page_head_bg

Produkti

Salīdzinošā genomika

Salīdzinošā genomika burtiski nozīmē dažādu sugu visu genomu secību un struktūru salīdzināšanu.Šīs disciplīnas mērķis ir atklāt sugu evolūciju, gēnu funkciju, gēnu regulēšanas mehānismu genoma līmenī, identificējot secību struktūras un elementus, kas saglabājās vai diferencējās dažādās sugās.Tipisks salīdzinošais genomikas pētījums ietver analīzi gēnu ģimenē, evolūcijas attīstību, visa genoma dublēšanos, selektīvo spiedienu utt.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

1Comparative-genomics

ØVisaptveroša analīžu pakotne, kurā ir astoņas visbiežāk nepieciešamās analīzes

ØAugsta uzticamība analīzē ar detalizētu un viegli saprotamu rezultātu interpretāciju

ØLabi izstrādāti, publicēšanai gatavi skaitļi

ØAugsti kvalificēta bioinformātikas komanda izpilda dažādas personalizētas analīzes prasības

ØĪsāks izpildes laiks ar lielāku analīzes precizitāti;

ØBagātīga pieredze ar vairāk nekā 90 veiksmīgiem gadījumiem ar uzkrāto publicēto ietekmes koeficientu virs 900;

Pakalpojuma specifikācijas

Paredzamais apgrozības laiks

Sugu skaits

Analīzes

30 darba dienas

6-12

Gēnu ģimenes klasterizācija

Gēnu ģimenes paplašināšanās un saraušanās

Filoģenētiskā koku konstrukcija

Diverģences laika novērtējums (nepieciešama fosilā kalibrēšana)

LTR ievietošanas laiks (augiem)

Visa genoma dublēšanās (augiem)

Selektīvs spiediens

Sintēnijas analīze

Bioinformātikas analīzes

üGēnu ģimene

üFiloģenētika

üDiverģences laiks

üSelektīvs spiediens

üSintēnijas analīze

2comparative-genomics-workflow

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Audi vai DNS genoma sekvencēšanai un montāžai

Dzīvniekiem:
Muskuļi (saldēti): ≥ 2 g;
Pilnas asinis (nesaldētas): ≥ 2 ml (3 bibliotēkām)

Augiem:
1. Stādi (piemēram, jauni stādi, kas kultivēti no sēklām, audu kultūras stādi utt.): savāc visas lapas un jauno stublāju;
2. Nobriedis augs: savāc stublāja galu un pirmās 1 vai 2 jaunās lapas tuvu stumbra galam.
* Ieteicamais daudzums katram paraugam ≥ 4 g.(Teorētiskais izlietojums bibliotēkas veidošanai ir 1 g uz vienu bibliotēku).

DNS:

Platforma Summa Koncentrēšanās Tīrība
Nanopore ≥10 μg ≥ 150 ng/μL OD260/280=1,6-2,5 Caurspīdīgs caurspīdīgs šķīdums uz gēla: caurspīdīga josla ar ierobežotu noārdīšanos un piesārņojumu
PacBio (CCS) ≥15 μg ≥ 90 ng/μL

Dati

Cieši saistītu sugu genoma secību faili (.fasta) un anotācijas faili (.gff3).

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • *Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies

    1.LTR ievietošanas laika novērtējums: attēlā parādīts unikāls bimodālais sadalījums LTR-RT ievietošanas laikos Vainingas rudzu genomā, salīdzinot ar citām sugām.Jaunākā virsotne parādījās apmēram pirms 0,5 miljoniem gadu.

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Li Guangs un citi,Dabas ģenētika, 2021. gads

     

     

    2. Chayote (Sechium edule) filoģenēzes un gēnu dzimtas analīze: Analizējot čajotu un pārējās 13 radniecīgās sugas gēnu saimē, tika konstatēts, ka Chayote ir visciešākā radniecība ar čūsku ķirbi (Trichosanthes anguina).Chayote, kas iegūta no čūskas ķirbjiem aptuveni 27–45 mya, un visa genoma dublēšanās (WGD) tika novērota čajotā 25±4 mya, kas ir trešais WGD notikums cucuibitaceae.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

     

     

    3. Sintēnijas analīze: daži gēni, kas saistīti ar fitohormoniem augļu attīstībā, tika atrasti čajotā, čūsku ķirbī un skvošā.Korelācija starp čajotu un skvošu ir nedaudz augstāka nekā starp čajotu un čūsku ķirbi.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

     

     

    4. Gēnu saimes analīze: KEGG bagātināšana uz gēnu saimes paplašināšanos un kontrakciju G.thurberi un G.davidsonii genomos parādīja, ka ar steroīdu biosintēzi un brassinosteroīdu biosintēzi saistītie gēni tika paplašināti.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Yang Z et al.,BMC bioloģija, 2021. gads

     

     

    5. Visa genoma dublēšanās analīze: 4DTV un Ks sadalījuma analīze parāda visa genoma dublēšanās notikumu.Intrasugu virsotnēs tika parādīti dublēšanās notikumi.Starpsugu virsotnēs parādīti sugu veidošanās notikumi.Analīze liecināja, ka, salīdzinot ar pārējām trim cieši saistītām sugām, O. europaea nesen piedzīvoja liela mēroga gēnu dublēšanos.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Rao G et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

    BMK lieta

    Roze bez dzeloņa: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos

    Publicēts: Nacionālais zinātnes apskats, 2021. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    'BasjēBez ērkšķiem' (R.Wichurainan) genoms:
    Apm.93 X PacBio + apm.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Galvenie rezultāti

    1. Augstas kvalitātes R.wichuraiana genoms tika izveidots, izmantojot ilgi lasītas sekvencēšanas metodes, kas nodrošina 530,07 Mb komplektāciju (aptuvenais genoma izmērs bija aptuveni 525,9 Mb pēc plūsmas citometrijas un 525,5 Mb pēc genoma aptaujas; Heterozigotitāte bija aptuveni 1,03%).BUSCO aprēķinātais rezultāts bija 93,9%.Salīdzinot ar “Old blush” (haploOB), šī genoma kvalitāti un pilnīgumu apstiprināja bāzes vienas bāzes precizitāte un LTR montāžas indekss (LAI = 20, 03).R.wichuraiana genoms satur 32 674 proteīnus kodējošos gēnus.

    2. Multi-omics kopīgā analīze, kas sastāv no salīdzinošās genomikas, transkriptomikas, ģenētiskās populācijas QTL analīzes, atklāja būtisko R. wichuraiana un Rosa chinensis specifiku.Arī saistīto gēnu ekspresijas variācijas QTL, iespējams, bija saistītas ar stublāju durstīšanas modeli.

    7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

    Salīdzinošā genomikas analīze starp Basye;s Thornless un Rosa chinensis, ieskaitot sintēnijas analīzi, gēnu ģimenes kopu, paplašināšanās un kontrakcijas analīzi, atklāja lielu skaitu variāciju, kas bija saistītas ar rožu būtiskām iezīmēm.Unikālā NAC un FAR1 / FRS gēnu saimes paplašināšanās, visticamāk, bija saistīta ar rezistenci pret melno plankumu.

    81Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 82Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 83Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB

    Salīdzinošā genomikas analīze starp BT un haploOB genomiem.

    Atsauce

    Zhong, M. u.c."Roze bez dzeloņstieņa: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos"Nacionālais zinātnes apskats, 2021;, nwab092.

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: