Pilna garuma mRNS sekvencēšana -PacBio
Funkcijas
● kDNS sintēze no poli-A mRNS, kam seko bibliotēkas sagatavošana
● Sekvencēšana CCS režīmā, HiFi nolasījumu ģenerēšana
● Pilna garuma transkriptu sekvencēšana
● Analīzei nav nepieciešams atsauces genoms; tomēr to var izmantot
● Bioinformātiskā analīze ļauj analizēt transkriptus izoformas lncRNS, gēnu saplūšanu, poliadenilēšanu un gēnu struktūru.
Pakalpojuma priekšrocības
●Augsta precizitāteHiFi nolasa ar precizitāti >99,9% (Q30), salīdzināmu ar NGS
● Alternatīvu savienojumu analīzeVisu transkriptu sekvencēšana ļauj identificēt un raksturot izoformas
●Plaša pieredzeAr vairāk nekā 1100 PacBio pilna garuma transkriptomu projektu pabeigšanas un vairāk nekā 2300 paraugu apstrādes pieredzi mūsu komanda katrā projektā iesaistās ar bagātīgu pieredzi.
●Pēcpārdošanas atbalstsMūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| PolyA bagātināta mRNS CCS bibliotēka | PacBio turpinājums II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 300 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 450 mg
Kauli, mati vai āda: 1 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 6 g
Vēžveidīgie: 300 mg
● Pilnvērtīgas asinis1 caurule
● Šūnas: 106 šūnas
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥7,5; Dzīvniekiem: RIN≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
Ieteicamā parauga piegāde
Konteiners: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● Alternatīva poliadenilēšanas analīze (APA)
● Saplūšanas transkriptu analīze
● Alternatīvu savienojumu analīze
● Universālo vienas kopijas ortologu (BUSCO) salīdzinošā analīze
● Jaunu transkriptu analīze: kodējošo secību (CDS) prognozēšana un funkcionālā anotācija
● lncRNS analīze: lncRNS un mērķu prognozēšana
● Mikrosatelītu identifikācija (SSR)
BUSCO analīze
Alternatīvas savienošanas analīze
Alternatīva poliadenilācijas analīze (APA)
Jaunu transkriptu funkcionālā anotācija
Šajā piedāvātajā publikācijā iepazīstieties ar sasniegumiem, ko nodrošina BMKGene Nanopore pilna garuma mRNS sekvencēšanas pakalpojumi.
Ma, Y. et al. (2023) “PacBio un ONT RNS sekvencēšanas metožu salīdzinošā analīze Nemopilema Nomurai indes identificēšanai”, Genomics, 115(6), 110709. lpp. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) “Populus stumbra transkriptoma attīstības dinamika”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206.–219. lpp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) “Askorbīnskābes satura dinamiskas izmaiņas Actinidia latifolia (askorbātiem bagātas augļu kultūras) augļu attīstības un nogatavošanās laikā un saistītie molekulārie mehānismi”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), 5808. lpp. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) “Parīzes polifillu bioaktīvajos polifilīnos iesaistīto biosintēzes ceļa gēnu efektīva prognozēšana”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1.–10. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) “Tuta absoluta (Meyrick) transkriptoma un citohroma P450 gēnu apvienotā PacBio Iso-Seq un Illumina RNS-Seq analīze”, Insects, 14(4), 363. lpp. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vangs, Lidžuns u. c. (2019) “Transkriptoma sarežģītības pētījums, izmantojot PacBio vienas molekulas reāllaika analīzi apvienojumā ar Illumina RNS sekvencēšanu, lai labāk izprastu rīcinolskābes biosintēzi Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), 1.–17. lpp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
