Evolūcijas ģenētika
Pakalpojuma priekšrocības
Takagi et al.,Augu žurnāls, 2013. gads
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze:ļaujot novērtēt ģenētisko daudzveidību, kas atspoguļo sugu evolūcijas potenciālu, un atklājot ticamas filoģenētiskas attiecības starp sugām, minimizējot konverģentās evolūcijas un paralēlās evolūcijas ietekmi.
●Pielāgota analīze pēc izvēlespiemēram, atšķirības laika un ātruma novērtēšana, pamatojoties uz variācijām nukleotīdu un aminoskābju līmenī.
●Plaša ekspertīze un publikāciju uzskaiteBMKGene vairāk nekā 15 gadu laikā ir uzkrājusi milzīgu pieredzi populāciju un evolūcijas ģenētikas projektos, aptverot tūkstošiem sugu u.c., un ir devusi ieguldījumu vairāk nekā 1000 augsta līmeņa projektos, kas publicēti žurnālos Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal u.c.
● Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īss analīzes ciklsBMKGene komandai ir liela pieredze progresīvā genomikas analīzē, tāpēc tā nodrošina visaptverošas analīzes ar ātru izpildes laiku.
● Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Pakalpojumu specifikācijas un prasības
| Sekvencēšanas veids | Ieteicamais populācijas mērogs | Sekvencēšanas stratēģija | Nukleotīdu prasības |
| Pilna genoma sekvencēšana | ≥ 30 indivīdi, ar ≥ 10 indivīdiem no katras apakšgrupas
| 10x | Koncentrācija: ≥ 1 ng/µl Kopējais daudzums ≥ 30 ng Ierobežota vai nekāda degradācija vai piesārņojums |
| Specifiskā lokusa pastiprinātais fragments (SLAF) | Tagu dziļums: 10x Birku skaits: <400 Mb: ieteicams WGS <1 GB: 100 000 tagu 1 GB >2 GB: 300 tūkstoši tagu Maks. 500 tūkst. tagu | Koncentrācija ≥ 5 ng/µl Kopējais daudzums ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5 Agarozes gels: nav vai ir ierobežota degradācija vai piesārņojums
|
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Pakalpojums ietver populācijas struktūras analīzi (filoģenētiskais koks, PCA, populācijas stratifikācijas diagramma), populācijas daudzveidību un populācijas atlasi (saiknes nelīdzsvarotība, selektīva izdevīgu vietu atlase). Pakalpojums var ietvert arī pielāgotu analīzi (piemēram, atšķirības laiks, gēnu plūsma).
*Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir iegūti no genomiem, kas publicēti, izmantojot BMKGENE.
1. Evolūcijas analīze ietver filoģenētiskā koka, populācijas struktūras un PCA konstruēšanu, pamatojoties uz ģenētiskajām variācijām.
Filoģenētiskais koks atspoguļo taksonomiskās un evolūcijas attiecības starp sugām ar kopīgu senci.
PCA mērķis ir vizualizēt tuvību starp apakšpopulācijām.
Populācijas struktūra parāda ģenētiski atšķirīgu apakšpopulāciju klātbūtni alēļu biežuma ziņā.
Čens u. c.PNAS, 2020. gads
2. Selektīva slaucīšana
Selektīvā slaucīšana attiecas uz procesu, kurā tiek izvēlēta izdevīga vieta un palielināta saistīto neitrālo vietu biežums, bet samazināta nesaistīto vietu biežums, kā rezultātā samazinās reģionālā.
Genoma mēroga noteikšana selektīvos slaucīšanas reģionos tiek apstrādāta, aprēķinot visu SNP populācijas ģenētisko indeksu (π, Fst, Tadžimas D) slīdošā logā (100 Kb) noteiktā solī (10 Kb).
Nukleotīdu daudzveidība (π）
Tadžimas D
Fiksācijas indekss (Fst)
Vu u.c.,Molekulārā rūpnīca, 2018. gads
3. Gēnu plūsma
Vu u.c.,Molekulārā rūpnīca, 2018. gads
4. Demogrāfiskā vēsture
Džans u. c.Dabas ekoloģija un evolūcija, 2021. gads
5. Atšķirības laiks
Džans u. c.Dabas ekoloģija un evolūcija, 2021. gads
Iepazīstieties ar BMKGene evolūcijas ģenētikas pakalpojumu veicinātajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju:
Hasanjars, AK u.c. (2023) “SNP molekulāro marķieru un kandidātu gēnu atklāšana, kas saistīti ar Sacbrood vīrusa rezistenci Apis cerana cerana kāpuros, izmantojot pilna genoma atkārtotu sekvencēšanu”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Čai, Dž. u.c. (2022) “Savvaļas, ģenētiski tīras Ķīnas milzu salamandras atklāšana rada jaunas saglabāšanas iespējas”,Zooloģiskie pētījumi, 2022, 43. sējums, 3. numurs, 469.–480. lpp., 43(3), 469.–480. lpp. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) “Vietējās Elymus sibiricus L. filoģeogrāfiskais modelis un populācijas evolūcijas vēsture Činghai-Tibetas plato”,Augu zinātnes robežas, 13, 882601. lpp. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Vangs, Dž. u.c. (2022) “Genomiskais ieskats longānu evolūcijā, izmantojot hromosomu līmeņa genoma kompleksu un longānu pievienošanās populācijas genomiku”,Dārzkopības pētījumi, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
