page_head_bg

Produkti

Lielapjoma segreganta analīze

Lielapjoma segreganta analīze (BSA) ir metode, ko izmanto, lai ātri identificētu ar fenotipu saistītos ģenētiskos marķierus.Galvenā BSA darbplūsma ietver divu indivīdu grupu atlasi ar ārkārtīgi pretējiem fenotipiem, visu indivīdu DNS apvienošanu, lai izveidotu divas DNS daļas, identificējot atšķirīgas sekvences starp diviem baseiniem.Šī metode ir plaši izmantota, lai identificētu ģenētiskos marķierus, kas cieši saistīti ar mērķa gēniem augu/dzīvnieku genomos.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

Bulked Segregant analysis

Takagi et al.,Augu žurnāls, 2013. gads

ØPrecīza lokalizācija: masu sajaukšana ar 30+30 līdz 200+200 indivīdiem, lai samazinātu fona troksni;uz nesinonīmiem mutantiem balstīta kandidātreģiona prognozēšana.

ØVisaptveroša analīze: padziļināta kandidāta gēnu funkciju anotācija, tostarp NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG utt.

ØĀtrāks apgrozības laiks: ātra gēnu lokalizācija 45 darba dienu laikā.

ØLiela pieredze: BMK ir veicinājis tūkstošiem pazīmju lokalizāciju, aptverot dažādas sugas, piemēram, kultūras, ūdens produktus, mežu, ziedus, augļus utt.

Pakalpojuma specifikācijas

Populācija:
Vecāku pēcnācēju segregācija ar pretējiem fenotipiem.
piem., F2 pēcnācēji, atgriezeniskā krustošanās (BC), rekombinantā inbred līnija (RIL)

Sajaukšanas baseins
Kvalitatīvajām pazīmēm: 30 līdz 50 indivīdi (vismaz 20) vienā vairumā
Kvantitatīviem raksturlielumiem: no 5% līdz 10% indivīdu ar kādu no ekstremāliem fenotipiem visā populācijā (vismaz 30+30).

Ieteicamais secības dziļums
Vismaz 20 X/vecāks un 1 X/pēcnācējs (piem., pēcnācēju sajaukšanas pulkam, kurā ir 30+30 īpatņi, secības noteikšanas dziļums būs 30 X uz vienu vairumu)

Bioinformātikas analīzes

üVisa genoma atkārtota sekvencēšana

üDatu apstrāde

üSNP/Indel zvans

üKandidātu reģiona skrīnings

üKandidāta gēnu funkcijas anotācija

Bulked Segregant analysis

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

gDNS paraugs

Audu paraugs

Koncentrācija: ≥30 ng/μl

Augi: 1-2 g

Daudzums: ≥2 μg (Tilpums ≥15 μl)

Dzīvnieki: 0,5-1 g

Tīrība: OD260/280= 1,6-2,5

pilnas asinis: 1,5 ml

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1. Asociāciju analīzes bāze uz Eiklīda attāluma (ED), lai identificētu kandidātreģionu.Nākamajā attēlā

    X ass: hromosomu skaits;Katrs punkts apzīmē SNP ED vērtību.Melnā līnija atbilst uzstādītajai ED vērtībai.Augstāka ED vērtība norāda uz nozīmīgāku saistību starp vietu un fenotipu.Sarkanā svītra ir nozīmīgas asociācijas slieksnis.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

     

    2. Asociāciju analīze, pamatojoties uz bez SNP indeksa

    X ass: hromosomu skaits;Katrs punkts apzīmē SNP indeksa vērtību.Melnā līnija apzīmē uzstādīto SNP indeksa vērtību.Jo lielāka vērtība, jo nozīmīgāka ir asociācija.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

     

    BMK lieta

    Galvenās ietekmes kvantitatīvās pazīmes lokuss Fnl7.1 kodē vēlīnā embrioģenēzes bagātīgo proteīnu, kas saistīts ar gurķa augļa kakla garumu

    Publicēts: Augu biotehnoloģijas žurnāls, 2020. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Vecāki (Jin5-508, YN): visa genoma atkārtota sekvencēšana 34 × un 20 ×.

    DNS kopas (50 ar garu kaklu un 50 ar īsu kaklu): atkārtota sekvencēšana 61 × un 52 ×

    Galvenie rezultāti

    Šajā pētījumā segregējošā populācija (F2 un F2:3) tika izveidota, šķērsojot gara kakla gurķu līniju Jin5-508 un īsa kakla YN.Divus DNS kopumus izveidoja 50 indivīdi ar ārkārtīgi garu kaklu un 50 īpaši īsa kakla indivīdi.Galvenā ietekme QTL tika identificēta Chr07, izmantojot BSA analīzi un tradicionālo QTL kartēšanu.Kandidātreģions tika vēl vairāk sašaurināts, veicot precīzu kartēšanu, gēnu ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu un transgēnu eksperimentus, kas atklāja galveno gēnu, kas kontrolē kakla garumu, CsFnl7.1.Turklāt tika konstatēts, ka polimorfisms CsFnl7.1 promotora reģionā ir saistīts ar atbilstošu ekspresiju.Turpmākā filoģenētiskā analīze liecināja, ka Fnl7.1 lokuss, ļoti iespējams, ir cēlies no Indijas.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    QTL kartēšana BSA analīzē, lai identificētu kandidātreģionu, kas saistīts ar gurķa kakla garumu

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Gurķu kakla garuma QTL LOD profili, kas identificēti Chr07

    Atsauce

    Xu, X. u.c."Galvenais kvantitatīvās iezīmju lokuss Fnl7.1 kodē vēlīnā embrioģenēzes bagātīgo proteīnu, kas saistīts ar gurķa augļa kakla garumu."Augu biotehnoloģijas žurnāls 18.7 (2020).

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: