Eikariotu mRNS sekvencēšana-NGS
Funkcijas
● Papildu virziena mRNS bibliotēkas sagatavošana, lai iegūtu virknei specifiskus sekvencēšanas datus
● Dažādas BI analīzes aptver visas mūsu klientu vajadzības
Priekšrocības
●Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 600 000 paraugu, aptverot dažādus paraugu veidus, piemēram, šūnu kultūras, audus un ķermeņa šķidrumus. Katrā projektā mēs izmantojam savu pieredzi.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu sagatavošanas līdz bibliotēkas sagatavošanai, sekvencēšanai un bioinformātikai. Mūsu rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu diferenciāli ekspresētos gēnus (DEG) un veiktu atbilstošas bagātināšanas analīzes. Šī visaptverošā pieeja sniedz ieskatu šūnu un molekulārajos procesos, kas ir transkriptomas atbildes pamatā, nodrošinot, ka jūs iegūstat visu iespējamo informāciju par sava eksperimenta datiem.
●Pēcpārdošanas atbalstsMēs saprotam, cik svarīgi ir būt klātesošam, tāpēc mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| Bagātināts ar poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 Gb | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
Minimālās paraugu prasības:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība | |
| Standarta bibliotēka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥4,0; Dzīvniekiem: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
| Virziena bibliotēka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥4,0; Dzīvniekiem: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
| Augi | Dzīvnieks | Posmkāji | Pilnas asinis | Šūnas |
| Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg Lapa vai sēkla: 300 mg Augļi: 1,2 g | Sirds vai zarnas: 300 mg Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg Muskuļi: 450 mg Kauli, mati vai āda: 1 g | Kukaiņi: 6 g Vēžveidīgie: 300 mg | 1 tūbiņa | 106 šūnas |
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS galda mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Parauga prasības un piegāde
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
Paraugiem ar pieejamu atsauces genomu BI analīze ir šāda:
ØNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole
ØAtsauces genoma izlīdzināšana
ØTranskripta struktūras analīze
ØIzteiksmes kvantifikācija
ØDiferenciālās izteiksmes analīze
ØFunkciju anotācija un bagātināšana
Paraugiem bez atsauces genoma ir pieejama šāda opcija:
• Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
•Montāža ar struktūras optimizāciju
•Diferenciālās izteiksmes analīze
•Funkciju anotācija un bagātināšana
Atsauces genoma izlīdzināšana
Datu piesātinājums
Paraugu korelācija un bioloģisko atkārtojumu novērtēšana
Diferenciāli ekspresēti gēni (DEG)
DEG funkcionālā anotācija
DEG funkcionālā bagātināšana
Iepazīstieties ar BMKGene eikariotu NGS mRNS sekvencēšanas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Huang, L. et al. (2023) “Triklozāns un triklokarbāns vājina zelta zivtiņu ožas spējas, ierobežojot smaržvielu atpazīšanu, traucējot ožas signālu pārraidi un traucējot ožas informācijas apstrādi”,Ūdens pētījumi, 233, 119736. lpp. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) “Aspergillus fumigatus ietekmē cilvēka p11, lai novirzītu sēnītes saturošas fagosomas uz nenoārdīšanās ceļu”,Šūnu saimnieks un mikrobs, 31 (3), 373.-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Džins, K. u.c. (2022) “TCP transkripcijas faktori, kas iesaistīti Ma bambusa (Dendrocalamus latiflorus Munro) dzinumu attīstībā”,Augu zinātnes robežas, 13, 884443. lpp. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) “Chrysanthemum lavandulifolium genoms un molekulārais mehānisms, kas ir dažādu galviņu tipu pamatā”,Dārzkopības pētījumi, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Džans, Judzje u.c. (2023) “Kaskādes nanoreaktors sonodinamiskās terapijas uzlabošanai kolorektālā vēža gadījumā, izmantojot sinerģisku ROS palielināšanu un autofāgijas bloķēšanu”,Nano šodien, 49, lpp. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
