CircRNA sekvencēšana - Illumina
Funkcijas
● rRNS samazināšana, kam seko virzīta bibliotēkas sagatavošana, nodrošinot virknei specifisku sekvencēšanas datu iegūšanu.
● Bioinformātikas darbplūsma nodrošina cirkRNS prognozēšanu un ekspresijas kvantitatīvu noteikšanu.
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 20 000 paraugu, aptverot dažādus paraugu veidus, un katrā projektā mēs izmantojam savu pieredzi.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu sagatavošanas līdz bibliotēkas sagatavošanai, sekvencēšanai un bioinformātikai. Mūsu rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptverošākas RNS bibliotēkas:Mūsu pirmsbibliotēkas sagatavošanā mēs izmantojam rRNS noplicināšanu lineāras RNS noplicināšanas vietā, nodrošinot, ka sekvencēšanas dati ietver ne tikai cirRNS, bet arī mRNS un lncRNS, ļaujot veikt šo datu kopu kopīgu analīzi.
●Konkurētspējīgu endogēno RNS (ceRNA) tīklu izvēles analīze: Sniedzot dziļāku ieskatu šūnu regulēšanas mehānismos.
● Pēcpārdošanas atbalstsMēs saprotam, cik svarīgi ir būt klātesošam, tāpēc mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| rRNS noplicinātā virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 16–20 Gb | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 450 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 600 mg
Kauli, mati vai āda: 1,5 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 9 g
Vēžveidīgie: 450 mg
● Pilnas asinis:2 tūbiņas
● Šūnas: 106 šūnas
● Serums un plazma6 ml
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
- Datu kvalitātes kontrole
- Genoma saskaņošana
- CircRNA identifikācija
- CircRNS ekspresija
- Diferenciālās izteiksmes analīze
cirkRNS prognozēšana: hromosomu sadalījums
Diferenciāli ekspresētas cirkRNS – vulkāna diagramma
Diferenciāli ekspresētas cirkRNS – hierarhiska klasterizācija
CirkRNS saimniekgēnu funkcionālā bagātināšana
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene cirkRNS sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Wang, X. et al. (2021) “CPSF4 regulē cirkRNS veidošanos un mikroRNS mediētu gēnu apklusināšanu hepatocelulārā karcinomā”,Onkogēns2021 40:25, 40(25), 4338.–4351. lpp. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) “X oo-reaģējošā transkriptoma atklāj cirkulārās RNS133 lomu slimību rezistencē, regulējot OsARAB ekspresiju rīsos”,Fitopatoloģijas pētījumi, 5(1), 1.–14. lpp. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ATTĒLI/6.
Y, H. et al. (2023) “CPSF3 modulē cirkulāro un lineāro transkriptu līdzsvaru hepatocelulārā karcinomā”. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) “Visaptverošs cirRNS novērtējums cirotiskās kardiomiopātijas gadījumā pirms un pēc aknu transplantācijas”,Starptautiskā imunofarmakoloģija, 114. lpp. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
