Transpozāzes pieejamā hromatīna tests ar augstas caurlaidības sekvencēšanu (ATAC-seq)
Pakalpojuma funkcijas
● Lai saglabātu DNS un olbaltumvielu mijiedarbību, pakalpojumam ir nepieciešami audu paraugi, nevis ekstrahētas nukleīnskābes.
● ATAC metode ietver audu disociāciju, kam seko kodolu izolēšana, Tn5 apstrāde un attīrīšana, PCR amplifikācija, izmēru atlase un sekvencēšana.
● Sekvencēšana programmā Illumina NovaSeq
Pakalpojuma priekšrocības
●Augsta jutība:Neliels sākuma šūnu daudzums ir pietiekams bibliotēkas sagatavošanai un sekvencēšanai.
●Ļoti informatīva tehnika: vienlaikus atklāj atvērtā hromatīna un aktīvo regulējošo elementu, piemēram, transkripcijas faktoru saistīšanās vietu, genoma atrašanās vietas.
●Laba eksperimentālā reproducējamībaTehniskie atkārtojumi uzrāda izcilu atkārtojamību.
●Plaša pieredzeBMKGENE ir veiksmīgi pabeigusi simtiem ATAC sekvencēšanas projektu, un tai ir vairāk nekā desmit gadu pieredze, augsti kvalificēta analīzes komanda, visaptverošs saturs un lielisks pēcpārdošanas atbalsts.
●Iespēja pievienoties transkriptomikas analīzei: ļaujot veikt integrētu ATAC seq analīzi ar citiem omikas datiem, piemēram, RNS-seq.
● Visaptveroša bioinformātiskā analīze: ļaujot ne tikai identificēt hromatīna atvērtos reģionus un to atbilstošo funkcionalitāti (promotorus, UT, eksonus, intronus), bet arī analizēt atšķirības starp hromatīna atvērtajiem reģioniem starp paraugiem.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 miljoni lasījumu Atkarībā no genoma lieluma (cilvēks: 50 miljoni lasījumu) | Q30≥85% |
Parauga prasības
Paraugu veids: audi, dzīvas vai saldētas šūnas, asinis
● Šūnu skaits: ≥ 106šūnas
● Audu svars: ≥ 200 mg svaigu audu
● Asinis: ≥ 4 ml
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole;
● Pīķa noteikšana, pamatojoties uz kartēšanu ar atsauces genomu;
● Gēnu anotācija pīķa atrašanās vietā;
● Motīvu analīze: transkripcijas faktoru saistīšanās vietu (TFBS) identificēšana;
● Diferenciālā maksimuma analīze un anotācija.
1. ATAC siltuma karte nolasa sadalījumu TSS un blakus esošajos reģionos (±3 kb)
2. Atvērtā hromatīna reģiona sadalījums dažādos genoma komponentos
3. Diferenciālā maksimālā izsaukšana starp grupām
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene ATAC sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Fu, A.u.c.(2023) “Rūgtās melones (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomēru-telomēru genoma salikšana atklāj augļa attīstības, sastāva un nogatavošanās ģenētiskās īpašības”,Dārzkopības pētījumi, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gongs, B.u.c.(2023) “Sekretorās kināzes FAM20C epigēniskā un transkripcijas aktivācija kā onkogēns gliomā”,Ģenētikas un genomikas žurnāls, 50(6), 422.–433. lpp. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Viņš, Y.u.c.(2023) “Butiāts novērš ferroptozes rezistenci kolorektālā vēža gadījumā, inducējot no c-Fos atkarīgu xCT nomākumu”,Redoksa bioloģija, 65, 102822. lpp. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
