16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana — PacBio
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšanas platforma: PacBio Revio
● Sekvencēšanas režīms: CCS (HiFi nolasījumi)
● Mērķa reģiona amplifikācija, kam seko amplikonu tandēma savienošana pirms HiFi SMRT zvana bibliotēkas sagatavošanas
Pakalpojuma priekšrocības
●Augstāka taksonomiskā izšķirtspēja: Than īso amplikonu sekvencēšana,nodrošinot augstākus OTU klasifikācijas līmeņus sugu līmenī.
●Ļoti precīza bāzes noteikšanaPacBio CCS režīma sekvencēšana (HiFi nolasījumi).
●Bez izolācijasMikrobu sastāva ātra identificēšana vides paraugos.
●Plaši piemērojamsDažādu mikrobu kopienu pētījumi.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīzeJaunākā QIIME2 pakotne (kvantitatīva ieskata iegūšana mikrobu ekoloģijā) ar daudzveidīgām analīzēm datubāzes, anotāciju un OTU/ASV ziņā.
●Plaša pieredzeAr tūkstošiem amplikonu sekvencēšanas projektu, kas tiek veikti katru gadu, BMKGENE nodrošina vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati |
| Amplikons | PacBio Revio | 10/30/50 tūkstošu tagu (CCS) |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µl) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Ieteicamā parauga piegāde
Paraugus sasaldējiet šķidrā slāpeklī 3–4 stundas un uzglabājiet šķidrā slāpeklī vai -80 grādu temperatūrā līdz ilgtermiņa uzglabāšanai. Paraugu nosūtīšanai nepieciešama sausā ledus.
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
●OTU klasterizācija/trokšņu mazināšana (ASV)
●OTU anotācija
●Alfa daudzveidības analīze: vairāki indeksi, tostarp Šenona, Simpsona un ACE.
●Beta daudzveidības analīze
●Starpgrupu analīze
●Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un ārpustelpu sastāvu un daudzveidību
●16S funkcionālā gēna prognozēšana
Taksonomiskā izplatības histogramma
Kopienas izplatības filoģenētiskais koks
Alfa daudzveidības analīze: ACE
indekss
Beta daudzveidības analīze: PCoA
Starpgrupu analīze: ANOVA
Iepazīstieties ar BMKGene amplikonu sekvencēšanas pakalpojumu, izmantojot PacBio, sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot rūpīgi atlasītu publikāciju kolekciju.
Gao, X. un Wang, H. (2023) “Spurekļa baktēriju profilu un funkciju salīdzinošā analīze adaptācijas laikā dažādām fenoloģijām (ataugļošanās vs. zāļaina) Alpu merino aitām ar divām augšanas stadijām Alpu pļavā”, Fermentation, 9(1), 16. lpp. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) “Mikrobiālās tumšās matērijas uztveršana tuksneša augsnēs, izmantojot uz kulturomiku balstītu metagenomiku un augstas izšķirtspējas analīzi”, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1.–14. lpp. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) “Taukskābju sāļu ietekme uz fermentācijas īpašībām, baktēriju daudzveidību un jauktas skābbarības, kas pagatavota ar lucernu, rīsu salmiem un kviešu klijām, aerobo stabilitāti”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), 1475.–1487. lpp. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) “Oksidatīvā stresa biomarķieru un zarnu mikrobiotas mijiedarbība Sonchus brachyotus DC. ekstraktu antioksidanta iedarbībā oksazolona izraisīta zarnu oksidatīvā stresa gadījumā pieaugušām zebrafish”, Antioxidants 2023, 12. sēj., 192. lpp., 12(1), 192. lpp. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
