Apvienota segregantu analīze
Pakalpojuma priekšrocības
Takagi et al., Augu žurnāls, 2013
● Precīza lokalizācija: 30+30 līdz 200+200 indivīdu grupu sajaukšana, lai samazinātu fona troksni; uz nesinonīmiem mutantiem balstīta kandidātu reģionu prognozēšana.
● Visaptveroša analīze: padziļināta kandidātu gēnu funkciju anotācija, tostarp NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG utt.
● Ātrāks apstrādes laiks: ātra gēnu lokalizācija 45 darba dienu laikā.
● Plaša pieredze: BMK ir devusi ieguldījumu tūkstošiem pazīmju lokalizācijā, aptverot dažādas sugas, piemēram, kultūraugus, ūdens produktus, mežu, ziedus, augļus utt.
Pakalpojuma specifikācijas
Iedzīvotāju skaits:
Vecāku pēcnācēju segregācija ar pretējiem fenotipiem.
piemēram, F2 pēcnācēji, atpakaļkrustošanās (BC), rekombinantā inbredlīnija (RIL)
Sajaukšanas baseins
Kvalitatīvām pazīmēm: 30 līdz 50 īpatņi (vismaz 20)/vairumā
Kvantitatīvai tratisai: no 5% līdz 10% indivīdu ar jebkuru no ekstremālajiem fenotipiem visā populācijā (vismaz 30+30).
Ieteicamais sekvencēšanas dziļums
Vismaz 20 reizes/vecāks un 1 reize/pēcnācējs (piemēram, pēcnācēju sajaukšanas grupai ar 30 + 30 īpatņiem sekvencēšanas dziļums būs 30 reizes uz vienu grupu).
Bioinformātikas analīzes
● Pilna genoma atkārtota sekvencēšana
● Datu apstrāde
● SNP/Indel izsaukšana
● Kandidātu reģionu pārbaude
● Kandidātu gēnu funkciju anotācija
Parauga prasības un piegāde
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| gDNS paraugs | Audu paraugs |
| Koncentrācija: ≥30 ng/μl | Augi: 1–2 g |
| Daudzums: ≥2 μg (tilpums ≥15 μl) | Dzīvnieki: 0,5–1 g |
| Tīrība: OD260/280 = 1,6–2,5 | Pilnas asinis: 1,5 ml |
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1. Asociāciju analīze, kuras pamatā ir Eiklīda attālums (ED), lai identificētu kandidātu reģionu. Šajā attēlā
X ass: hromosomu skaits; katrs punkts apzīmē SNP ED vērtību. Melnā līnija atbilst pielāgotajai ED vērtībai. Augstāka ED vērtība norāda uz nozīmīgāku saistību starp vietu un fenotipu. Sarkanā pārtrauktā līnija apzīmē nozīmīgas saistības slieksni.
2. Asociāciju analīze, kuras pamatā nav SNP indeksa
X ass: hromosomu skaits; katrs punkts apzīmē SNP indeksa vērtību. Melnā līnija apzīmē pielāgoto SNP indeksa vērtību. Jo lielāka vērtība, jo nozīmīgāka ir saistība.
BMK lieta
Galvenās ietekmes kvantitatīvās pazīmes lokuss Fnl7.1 kodē vēlu embriogenēzes bagātīgu proteīnu, kas saistīts ar augļa kakla garumu gurķī |
Publicēts: Augu biotehnoloģijas žurnāls, 2020. gads
Sekvencēšanas stratēģija:
Vecāki (Jin5-508, YN): Visa genoma atkārtota sekvencēšana 34× un 20×.
DNS kopas (50 garkakla un 50 īskakla): atkārtota sekvencēšana 61× un 52×
Galvenie rezultāti
Šajā pētījumā segregējošā populācija (F2 un F2:3) tika ģenerēta, krustojot garkakla gurķu līniju Jin5-508 un īskakla YN. Divi DNS kopumi tika izveidoti, izmantojot 50 ārkārtīgi garkakla īpatņus un 50 ārkārtīgi īskakla īpatņus. Galvenā efekta QTL tika identificēts Chr07, izmantojot BSA analīzi un tradicionālo QTL kartēšanu. Kandidātu reģions tika vēl vairāk sašaurināts, izmantojot precīzu kartēšanu, gēnu ekspresijas kvantifikāciju un transgēnus eksperimentus, kas atklāja galveno gēnu, kas kontrolē kakla garumu, CsFnl7.1. Turklāt tika konstatēts, ka CsFnl7.1 promotera reģiona polimorfisms ir saistīts ar atbilstošu ekspresiju. Turpmākā filoģenētiskā analīze liecināja, ka Fnl7.1 lokuss, visticamāk, ir cēlies no Indijas.
 QTL kartēšana BSA analīzē, lai identificētu kandidātreģionu, kas saistīts ar gurķa kakla garumu |  Chr07 identificēto gurķu kakla garuma QTL LOD profili |
Sju, X. u. c. “Galvenās ietekmes kvantitatīvās pazīmes lokuss Fnl7.1 kodē vēlīnā embrioģenēzes bagātīgu proteīnu, kas saistīts ar augļa kakliņa garumu gurķī.” Augu biotehnoloģijas žurnāls 18,7 (2020).
