page_head_bg

Produkti

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S un 18S rRNS apakšvienība, kas satur gan ļoti konservētus, gan hipermainīgus reģionus, ir ideāls molekulārais pirkstu nospiedums prokariotu un eikariotu organismu identificēšanai.Izmantojot sekvencēšanas priekšrocības, šos amplikonus var mērķēt, pamatojoties uz konservētajām daļām, un hipermainīgos reģionus var pilnībā raksturot mikrobu identifikācijai, veicinot pētījumus, kas aptver mikrobu daudzveidības analīzi, taksonomiju, filoģenēzi utt. Vienas molekulas reāllaikā (SMRT) ) PacBio platformas sekvencēšana ļauj iegūt ļoti precīzus garus nolasījumus, kas varētu aptvert pilna garuma amplikonus (apm. 1,5 Kb).Plašais skatījums uz ģenētisko lauku ievērojami uzlaboja sugu anotācijas izšķirtspēju baktēriju vai sēnīšu kopienās.

Platforma:PacBio turpinājums II


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

1

ØIlgi lasījumi, kas atklāj pilna garuma 16S/18S/ITS secību

ØĻoti precīza bāzes izsaukšana ar PacBio CCS režīma secību

ØSugas līmeņa izšķirtspēja OTU/ASV anotācijā

ØJaunākā QIIME2 analīzes plūsma ar dažādām analīzēm datu bāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.

ØPiemērojams dažādiem mikrobu kopienu pētījumiem

ØBMK ir liela pieredze ar vairāk nekā 100 000 paraugu gadā, kas aptver augsni, ūdeni, gāzi, dūņas, izkārnījumus, zarnas, ādu, fermentācijas buljonu, kukaiņus, augus utt.

ØBMKCloud atviegloja datu interpretāciju, kas satur 45 personalizētus analīzes rīkus

Pakalpojuma specifikācijas

SecībaPlatforma

Bibliotēka

Ieteicamais datu apjoms

Paredzamais apgrozības laiks

PacBio turpinājums II

SMRT-zvans

5K/10K/30K CCS

30 dienas

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole

üOTU klasterizācija/trokšņa samazināšana (ASV)

üOTU anotācija

üAlfa daudzveidība

üBeta daudzveidība

üStarpgrupu analīze

üAsociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem

üFunkcijas gēnu prognozēšana

2

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

PriekšDNS ekstrakti:

Parauga veids

Summa

Koncentrēšanās

Tīrība

DNS ekstrakti

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Vides paraugiem:

Parauga veids

Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra

Augsne

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā.

Izkārnījumi

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai.

Zarnu saturs

Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs.

Dūņas

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai

Ūdenstilpne

Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 L ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānu ar mikrobiem.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē.

Āda

Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē.

Ieteicamā paraugu piegāde

Sasaldē paraugus šķidrā slāpeklī uz 3-4 stundām un uzglabā šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1. Anotācijas biežums mikrobu kopienas profilēšanai, kuras pamatā ir V3+V4 (Illumina), salīdzinot ar pilna garuma (PacBio) profilēšanu.
    (Statistikai tika izmantoti 30 nejauši izvēlētu projektu dati)

    3

    2. Pilna garuma amplikonu sekvencēšanas anotācijas ātrums sugas līmenī dažādos paraugu tipos

    4

    3.Sugu izplatība

    5
    4.Filoģenētisks koks

    6

    BMK lieta

    Arsēna iedarbība izraisa zarnu barjeras bojājumus un no tā izrietošo zarnu-aknu ass aktivizēšanos, izraisot pīļu aknu iekaisumu un piroptozi

    Publicēts:Zinātne par kopējo vidi,2021. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Paraugi: kontroles un 8 mg/kg ATO iedarbības grupa
    Sekvences datu ieguve: kopā 102 583 neapstrādātas CCS sekvences
    Kontrole: 54 518 ± 747 efektīva CCS
    ATO eksponēts: 45 050 ± 1675 efektīva CCS

    Galvenie rezultāti

    Alfa daudzveidība:ATO iedarbība būtiski mainīja pīļu zarnu mikrobu bagātību un daudzveidību.

    Metastātu analīze:
    Patversmes līmenī: 2 baktēriju ciltis konstatētas tikai kontroles grupās
    Ģints līmenī: 6 ģintis tika konstatētas ievērojami atšķirīgas relatīvajā daudzumā
    Sugu līmenī: kopā tika noteiktas 36 sugas, no kurām 6 būtiski atšķiras pēc atdzimšanas daudzuma

    Atsauce

    Thingholm, LB u.c."Indivīdiem ar aptaukošanos ar 2. tipa cukura diabētu un bez tā ir atšķirīga zarnu mikrobu funkcionālā spēja un sastāvs."Šūnu saimnieks un mikrobi26.2(2019).

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: