page_head_bg

Produkti

cirRNS sekvencēšana-Illumina

Visa transkripta sekvencēšana ir paredzēta, lai profilētu visu veidu RNS molekulas, tostarp kodējošās (mRNS) un nekodējošās RNS (tostarp lncRNS, cirRNS un miRNS), kuras noteiktā laikā transkribē noteiktas šūnas.Visa transkripta sekvencēšana, kas pazīstama arī kā “kopējā RNS sekvencēšana”, ir paredzēta, lai atklātu visaptverošus regulējošos tīklus transkripta līmenī.Izmantojot NGS tehnoloģiju, ir pieejamas visu transkripta produktu sekvences ceRNS analīzei un kopīgai RNS analīzei, kas ir pirmais solis uz funkcionālo raksturojumu.CirRNS-miRNS-mRNS bāzes ceRNS regulējošā tīkla atklāšana.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØCircRNA ir ļoti korelēta ar mRNS ekspresijas regulēšanu

ØPiedalījies cirRNS – miRNS – mRNS regulēšanas sistēmā

ØIdentifikācija un statistika par zināmo cirRNS un jaunu cirRNS prognozēšanu

ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: platformā pieejama pielāgota datu ieguve.

ØPēcpārdošanas pakalpojumi spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Tīrība Integritāte Piesārņojums Summa
OD260/280≥1,7-2,5;OD260/230≥0,5-2,5; Augiem: RIN≥6.5;Dzīvniekiem: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. Konc.≥100ng/μl;Tilpums ≥ 10 μl;Kopā ≥2μg

Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.

Asins paraugi:
PA×gēnsBloodRNATube;
6 mltrizola un 2 ml asiņu (TRIzol:Asinis=3:1)

Ieteicamā paraugu piegāde
Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:
Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • Bioinformātika

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.CircRNA saimnieki

    Ir ziņots, ka lielākā daļa cirRNS ir cēlušās no eksoniem, nevis no introniem vai starpgēniem reģioniem.Turklāt cirRNS sadalījums starp hromosomām ievērojami atšķiras.Tāpēc ir ļoti vērtīgi novērtēt atšķirīgu cirRNS saimnieku sadalījumu starp dažādiem paraugiem, ieskaitot tā sadalījumu dažādos gēnu reģionos un dažādās hromosomās.

     

    Distribution-of-circRNA-host

     

    CirRNS saimnieka izplatība

    2. DE-cirRNS klasterizācijas analīze
    Hierarchical-clustering-of-differentially-expressed-circRNAs

    Diferenciāli izteiktu cirRNS hierarhiska klasterizācija

    3.GO Anotācija par DE-circRNA saimniekgēniem

    C01_vs_C02

    DE-cirRNS saimniekgēnu GO klasifikācija

    BMK lieta

    CPSF4 regulē cirRNS veidošanos un mikroRNS mediētu gēnu klusēšanu hepatocelulārā karcinomas gadījumā

    Publicēts: Onkogēns,2021

    Galvenie rezultāti

    1. CPSF4 ekspresija ir pārregulēta HCC un ka augsta CPSF4 ekspresija ir saistīta ar sliktu prognozi HCC pacientiem
    2. CPSF4 samazina cirRNS līmeni, kam piemīt poliadenilācijas signālu secība, un šis cirRNS samazinājums samazina miRNS uzkrāšanos un traucē miRNS mediēto gēnu klusēšanu HCC.
    3. Eksperimenti ar šūnu kultūru un ksenotransplantāta peļu modeļiem parādīja, ka CPSF4 veicina HCC šūnu proliferāciju un uzlabo audzēju ģenēzi.Turklāt CPSF4 antagonizē tā pakārtotās cirRNS audzēja nomācošo efektu HCC

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    miRNS līmenis un olbaltumvielu līmenis

    Atsauce

    Wang X, Dong J, Li X u.c.CPSF4 regulē cirRNS veidošanos un mikroRNS mediētu gēnu klusēšanu hepatocelulārā karcinomas gadījumā [J].Onkogēns.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: