paslaugų darbo eiga
QC mėginio
Bandomasis eksperimentas
SLAF eksperimentas
Bibliotekos paruošimas
Sekvenavimas
Duomenų analizė
Aptarnavimas po pardavimo
Mūsų bioinformatinė analizė apima:
Duomenų kokybės kontrolė ir duomenų apkarpymas, siekiant pašalinti N turinčius rodmenis, adapterio rodmenis arba žemos kokybės rodmenis.
Antroji švarių nuskaitymų kokybės kontrolė, skirta patikrinti bazių pasiskirstymą, sekos kokybę ir duomenų vertinimą, taip pat patikrinti skaidymo efektyvumą ir gautus įdėklus.
Patikrinus rodmenis, yra dvi galimybės:
- Atvaizdavimas pagal etaloninį genomą
- Be etaloninio genomo: klasterizacija
Po to, SLAF žymų analizė naudojama atliekant kai kuriuos variantų iškvietimus, padedančius aptikti žymenis: SNP, InDel, SNV, CV iškvietimus ir anotacijas.
SLAF žymenų pasiskirstymas chromosomose:
SNP pasiskirstymas chromosomose:
SNP anotacija
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ir Shi C (2023) Cukraus kiekio QTL žemėlapių sudarymas ir transkriptomo analizė vaisių nokimo metu.Pyrus pyrifolia.Priekinė dalis. Augalų mokslas.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. ir Sun, L. (2022). st1 identifikavimas atskleidžia atranką, susijusią su sėklų morfologijos ir aliejaus kiekio pakitimais sojų pupelių prijaukinimo metu.Augalų biotechnologijų žurnalas, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ir kt.Paprastojo karpio genomo seka ir genetinė įvairovė,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ir kt.Kultūrinių žemės riešutų genomas suteikia įžvalgų apie ankštinių augalų kariotipus, poliploidų evoliuciją ir pasėlių prijaukinimą.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Metai | Žurnalas | IF | Pavadinimas | Paraiškos |
| 2022 m. | Gamtos komunikacijos | 17.694 | Medžio bijūno gigachromosomų ir gigagenomo genominis pagrindas Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 m. | Naujas fitologas | 7.433 | Domestacijos pėdsakai įtvirtina agronominės svarbos genominius regionus sojų pupelės | SLAF-GWAS |
| 2022 m. | Pažangių tyrimų žurnalas | 12.822 | Genomo masto dirbtinės Gossypium barbadense introgresijos į G. hirsutum atskleisti geresnius lokusus, skirtus vienalaikiam medvilnės pluošto kokybės ir derliaus gerinimui bruožai | SLAF – evoliucinė genetika |
| 2019 m. | Molekulinė gamykla | 10.81 | Populiacijos genominė analizė ir De Novo surinkimas atskleidžia piktžolių kilmę Ryžiai kaip evoliucinis žaidimas | SLAF – evoliucinė genetika |
| 2019 m. | Gamtos genetika | 31.616 | Paprastojo karpio, Cyprinus carpio, genomo seka ir genetinė įvairovė | SLAF jungčių žemėlapis |
| 2014 m. | Gamtos genetika | 25.455 | Kultivuotų žemės riešutų genomas suteikia įžvalgų apie ankštinių augalų kariotipus, poliploidus evoliucija ir pasėlių prijaukinimas. | SLAF jungčių žemėlapis |
| 2022 m. | Augalų biotechnologijų žurnalas | 9.803 | ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, susijusią su sėklų morfologijos autostopu ir aliejaus kiekis sojų pupelių prijaukinimo metu | SLAF žymeklio kūrimas |
| 2022 m. | Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas | 6.208 | Kviečių-Leymus mollis 2Ns (2D) identifikavimas ir DNR žymens kūrimas Disominė chromosomų pakaitalas | SLAF žymeklio kūrimas |
| Metai | Žurnalas | IF | Pavadinimas | Paraiškos |
| 2023 m. | Augalų mokslo ribos | 6.735 | Cukraus kiekio QTL žemėlapių sudarymas ir transkriptomo analizė Pyrus pyrifolia vaisių nokimo metu | Genetinis žemėlapis |
| 2022 m. | Augalų biotechnologijų žurnalas | 8.154 | ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, susijusią su sėklų morfologijos ir aliejaus kiekio autostopu sojų pupelių prijaukinimo metu
| SNP skambina |
| 2022 m. | Augalų mokslo ribos | 6.623 | Viso genomo asociacijos žemėlapis, apimantis „Hulless Barely“ fenotipus sausros aplinkoje.
| GWAS |
