● Ribosomu kDNS samazināšanai tiek izmantotas īpašas zondes.
● Strandām specifiska bibliotēkas konstrukcija.
● Viena darbplūsma, lai vienlaikus iegūtu mRNS, lncRNS un cirRNS datus.
● Stingra kvalitātes kontrole: Mēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
● Pēcpārdošanas atbalsts: Mūsu apņemšanās sniedzas arī pēc projekta pabeigšanas, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| rRNS noplicinātā virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 10–16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotīdi:
| Daudzums (ng) | Tilpums (μL) |
| 40 | 20 |
Audi:
Eksosoma: 100 μL; 40 μg; >10^9 daļiņas/ml
Serums/plazma: 5 ml
Šūnu kultūras supernatants: 100 ml
Urīns: 100 ml
Siekalas: 15 ml
Deguna izdalījumi: 15 ml
Cerebrospinālais šķidrums: 15 ml
Amnija šķidrums: 50 ml
Sperma: 5 ml
Žults: 5 ml
Ascīts: 50 ml
Piens: 15 ml
Folikulārais šķidrums: 15 ml
Fekāliju supernatants: 50 ml
Mikrobu kultūras supernatants: 100 ml
Dzīvnieku audi: 3 g
Augu audi: 1 g
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Bioinformātika
cirkRNS prognozēšana: hromosomu sadalījums
Diferenciāli ekspresētas cirkRNS – vulkāna diagramma
Diferenciāli ekspresētas cirkRNS – hierarhiska klasterizācija
CirkRNS saimniekgēnu funkcionālā bagātināšana
Diferenciālās gēnu ekspresijas (DEG) analīze
lncRNS ekspresijas kvantitatīva noteikšana – klasterizācija
lncRNS mērķa gēnu bagātināšana
Apvienota mRNS un lncRNS pozīciju analīze – apļa diagramma (vidējais aplis ir mRNS, bet iekšējais aplis ir lncRNS)