page_head_bg

Produkti

DNS/RNS sekvencēšana - PacBio Sequencer

PacBio sekvencēšanas platforma ir ilgi lasāma sekvencēšanas platforma, kas ir pazīstama arī kā viena no trešās paaudzes sekvencēšanas (TGS) tehnoloģijām.Galvenā tehnoloģija, vienas molekulas reāllaika (SMRT) tehnoloģija, nodrošina nolasījumu ģenerēšanu ar desmitiem kilobāzes garumu.Pamatojoties uz “Sekvencēšana pēc sintēzes”, viena nukleotīda izšķirtspēja tiek panākta ar nulles režīma viļņvadu (ZMW), kura apakšā (molekulu sintēzes vietā) ir apgaismots tikai ierobežots tilpums.Turklāt SMRT sekvencēšana lielā mērā novērš secībai specifisku novirzi NGS sistēmā, jo lielākā daļa PCR pastiprināšanas soļu nav nepieciešamas bibliotēkas veidošanas procesā.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Iespējas

Divi secības režīmi PacBio sekvencētājā: nepārtraukta ilgstoša lasīšana (CLR) un cirkulārā konsensa lasīšana (CCS)

Sekvences režīms Bibliotēkas lielums Teorētiskie datiIenesīgums (vienā šūnā) Viena bāzePrecizitāte Lietojumprogrammas
CLR 20Kb, 30Kb utt. 80 Gb līdz 130 Gb Apm.85% De novo, SV zvanīšana utt.
CCS 15-20 Kb 14 līdz 40 Gb/šūnā (CCS) Apm.99% De novo, SNP/Indel/SV zvanīšana, Iso-Seq,

Pakalpojuma priekšrocības

ØVairāk nekā 7 gadu pieredze PacBio sekvencēšanas platformā ar tūkstošiem slēgtu projektu ar dažādām sugām.

ØPilnībā aprīkots ar jaunākajām PacBio Sequencing platformām, Sequel II, lai garantētu pietiekamu sekvencēšanas caurlaidspēju

ØĀtrāks izpildes laiks, lielāks datu apjoms un precīzāki dati.

ØPiedalījies simtiem iedarbīgu PacBio publikāciju

Prasību paraugs


Parauga veids Summa Koncentrācija (Qubit®) Skaļums Tīrība Citi
Genomiskā DNS Atkarīgs no datu prasības ≥20 ng/μl ≥15 μl OD260/280=1,6-2,3;
OD260/230 = 1,5-2,5;
Skaidrs maksimums pie 260 nm,nav piesārņojumu
Koncentrācija ir jāmēra ar Qubit un Qubit/Nanopore = 0,8-2,0
Kopējā RNS ≥1,5 μg ≥40 ng/μl ≥15 μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;nav piesārņojumu
RIN vērtība ≥7,5

 

Pakalpojuma darbplūsma

logo_02

Parauga sagatavošana

logo_03

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_01

Projekta piegāde


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1. In-house datu ienesīgums

    Dati iegūti no 63 CCS šūnām (no 26 sugām)

    Data-Pacbio-CCS-15 Kb Vidēji Maks Min Mediāna
    Ienesīgums — apakšlasījumi (Gb) 421.12 544.27 221.38 426,58
    Atbrīvots — CCS (Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polimerāze N50 145 651 175 430 118 118 144 689
    Apakšlasīšanas N50 17 509 23 924 12 485 17 584
    CCS N50 14 490 19 034 9 876 14 747
    Vidējais garums-polimerāze 67 995 89 379 49 664 66 433
    Vidējais garums — apakšsadaļas 15 866 21 036 11 657 16 012
    Vidējais garums-CCS 14 489 19 074 8575 14 655

    Dati ģenerēti no 16 CLR šūnām (no 76 sugām)

    DATA-Pacbio-CLR-30Kb Vidēji Maks Min Mediāna
    Ienesīgums — apakšlasījumi (Gb) 142.20 291,40 50.55 142.49
    Polimerāze N50 39 456 121 191 15 389 35 231
    Apakšlasīšanas N50 28 490 41 012 14 430 29 063
    Vidējais garums-polimerāze 22 063 48 886 8747 21 555
    Vidējais garums — apakšsadaļas 17 720 27 225 8,293 17 779

    2.Datu QC — demonstrācijaStatistika par datu ienesīgumu

    Paraugs

    ccs Lasījumu skaits

    Kopējās ccs bāzes (bp)

    ccs nolasa N50 (bp)

    ccs vidējais garums (bp)

    cc Visgarākais nolasījums (bp)

    apakšlasījumu bāzes (bp)

    ccs likme (%)

    PB_BMKxxx

    3 444 159

    54 164 122 586

    15 728

    15 726

    36 110

    863 326 330 465

    6.27

     

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: