page_head_bg

Produkti

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšanas mērķis ir atklāt filoģenēzi, taksonomiju un sugu pārpilnību mikrobu kopienā, pētot mājturības ģenētisko marķieru PCR produktus, kas satur gan ļoti konversētas, gan hipermainīgas daļas.Šo ideālo molekulāro pirkstu nospiedumu ieviešana, ko veica Woeses et al (1977), nodrošina mikrobiomu profilēšanu bez izolācijas.16S (baktērijas), 18S (sēnītes) un iekšējās transkribētās starplikas (ITS, sēnes) sekvencēšana ļauj identificēt gan bagātīgas sugas, gan retas un neidentificētas sugas.Šī tehnoloģija ir kļuvusi par plaši pielietotu un galveno instrumentu, lai identificētu atšķirīgu mikrobu sastāvu dažādās vidēs, piemēram, cilvēka mutē, zarnās, izkārnījumos utt.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØBez izolācijas un ātra mikrobu sastāva noteikšana vides paraugos

ØAugsta izšķirtspēja komponentos ar zemu daudzumu vides paraugos

ØJaunākā QIIME2 analīzes plūsma ar dažādām analīzēm datu bāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.

ØAugsta caurlaidspēja, lielāka precizitāte

ØPiemērojams dažādiem mikrobu kopienu pētījumiem

ØBMK ir liela pieredze ar vairāk nekā 100 000 paraugu gadā, kas aptver augsni, ūdeni, gāzi, dūņas, izkārnījumus, zarnas, ādu, fermentācijas buljonu, kukaiņus, augus utt.

ØBMKCloud atviegloja datu interpretāciju, kas satur 45 personalizētus analīzes rīkus

Pakalpojuma specifikācijas

SecībaPlatforma

Bibliotēka

Ieteicamais datu apjoms

Paredzamais apgrozības laiks

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K atzīmes

30 dienas

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole

üOTU klasterizācija/trokšņa samazināšana (ASV)

üOTU anotācija

üAlfa daudzveidība

üBeta daudzveidība

üStarpgrupu analīze

üAsociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem

üFunkcijas gēnu prognozēšana

2

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

PriekšDNS ekstrakti:

Parauga veids

Summa

Koncentrēšanās

Tīrība

DNS ekstrakti

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Vides paraugiem:

Parauga veids

Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra

Augsne

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā.

Izkārnījumi

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai.

Zarnu saturs

Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs.

Dūņas

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai

Ūdenstilpne

Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 L ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānu ar mikrobiem.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē.

Āda

Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē.

Ieteicamā paraugu piegāde

Sasaldē paraugus šķidrā slāpeklī uz 3-4 stundām un uzglabā šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1.Sugu izplatība

    3

    2. Siltuma karte: sugu bagātības klasterizācija

    4

    3.Reta frakciju līkne

    5

    4.NMDS analīze

    6

    5. Lefse analīze

    7

     

     

     

    BMK lieta

    Aptaukošanās indivīdiem ar un bez 2. tipa cukura diabēta ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs

    Publicēts:Šūnu saimnieks un mikrobi, 2019

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Liess bezdiabēta (n=633);Aptaukošanās bez cukura diabēta (n=494);Aptaukošanās – 2. tipa cukura diabēts (n=153);
    Mērķa reģions: 16S rDNS V1-V2
    Platforma: Illumina Miseq (uz NGS balstīta amplikonu sekvencēšana)
    DNS ekstraktu apakškopa tika pakļauta metagenomiskai sekvencēšanai Illumina Hiseq

    Galvenie rezultāti

    Šo vielmaiņas slimību mikrobu profili tika veiksmīgi diferencēti.
    Salīdzinot 16S sekvencēšanas radītās mikrobu pazīmes, tika konstatēts, ka aptaukošanās ir saistīta ar izmaiņām mikrobu sastāvā, individuālajām iezīmēm, īpaši būtisku Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes uc samazināšanos. Turklāt tika konstatēts, ka T2D ir saistīta ar Escherichia/shigella pieaugumu. .

    Atsauce

    Thingholm, LB u.c."Indivīdiem ar aptaukošanos ar 2. tipa cukura diabētu un bez tā ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs."Šūnu saimnieks un mikrobi26.2(2019).

     

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: