●Platformas:Illumina NovaSeq 6000 un NovaSeq X Plus
●Sekvencēšanas režīmi:PE150 un PE250
●Bibliotēku kvalitātes kontrole pirms sekvencēšanas
●Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole un piegāde:Kvalitātes kontroles ziņojuma un neapstrādātu datu piegāde fastq formātā pēc Q30 nolasījumu demultipleksēšanas un filtrēšanas
●Sekvencēšanas pakalpojumu daudzpusība:Klients var izvēlēties sekvencēšanu pēc joslas, plūsmas šūnas vai nepieciešamā datu apjoma (daļēja joslu sekvencēšana).
●Plaša pieredze darbā ar Illumina sekvencēšanas platformu:ar tūkstošiem slēgtu projektu ar dažādām sugām.
●Sekvencēšanas kvalitātes kontroles ziņojuma piegāde:ar kvalitātes rādītājiem, datu precizitāti un sekvencēšanas projekta kopējo sniegumu.
●Nobriedis sekvencēšanas process:ar īsu apgrozījuma laiku.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam stingras kvalitātes kontroles prasības, lai garantētu nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu piegādi.
| Platforma | Plūsmas šūna | Sekvencēšanas režīms | Vienība | Paredzamā izlaide |
| NovaSeq X | 10B (8 joslas) | PE150 | Viena josla Daļēja josla | 375 GB / josla |
| 25B (8 joslas) | PE150 | Viena josla Daļēja josla | 1000 Gb/josla | |
| NovaSeq 6000 | SP plūsmas šūna (2 joslas) | PE250 | Plūsmas šūna Viena josla Daļēja josla | 325–400 miljoni nolasījumu / josla |
| S4 plūsmas šūna (4 joslas) | PE150 | Plūsmas šūna Viena josla Daļēja josla | ~800 Gb / josla |
| Datu apjoms (X) | Koncentrācija (qPCR/nM) | Apjoms | |
| Daļēja joslu secība
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 GB < X ≤ 50 GB | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 GB < X ≤ 100 GB | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 GB | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Joslu secība | Uz joslu | ≥ 1,5 nM / bibliotēkas fonds | ≥ 25 μl / bibliotēkas kopums |
Papildus koncentrācijai un kopējam daudzumam ir nepieciešams arī piemērots pīķu modelis.
Piezīme. Zemas daudzveidības bibliotēku joslu sekvencēšanai ir nepieciešama PhiX pievienošana, lai nodrošinātu stabilu bāzu noteikšanu.
Iesakām iesniegt iepriekš apkopotas bibliotēkas kā paraugus. Ja jums ir nepieciešams, lai BMKGENE veiktu bibliotēku apvienošanu, lūdzu, skatiet
bibliotēkas prasības daļējai joslu secībai.
Galvenajam pīķim jābūt 300–450 bp robežās.
Bibliotēkām jābūt vienam galvenajam pīķim, bez adaptera piesārņojuma un bez primeru dimēriem.
Pirms sekvencēšanas, bibliotēkas apjoma novērtēšanas un fragmentācijas tiek sniegts ziņojums par bibliotēkas kvalitāti.
1. tabula. Sekvencēšanas datu statistika.
| Parauga ID | BMKID | Neapstrādāti lasījumi | Neapstrādāti dati (bp) | Tīri nolasījumi (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
1. attēls. Kvalitātes sadalījums pa nolasījumiem katrā izlasē
2. attēls. Pamata satura sadalījums
3. attēls. Nolasītā satura sadalījums sekvencēšanas datos