page_head_bg

Produkti

De novoPilna garuma transkripta sekvencēšana - PacBio

De novopilna garuma transkripta sekvencēšana, kas pazīstama arī kāDe novoIso-Seq izmanto PacBio sekvencēra priekšrocības lasīšanas garumā, kas nodrošina pilna garuma cDNS molekulu sekvencēšanu bez pārtraukumiem.Tas pilnībā izvairās no kļūdām, kas rodas transkripta montāžas posmos, un konstruē vienotas kopas ar izoformas līmeņa izšķirtspēju.Šīs unigēnās kopas nodrošina spēcīgu ģenētisko informāciju kā “atsauces genomu” transkripta līmenī.Turklāt šis pakalpojums apvienojumā ar nākamās paaudzes sekvencēšanas datiem nodrošina precīzu izoformas līmeņa izteiksmes kvantitatīvo noteikšanu.

Platforma: PacBio Sequel II
Bibliotēka: SMRT zvanu bibliotēka

Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

2

ØTieša pilna garuma cDNS molekulas nolasīšana no 3'-gala līdz 5'-galam

ØIzoformas līmeņa izšķirtspēja secības struktūrā

ØAtšifrējumi ar augstu precizitāti un integritāti

ØĻoti saderīgs ar vaiours sugām

ØLiela sekvencēšanas jauda ar 4 aprīkotām PacBio Sequel II sekvencēšanas platformām

ØLiela pieredze ar vairāk nekā 700 RNS sekvencēšanas projektiem, kuru pamatā ir Pacbio

ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: platformā pieejama pielāgota datu ieguve.

ØPēcpārdošanas pakalpojumi spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas

Pakalpojuma specifikācijas

Platforma: PacBio Sequel II

Sekvencēšanas bibliotēka: ar poli A bagātināta mRNS bibliotēka

Ieteicamais datu apjoms: 20 Gb/paraugs (atkarībā no sugas)

FLNC(%): ≥75%

*FLNC: pilna garuma nehimēriskas transkripcijas

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu apstrāde
 
üAtšifrējuma identifikācija
 
üSecības struktūra
 
üIzteiksmes kvantifikācija
 
üFunkciju anotācija

3

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Summa Kopā ≥ 3 μg;Konc.≥ 300 ng/μl;Tilpums ≥ 10 μl
Integritāte Augiem: RIN ≥ 7,5;Dzīvniekiem: RIN ≥ 8;28S/18S ≥ 1,0;Ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma
Tīrība OD260/280 ≥ 1,8;OD260/230 ≥ 1,0;Skaidrs maksimums pie 260 nm
Piezīme Ļoti iespējams, ka proteīnu vai DNS piesārņojums ietekmēs mērījumus un paraugu kvalitātes kontroles līmeni.

Audi: svars (sauss):≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija:Šūnu skaits = 3 × 106- 1 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicama ātrās sasaldēšana šķidrā slāpeklī, kas ir ieteicama mikro ekstrakcijai.

Asins paraugi:Tilpums≥1 ml

Mikroorganisms:Masa ≥ 1 g

Ieteicamā paraugu piegāde

Konteiners:
2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicama alvas folija)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:

1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1.FLNC garuma sadalījums

    Pilna garuma nehimēriskās lasīšanas (FLNC) garums norāda cDNS garumu bibliotēkas konstrukcijā.FLNC garuma sadalījums ir būtisks rādītājs, novērtējot bibliotēkas būvniecības kvalitāti.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

    FLNC lasīšanas garuma sadalījums

    2. Pilnīgs ORF reģiona garuma sadalījums

    Mēs izmantojam TransDecoder, lai prognozētu proteīnu kodēšanas reģionus un atbilstošās aminoskābju sekvences, lai ģenerētu unigēnas kopas, kas visos paraugos satur pilnīgu nelieku transkripta informāciju.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

    Pilnīgs ORF reģiona garuma sadalījums

    3.KEGG ceļa bagātināšanas analīze

    Atšķirīgi izteiktus transkriptus (DET) var identificēt, saskaņojot NGS balstītus RNS sekvencēšanas datus pilna garuma transkriptu kopām, ko ģenerē PacBio sekvencēšanas dati.Šos DET var tālāk apstrādāt dažādām funkcionālām analīzēm, piemēram, KEGG ceļa bagātināšanas analīzei.

    mRNA-DEG-KEGG-pathway-enrichment

    DET KEGG ceļa bagātināšana - Punktu grafiks

    BMK lieta

    Populus stumbra transkripta attīstības dinamika

    Publicēts: Augu biotehnoloģijas žurnāls, 2019

    Secības noteikšanas stratēģija:
    Paraugu kolekcija:cilmes reģioni: virsotne, pirmais starpmezgls (IN1), otrais starpmezgls (IN2), trešais starpmezgls (IN3), starpmezgls (IN4) un starpmezgls (IN5) no Nanlin895
    NGS secība:15 indivīdu RNS tika apvienotas kā viens bioloģiskais paraugs.NGS secībai tika apstrādāti trīs katra punkta bioloģiskie atkārtojumi
    TGS secība:Stumbra reģioni tika sadalīti trīs reģionos, ti, virsotnē, IN1-IN3 un IN4-IN5.Katrs reģions tika apstrādāts PacBio sekvencēšanai ar četru veidu bibliotēkām: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb un 3-10 kb.

    Galvenie rezultāti

    1.Kopā tika identificēti 87150 pilna garuma transkripti, kuros identificēta 2081 jauna izoforma un 62058 jaunas alternatīvas savienotās izoformas.
    Tika identificēti 2,1187 lncRNS un 356 saplūšanas gēni.
    3. No primārās augšanas līdz sekundārajai augšanai tika identificēti 15838 atšķirīgi izteikti transkripti no 995 atšķirīgi ekspresētiem gēniem.Visos DEG 1216 bija transkripcijas faktori, no kuriem lielākā daļa vēl nav ziņots.
    4.GO bagātināšanas analīze atklāja šūnu dalīšanās un oksidācijas-reducēšanās procesa nozīmi primārajā un sekundārajā augšanā.

    • PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

      Alternatīvi splicēšanas notikumi un dažādas izoformas

    • PB-full-length-RNA-alternative-splicing

      WGCNA analīze par transkripcijas faktoriem

    Atsauce

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D u.c.Populus stumbra transkripta attīstības dinamika.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: