De novo baktēriju genoma asambleja
Mēs piedāvājam pilnīgu baktēriju genoma montāžas pakalpojumu, garantējot 0 nepilnības. Tas ir iespējams, integrējot garās lasīšanas sekvencēšanas tehnoloģijas, piemēram, Nanopore un PacBio montāžai, un īsās lasīšanas sekvencēšanu ar Illumina montāžas validācijai un ONT lasījumu kļūdu labošanai. Mūsu pakalpojums nodrošina pilnīgu bioinformātikas darbplūsmu, sākot no montāžas, funkcionālās anotācijas un progresīvas bioinformātiskās analīzes, sasniedzot konkrētus pētniecības mērķus. Šis pakalpojums ļauj izstrādāt precīzus references genomus dažādiem ģenētiskiem un genomiskiem pētījumiem. Turklāt tas veido pamatu tādām lietojumprogrammām kā celmu optimizācija, ģenētiskā inženierija un mikrobu tehnoloģiju izstrāde, nodrošinot uzticamus un nepilnību nesaturošus genoma datus, kas ir būtiski zinātnisko ieskatu un biotehnoloģisko inovāciju attīstībai.
Pakalpojuma funkcijas
● Ar divām iespējamām izvēles iespējām atkarībā no vēlamās genoma pilnīguma pakāpes.
● Melnraksta genoma opcija: īsās nolasīšanas sekvencēšana ar Illumina NovaSeq PE150.
● Pilnīgs 0 spraugu genoms.
● Ilgnolasīšanas sekvencēšana, izmantojot Nanopore PromethION 48 vai PacBio Revio genoma montāžai.
● Īsās nolasīšanas sekvencēšana Illumina NovaSeq programmā genoma validācijai un kļūdu labošanai (Nanopore) vai genoma melnraksta ģenerēšanai.
Pakalpojuma priekšrocības
●Garantēts nulles spraugas genomsTas ir saistīts ar Illumina sekvencēšanas integrāciju ar garās lasīšanas sekvencēšanu (Nanopore vai PacBio).
●Pilnīga bioinformātikas darbplūsma:Tas ietver genoma montāžu un vairāku genoma elementu prognozēšanu, funkcionālu gēnu anotāciju un genoma vizualizācijas, piemēram, Circos diagrammu.
●Plaša pieredzeBMKGENE ir apkopojis vairāk nekā 20 000 mikrobu genomu, un tam ir vairāk nekā desmit gadu pieredze, augsti kvalificēta analīzes komanda, visaptverošs saturs un lielisks pēcpārdošanas atbalsts.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
●Pieejamas vairākas secības noteikšanas stratēģijas:Dažādiem pētniecības mērķiem un genoma pilnīguma prasībām.
Pakalpojuma specifikācijas
| Pakalpojums | Sekvencēšanas stratēģija |
| Melnraksta genoms | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (pēc izvēles) |
Parauga prasības:
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopora | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Baktērijas: ≥3,5x1010 šūnas
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
● Genoma montāža
● Genoma komponentu analīze: CDS un vairāku genoma elementu prognozēšana
● Funkcionāla anotācija ar vairākām vispārīgām datubāzēm (GO, KEGG u. c.) un uzlabotām datubāzēm (CARD, CAZy u. c.)
● Genoma vizualizācija
Mēs nodrošinām genomu viegli pieejamā fasta formātā un genoma anotācijas failā (gff).
Gēnu anotācija – GO
Gēnu anotācija – CAZY ogļhidrāti
Genoma vizualizācija – Circos diagramma
Iepazīstieties ar BMKGene baktēriju genoma montāžas pakalpojumu veicinātajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Dai, W. et al. (2023) “Bacteroides uniformis F18-22 atklāšana kā droša un jauna probiotiska baktērija čūlainā kolīta ārstēšanai no veselīga cilvēka resnās zarnas”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 24(19), 14669. lpp. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) “Pret vairākām zālēm rezistenti Proteus mirabilis izolāti, kas no savvaļas dzīvniekiem Ķīnā pārnēsā blaOXA-1 un blaNDM-1: pieaugošs sabiedrības veselības risks”,Integratīvā zooloģija, 16(6), 798.–809. lpp. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Vangs, TT et al. (2017) “Endofīta Bacillus flexus KLBMP 4941 pilnīga genoma secība atklāj tā augu augšanas veicināšanas mehānismu un ģenētisko pamatu sāls tolerancei”,Biotehnoloģijas žurnāls, 260, 38.–41.lpp. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) “Klebsiella vairāku replikonu rezistences plazmīdas veicina plašu pretmikrobu gēnu izplatīšanos”,Mikrobioloģijas robežas, 12, lpp. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
