Produkti

Salīdzinošā genomika

Salīdzinošās genomikas piedāvātais attēls

Salīdzinošā genomika burtiski nozīmē dažādu sugu visu genomu secību un struktūru salīdzināšanu.Šīs disciplīnas mērķis ir atklāt sugu evolūciju, gēnu funkcijas, gēnu regulēšanas mehānismu genoma līmenī, identificējot secību struktūras un elementus, kas saglabājās vai diferencējās dažādās sugās.Tipisks salīdzinošais genomikas pētījums ietver analīzi gēnu ģimenē, evolūcijas attīstību, visa genoma dublēšanos, selektīvo spiedienu utt.

Sazinies ar mums

Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

● Visaptveroša analīzes pakotne, kurā ir astoņas visbiežāk nepieciešamās analīzes

● Augsta uzticamība analīzē ar detalizētu un viegli saprotamu rezultātu interpretāciju

● Labi izstrādāti publicēšanai gatavi skaitļi

● Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda izpilda dažādas personalizētas analīzes prasības

● Īsāks izpildes laiks ar lielāku analīzes precizitāti

● Bagātīga pieredze ar vairāk nekā 90 veiksmīgiem gadījumiem ar uzkrāto publicēto ietekmes faktoru, kas pārsniedz 900

Pakalpojuma specifikācijas

Paredzamais apgrozības laiks

Sugu skaits

Analīzes

30 darba dienas

6-12

Gēnu ģimenes klasterizācija

Gēnu ģimenes paplašināšanās un saraušanās

Filoģenētiskā koku konstrukcija

Diverģences laika novērtējums (nepieciešama fosilā kalibrēšana)

LTR ievietošanas laiks (augiem)

Visa genoma dublēšanās (augiem)

Selektīvs spiediens

Sintēnijas analīze

Bioinformātikas analīzes

● Gēnu ģimene

● Filoģenētika

● Diverģences laiks

● Selektīvs spiediens

● Sintēnijas analīze

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Audi vai DNS genoma sekvencēšanai un montāžai

Par audumu

Sugas	Audu	Aptauja	PacBio CCS
Dzīvnieks	Viscerālie audi	0,5 ~ 1 g	≥ 3,5 g
	Muskuļu audi		≥ 3,5 g
			≥ 5,0 g
			≥ 5,0 ml
	Zīdītāju asinis		≥ 5,0 ml
	Zīdītāju asinis		≥ 0,5 ml
	Mājputnu/zivju asinis		≥ 0,5 ml
Augu	Svaiga Lapa	1-2 g	≥ 5,0 g
	Ziedlapa/Stumbrs	1-2 g	≥ 10,0 g
	Sakne/Sēkla	1-2 g	≥ 20,0 g
Šūnas	Kultivēta šūna	-	≥ 1 x 10⁸

Dati

Cieši saistītu sugu genoma secību faili (.fasta) un anotācijas faili (.gff3).

Pakalpojuma darba plūsma

Eksperimenta dizains

Paraugu piegāde

Bibliotēkas celtniecība

Secība

Datu analīze

Pēcpārdošanas pakalpojumi

Iepriekšējais: Evolūcijas ģenētika

Nākamais: Lielapjoma segreganta analīze

*Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies

1.LTR ievietošanas laika novērtējums: attēlā parādīts unikāls bimodālais sadalījums LTR-RT ievietošanas laikos Vainingas rudzu genomā, salīdzinot ar citām sugām.Jaunākā virsotne parādījās apmēram pirms 0,5 miljoniem gadu.

3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

Li Guangs un citi,Dabas ģenētika, 2021. gads

2. Chayote (Sechium edule) filoģenēzes un gēnu dzimtas analīze: Analizējot čajotu un pārējās 13 radniecīgās sugas gēnu saimē, tika konstatēts, ka Chayote ir visciešākā radniecība ar čūsku ķirbi (Trichosanthes anguina).Chayote, kas iegūta no čūskas ķirbja aptuveni 27–45 Mya un visa genoma dublēšanās (WGD) tika novērota chayote 25±4 Mya, kas ir trešais WGD notikums cucuibitaceae.

4 Filoģenētiskais čajotu koks

Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

3. Sintēnijas analīze. Daži gēni, kas saistīti ar fitohormoniem augļu attīstībā, tika atrasti čajotā, čūsku ķirbī un skvošā.Korelācija starp čajotu un skvošu ir nedaudz augstāka nekā starp čajotu un čūsku ķirbi.

4 Filoģenētiskais čajotu koks

Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

4. Gēnu saimes analīze: KEGG bagātināšana uz gēnu saimes paplašināšanos un kontrakciju G.thurberi un G.davidsonii genomos parādīja, ka ar steroīdu biosintēzi un brassinosteroīdu biosintēzi saistītie gēni tika paplašināti.

4 Filoģenētiskais čajotu koks

Yang Z et al.,BMC bioloģija, 2021. gads

5. Visa genoma dublēšanās analīze: 4DTV un Ks sadalījuma analīze parāda visa genoma dublēšanās notikumu.Intrasugu maksimumi parādīja dublēšanās notikumus.Starpsugu virsotnēs parādīti sugu veidošanās notikumi.Analīze norādīja, ka, salīdzinot ar pārējām trim cieši radniecīgām sugām, O. europaea nesen piedzīvoja liela mēroga gēnu dublēšanos.

4 Filoģenētiskais čajotu koks

Rao G et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

BMK lieta

Roze bez dzeloņstieņa: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos

Publicēts: Nacionālais zinātnes apskats, 2021. gads

Secības noteikšanas stratēģija:

'BasjēBez ērkšķiem' (R.Wichurainan) genoms:
Apm.93 X PacBio + apm.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Galvenie rezultāti

1. Augstas kvalitātes R.wichuraiana genoms tika izveidots, izmantojot ilgi lasītas sekvencēšanas metodes, kas nodrošina 530,07 Mb komplektāciju (aptuvenais genoma izmērs bija aptuveni 525,9 Mb pēc plūsmas citometrijas un 525,5 Mb pēc genoma aptaujas; Heterozigotitāte bija aptuveni 1,03%).BUSCO aprēķinātais rezultāts bija 93,9%.Salīdzinot ar “Old blush” (haploOB), šī genoma kvalitāti un pilnīgumu apstiprināja bāzes vienas bāzes precizitāte un LTR montāžas indekss (LAI = 20, 03).R.wichuraiana genoms satur 32 674 proteīnus kodējošos gēnus.

2. Multi-omics kopīgā analīze, kas sastāv no salīdzinošās genomikas, transkriptomikas, ģenētiskās populācijas QTL analīzes, atklāja būtisko R. wichuraiana un Rosa chinensis specifiku.Arī saistīto gēnu ekspresijas variācijas QTL, iespējams, bija saistītas ar stublāju durstīšanas modeli.

7KEGG bagātināšana uz gēnu ģimenes paplašināšanu un kontrakciju

Salīdzinošā genomikas analīze starp Basye;s Thornless un Rosa chinensis, ieskaitot sintēzes analīzi, gēnu ģimenes kopu, paplašināšanās un kontrakcijas analīzi, atklāja lielu skaitu variāciju, kas bija saistītas ar rožu būtiskām iezīmēm.Unikālā NAC un FAR1 / FRS gēnu saimes paplašināšanās, ļoti iespējams, bija saistīta ar rezistenci pret melno plankumu.

81 Salīdzinošās genomikas analīzes starp BT un OB 82 Salīdzinošās genomikas analīzes starp BT un OB 83 Salīdzinošās genomikas analīzes starp BT un OB