16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana-NGS
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšanas platforma: Illumina NovaSeq.
● Īsu 16S, 18S un ITS reģionu amplifikācija, kā arī citu amplifikācijas mērķu amplifikācija.
● Elastīgas amplikona izvēles iespējas.
● Iepriekšēja projektu pieredze ar vairākiem pastiprināšanas mērķiem.
Pakalpojuma priekšrocības
●Bez izolācijas:Mikrobu sastāva ātra identificēšana vides paraugos.
●Augsta izšķirtspējaZema satura komponentos vides paraugos.
●Plaši piemērojamsDažādu mikrobu kopienu pētījumi.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīzeJaunākā QIIME2 pakotne (kvantitatīva ieskata iegūšana mikrobu ekoloģijā) ar daudzveidīgām analīzēm datubāzes, anotāciju un OTU/ASV ziņā.
●Plaša pieredzeAr 150 tūkstošiem amplikonu sekvencēšanas projektu, kas tiek veikti katru gadu, BMKGENE nodrošina vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati |
| Amplikons | Illumina PE250 | 50/100/300 tūkstoši tagu (nolasāmi pāri) |
Pakalpojuma prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (ng) | Tilpums (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Augsne/dūņas: 1–2 g
● Zarnu saturs — dzīvnieku izcelsmes: 0,5–2 g
● Zarnu saturs — kukaiņi: 0,1–0,25 g
● Augu virsma (bagātināti nogulumi): 0,1–0,5 g
● Ar fermentācijas buljonu bagātinātas nogulsnes): 0,1–0,5 g
● Fekālijas (lieliem dzīvniekiem): 0,5–2 g
● Fekālijas (peles): 3–5 graudi
● Plaušu alveolu skalošanas šķidrums: filtrpapīrs
● Vaginālais uztriepes paraugs: 5–6 uztriepes paraugs
● Ādas/dzimumorgānu uztriepe/siekalu/mutes dobuma mīksto audu/rīkles uztriepe/taisnās zarnas uztriepe: 2–3 uztriepes
● Virsmas mikroorganismi: filtrpapīrs
● Ūdenstilpne/gaiss/bioplēve: filtrpapīrs
● Endofīti: 1–2 g
● Zobu aplikums: 0,5–1 g
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
- Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
- OTU klasterizācija/trokšņa samazināšana (ASV)
- OTU anotācija
- Alfa daudzveidības analīze: vairāki indeksi, tostarp Šenona, Simpsona un ACE.
- Beta daudzveidības analīze
- Starpgrupu analīze
- Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un OUT sastāvu un daudzveidību
- 16S funkcionālā gēna prognozēšana
Taksonomiskā izplatības histogramma
taksonomiskā pārpilnības klasterizācijas karstuma karte
Alfa daudzveidības analīze: retināšanas līkne
beta daudzveidības analīze: NMDS
Starpgrupu analīze: LEFSE biomarķieru atklāšana
Iepazīstieties ar sasniegumiem, ko nodrošina BMKGene amplikonu sekvencēšanas pakalpojumi kopā ar Illumina, izmantojot rūpīgi atlasītu publikāciju kolekciju.
Dong, C. et al. (2022) “Rizosfēras augsnes un mizas mikrobiotas montāža, kodola mikrobiota un funkcija Eucommia ulmoides”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) “Sintētiskā baktēriju konsorciju transplantācija Gardnerella vaginalis izraisītas bakteriālās vaginozes ārstēšanai pelēm”, Microbiome, 11(1), 1.–14. lpp. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. un Liu, H. (2022) “Gaisa putekļu mikrobiomi, kas savākti uz zemes bāzētā slēgtā bioreģeneratīvā dzīvības uzturēšanas eksperimenta “Lunar Palace 365” laikā”, Environmental Microbiomes, 17(1), 1.–20. lpp. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) “No izejvielām atkarīga funkcionālo gēnu pārpilnība, kas saistīta ar slāpekļa transformāciju, kontrolēja slāpekļa zudumus kompostēšanas laikā”, Bioresource Technology, 361, 127678. lpp. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
