Salīdzinošā genomika
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša ekspertīze un publikāciju uzskaiteAr uzkrāto pieredzi BMKGene ir pabeidzis vairāk nekā 90 salīdzinošās genomikas projektus, kuru kopējais ietekmes faktors ir sasniedzis 900.
●Visaptveroša bioinformātikas analīzeAnalīžu paketē ir iekļautas astoņas visbiežāk nepieciešamās analīzes, kas sniedz labi izstrādātus un publicēšanai gatavus datus un ļauj viegli interpretēt rezultātus.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īss analīzes ciklsAr lielu pieredzi salīdzinošajā genomikas analīzē BMKGene komanda īsā laikā izpilda dažādas personalizētas analīzes prasības.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Pakalpojuma specifikācijas
| Paredzamais apgrozījuma laiks | Sugu skaits | Analīzes |
| 30 darba dienas | 6–12 | Gēnu saimes klasterizācija Gēnu saimes paplašināšanās un saraušanās Filogēniskā koka konstrukcija Novirzes laika novērtējums (nepieciešama fosiliju kalibrēšana) LTR ievietošanas laiks (augiem) Pilna genoma dublēšanās (augiem) Selektīvais spiediens Sintēnijas analīze |
Bioinformātikas analīzes
● Gēnu ģimene
● Filoģenētika
● Novirzes laiks
● Selektīvs spiediens
● Sintēnijas analīze
Parauga prasības un piegāde
Parauga prasības:
Audi vai DNS genoma sekvencēšanai un montāžai
Audiem
| Sugas | Audu | Aptauja | PacBio CCS |
| Dzīvnieks | Viscerālie audi | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskuļu audi | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Zīdītāju asinis | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Mājputnu/zivju asinis | |||
| Augs | Svaiga lapa | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Ziedlapa/Stublājs | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Sakne/sēkla | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Šūnas | Kultivēta šūna | - | ≥ 1 x 108 |
Dati
Cieši radniecīgu sugu genoma secības faili (.fasta) un anotāciju faili (.gff3)
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
*Šeit redzamie demonstrācijas rezultāti ir iegūti no genomiem, kas publicēti, izmantojot Biomarker Technologies.
1. LTR ievietošanas laika novērtējums: attēlā parādīts unikāls bimodāls LTR-RT ievietošanas laiku sadalījums Weining rye genomā, salīdzinot ar citām sugām. Jaunākais maksimums parādījās aptuveni pirms 0,5 miljoniem gadu.
Li Guang et al.,Dabas ģenētika, 2021. gads
2. Filoģenēzes un gēnu dzimtas analīze haijotēm (Sechium edule): Analizējot haijotes un pārējās 13 radniecīgās sugas gēnu dzimtā, tika konstatēts, ka haijotes ir visciešāk saistītas ar čūskķirbju (Trichosanthes anguina). Haijotes cēlušās no čūskķirbja aptuveni pirms 27–45 miljoniem gadu, un pilnīga genoma dublēšanās (WGD) haijotēm tika novērota 25±4 miljonu gadu vecumā, kas ir trešais WGD gadījums gurķu dzimtas dzimtā.
Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
3. Sintēnijas analīze: Daži ar fitohormoniem saistīti gēni augļu attīstībā tika atrasti čaijotos, čūskķirbjos un ķirbjos. Korelācija starp čaijotiem un ķirbjiem ir nedaudz augstāka nekā starp čaijotiem un čūskķirbjiem.
Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
4. Gēnu dzimtas analīze: KEGG bagātināšana gēnu dzimtas paplašināšanās un kontrakcijas ietekmē G.thurberi un G.davidsonii genomos parādīja, ka tika paplašināti steroīdu biosintēzes un brassinosteroīdu biosintēzes gēni.
Yang Z et al.,BMC bioloģija, 2021. gads
5. Pilna genoma dublēšanās analīze: 4DTV un Ks sadalījuma analīze parādīja pilna genoma dublēšanās notikumu. Sugas ietvaros novērotie maksimumi parādīja dublēšanās notikumus. Starpsugu sadalījuma maksimumi parādīja sugu veidošanās notikumus. Analīze norādīja, ka, salīdzinot ar pārējām trim cieši radniecīgajām sugām, O. europaea nesen ir piedzīvojusi liela mēroga gēnu dublēšanos.
Rao G et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
BMK lieta
Roze bez dzeloņas: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos
Publicēts: Nacionālais zinātnes apskats, 2021. gads
Sekvencēšanas stratēģija:
Basye'sBez ērkšķiem' (R.Vičurainans) genoms:
Aptuveni 93 reizes PacBio + aptuveni 90 reizes Nanopore + 267 reizes Illumina
Galvenie rezultāti
1. Izmantojot garās lasīšanas sekvencēšanas metodes, tika konstruēts augstas kvalitātes R.wichuraiana genoms, kas deva 530,07 Mb lielu salikumu (aptuvenais genoma lielums, izmantojot plūsmas citometriju, bija aptuveni 525,9 Mb un, izmantojot genoma apsekojumu, — 525,5 Mb; heterozigotiskums bija aptuveni 1,03%). BUSCO novērtētais rādītājs bija 93,9%. Salīdzinot ar “Old blush” (haploOB), šī genoma kvalitāti un pilnīgumu apstiprināja vienas bāzes precizitāte un LTR salikuma indekss (LAI = 20,03). R.wichuraiana genoms satur 32 674 proteīnus kodējošus gēnus.
2. Daudz-omikas kopīgā analīze, kas sastāvēja no salīdzinošās genomikas, transkriptikas un ģenētiskās populācijas QTL analīzes, atklāja būtisku sugu veidošanos starp R. wichuraiana un Rosa chinensis. Tāpat radniecīgo gēnu ekspresijas variācijas QTL, visticamāk, bija saistītas ar stumbra dzeloņaino rakstu.
Salīdzinošā genomikas analīze starp Basye's Thornless un Rosa chinensis, ieskaitot sintēnijas analīzi, gēnu dzimtas klasteru, paplašināšanās un kontrakcijas analīzi, atklāja lielu skaitu variāciju, kas saistītas ar svarīgākajām rožu īpašībām. Unikālā NAC un FAR1/FRS gēnu saimes paplašināšanās, ļoti iespējams, bija saistīta ar izturību pret melnplankumainību.
Salīdzinošā genomikas analīze starp BT un haploOB genomiem.
Zhong, M. u.c. “Roze bez dzeloņainības: genomikas atziņas, kas saistītas ar mitruma adaptāciju”Nacionālais zinātnes apskats, 2021;, nwab092.
